级愿望中的杰克罗拉群岛。
动画中各地方的道馆不止游戏中出现的，偶尔有游戏中没有的道馆训练家，有的训练家还持有游戏中没有的徽章。
除了橘子联盟，小智挑战的都是游戏中出现的道馆。
在动画中，比如乘龙，基本来说是有能力载人游泳的，但在游戏中必须先让它学会冲浪。
……
无印篇：从1997年4月1日到2002年11月14日，其中从1997年12月16日开始到1998年4月15日停播，因为没有副标题而被统称为无印。故
事分为3章，分别是石英联盟、橘子群岛和城都联盟，其中石英联盟与城都联盟对应了第一世代和第二世代的游戏，橘子群岛为原创剧情
。共计275话（被删除的一话除外）。
超世代：从2002年11月21日到2006年9月14日，对应了第三世代游戏，后半段故事背景转移到对战开拓区，与游戏中不同的是，对战开
拓区位在关都地区的各地而不是丰缘地区。共计191话（总集篇及未播放集数除外）。
钻石&珍珠：从2006年9月28日到2010年9月9日，对应了第四世代游戏。共计191话（包括2个特别篇，总集篇除外）。
超级愿望：从2010年9月23日到2013年9月26日，分为两季四章。2010年9月23日～2012年6月14日为超级愿望篇，2012年6月21日～2013
年1月10日为超级愿望第二季，2013年1月17日～2013年4月18日为超级愿望第二季N章，2013年4月25日～2013年9月26日是超级愿望第二
季Da!章。超级愿望篇对应黑版／白版，第二季对应黑白2，N章则是根据游戏中的剧情，改编了与等离子队相关的内容。Da!章为原创内
容。共计144话（包括2个特别篇，未播放集数除外）。
XY：从2013年10月17日开始，对应了第六世代游戏，分为两季。
太阳&月亮：从2016年11月17日开始播放，对应了第七世代游戏。
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电影：神奇宝贝电影自1998年起以每年一部的速度上映，上映时间都在暑假期间。故事以传说的神奇宝贝为主。为了故事的连贯性，
每部电影上映的时候，小智的伙伴们与手持的神奇宝贝都与当时播放的电视动画保持一致。另外在前六部电影正式放映前，都会播放一
段皮卡丘短片，之后取消了这个设定，但是从酋雷姆VS圣剑士凯路迪欧起又恢复了这个设定。从幻影的霸者索罗亚克开始，台湾地
区开始与日本同步上映。
无印篇：
1.超梦的逆袭
2.梦幻的神奇宝贝洛奇亚爆诞
3.结晶塔之帝王
4.雪拉比穿梭时空的相遇
5.水都的守护神拉帝亚斯与拉帝欧斯
超世代：
6.七夜的许愿星基拉祈
7.裂空的访问者代欧奇希斯
8.梦幻与波导的勇者路卡利欧
9.神奇宝贝保育家与苍海的王子玛纳霏
钻石&珍珠：
10.帝牙卢卡VS帕路奇犽VS达克莱伊
11.骑拉帝纳与冰空的花束洁咪
12.阿尔宙斯超克的时空
13.幻影的霸者索罗亚克
超级愿望：
14.比克提尼与黑英雄捷克罗姆/白英雄雷希拉姆
15.酋雷姆VS圣剑士凯路迪欧
16.神速的盖诺赛克特超梦觉醒
XY&Z：
17.破坏之茧与蒂安希
18.光环の超魔神胡帕
19.波尔凯尼恩与机关人偶玛机雅娜
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小栏目：动画最开始播放的时候并没有小栏目，从华蓝道馆!!水中的战斗开始，在每集正片结束之后增加小栏目的播放。
小栏目最早为大木博士讲座。大木博士每次选择一只神奇宝贝进行解说，并在最后咏唱一首“神奇宝贝川柳”。而在咏唱川柳之前，
大木博士一定会被介绍的神奇宝贝攻击，这样的设定也一直持续到后来的小栏目中。另外作为特别篇，小栏目也会播放电影的最新消息
或者是介绍与神奇宝贝联盟、华丽大赛相关的内容。
在超世代中，2004年12月起，讲座被换成了《神奇宝贝星期天》中作为小栏目播放的“神奇宝贝益智问答”。2005年10月开始，使用
以前的动画画面做成回放式的问题，使用接龙、找不同等方式出题。
在钻石&珍珠中，《神奇宝贝讲座》更名为《神奇宝贝大百科》，从2008年10月