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四十一岁时杨时投于程颢的弟弟程颐门下，到洛阳伊川书院学习。他对理学已有相当造诣但是，他仍然谦虚谨慎，不骄不躁，勤奋好学。他与游酢“程门立雪”的故事成为尊师重道的佳话。程颐很为他们诚心求学的精神所感动，更加尽心尽力教授。杨时不负重望，终于学得程门理学的真谛。杨时学成后回到南方继续潜心研究和传播程氏理学。他为了弄清楚张载西铭之理，专门写信向程颐请教。他在二程理学和朱熹之间起了承前启后的作用。
思想上，杨时一生精研理学，特别是他“倡道东南”，对闽中理学的兴起，建有筚路蓝缕之功，被后人尊为“闽学鼻祖”。他的著述颇多，主要的都收集在杨龟山先生文集中，他的哲学思想继承了二程的思想体系，被后人称之为“程氏正宗”。