由于南宗多居家道士，无意仕途，故始终未得朝廷扶持。入元以后，全真道南下，南宗与全真道接触中，逐渐产生与之合并的要求，在陈致虚等人的推动下，在元代中后期实现了两北二宗的合并，从此金丹派南宗即成为全真道的南宗。
金丹派南宗作为一个独立的炼养道派的时间并不长，但影响较大。首先，它的内丹理论对全真道有较大影响，使全真道的内丹理论，在吸收南宗内丹成就后更加充实和完善；其次，促进了符箓派的改革，将内丹修炼引入斋醮活动中，一改旧符箓派只行符设法的传统。新出现的神霄、清微、净明等道派，也都以‘内炼成丹，外用成法‘为其宗旨；第三，南宗人留下了大批内丹专著，是我国优秀文化的组成部分，对气功学、医学，以及人体科学的发展有一定的贡献。