九月，绿营兵将领高进库打下了赣州。赣州乃是福建江西湖南广东四省要害，赣州的失陷意味着福建的门户被满清打开。
闻听赣州失陷，隆武帝扬言要御驾亲征，带兵夺回赣州，无奈所有的军队都掌握在郑芝龙兄弟的手里，总领大军的郑芝龙只想着偏安一方，并不理睬隆武帝的举动。
黄道周眼见郑氏家族按兵不动，军队诸部怯懦观望，已过花甲之年的黄道周对隆武帝表示：“与其坐而待亡，不如君臣共出一拼。我为大臣，当先于皇帝而行，以为人臣表率。”要先于皇帝北上抗清。
黄道周出钱，加上朋友资助，仅带万余两白银，携数名弟子慷慨出征。福建各地义民闻之而附，近万人加入他的指挥之下。这支拼凑起来的军队，全无作战经验，刚出福建便被清军击溃，黄道周也被清兵生擒。