衣冠聚谈”。即使这样，朱以海也没有想过放弃，对他而言，如果不能中兴大明王朝，那就只有死路一条。
鲁监国四年九月，张名振派兵袭杀黄斌卿，随后宣布“监国之来，代唐恢复，肃鲁(虏)原部自应协力”，接管了黄斌卿军。朱以海到达舟山后，下令礼葬黄斌卿，恩养他的家属，对黄斌卿旧部加以安抚，并且给予赏赐。舟山群岛局势得到稳定，朱以海奋战数年，终于有了一个复兴基地。
在舟山站稳脚跟后，朱以海重新整顿朝纲，他派遣使者敦请原隆武朝吏部尚书张肯堂出山担任大学士，又对各级官员进行了合理调配。从那时起到鲁监国六年(1651年)，舟山群岛成了浙东抗清运动的中心，牵制住了东南地区的大量清军，为西南的永历政权和福建沿海的郑成功部争取到了发展壮大的时间。朱以海在战略上转变为经略浙江，同宁波府四明山寨的王翊、王江、冯京第等义师遥相呼应，预想清军一旦势弱，就反攻大陆。此外，他还一度遣使前往日本寻求援助。
公元1650年前后，满洲八旗军第一代战将大多凋零，战斗力大不如前，加上清军不熟悉海战，清朝摄政王多尔衮决定对舟山的朱以海政权采取政治上招降瓦解、军事上利用汉军进攻的策略。多尔衮多次秘密派人潜入舟山群岛招降，虽然也招徕了一批对大明三心二意的不稳定分子，但朱以海手下主要战将如张名振和阮进等人坚贞不移，四明山寨的主帅王翊也忠于大明，多尔衮的招抚闹剧只得以失败收场。
平心而论，张名振虽然为朱以海构思出了“隆中对”，但他毕竟比不上诸葛亮。作为头号军师兼“丞相”级别的人物，朱以海对张名振很信任，委以节制诸军大权，王朝先感到不公平(王朝先原先是肃虏侯黄斌卿的部下)，他公开宣传是张名振袭杀了黄斌卿。因舟山的黄斌卿旧部还有很多，张名振就设计谋害了王朝先，又将暗杀黄斌卿的责任转嫁到王朝先头上，说他“擅杀斌卿，忘谊不赦”。知道内情的王朝先部将张济明和吕廷纪怕遭毒手，夺去船只逃往宁波，向清总兵张杰透露了舟山群岛布防虚实。
清廷见舟山朱以海对清朝在全国的统治造成严重威胁，就在进攻舟山群岛之前，先行打掉了四明山寨的抗清义师，王翊也被清军所杀。基本上平定四明山寨的抗清武装后，清军就开始着手部署大举进攻舟山。鲁监国六年(1651年)八月中旬，清军各路人马云集定关，准备攻打舟山鲁监国政权。
在此危难时刻，朱以海召集文武群臣上朝，商讨御敌之策。朱以海决定留荡胡侯阮进率水师扼守定关海域，三位将军领兵三营防守舟山城，他本人则和兵部侍郎张煌言、定西侯张名振分别率领军队乘船南北出击，使清军陷于顾此失彼的困境。朱以海做出这样的决策是考虑到清军海上作战能力很差，阮进则精于海战，可以在海面击败来犯的清军，确保舟山无虞。另外，还能乘江苏和浙江的清军主力集结定海外海之机，进军长江口，直捣南京，以还复旧都。《海东逸史》记载了朱以海亲自上阵杀敌的情况，“王以蛟关未能猝渡，亲帅舟师捣吴淞，以牵其势，荡胡伯阮进居守”。然而，由于清军出动多路大军，铁了心要拿下舟山，阮进虽英勇作战，还是被清军擒获，第二天，伤重而死。
明军海战失利后，退回舟山城中，清军于当日下午进抵舟山城下后，立即开始登墙攻城。在强弱形势一目了然的情况下，明军官兵还是奋勇守城，给清军以很大杀伤。朱以海和张名振、张煌言统率的主力部队虽然取得了在海上阻击浙江台州清军和江苏吴淞清朝水师的胜利，“南北应敌师皆幸胜”，但在接到舟山危急的战报后火速回援时，不幸遭到清军伏击。战至九月初二，清军攻入舟山，朱以海正妃陈氏等人投井殉国，西宫妃荣氏和世子皆被清军俘虏。此外，众多明朝臣子不屈而死，演绎了悲壮的一幕。
遭遇“活曹操”
遭受清军伏击，损失惨重，朱以海和张名振只能眼睁睁看着舟山失守，这支孤独的大明舰队被迫南下温州海域的三盘，整顿部众。清金衢总兵马进宝很快得到探报，统兵攻入三盘，焚毁了岛上的房屋棚厂。朱以海只得再度南下沙埕，清军又来围剿，张名振带着残余兵将保护朱以海乘船来到海坛岛。海坛岛是郑成功的势力范围，他之前一直不承认鲁监国政权的正统地位，朱以海等人进入此地也是迫不得已。
鲁监国七年(1652年)正月，郑成功同意让朱以海和他手下的大臣进驻厦门，但兵士一律不能带来，朱以海这个“刘备”这一次真正落入了“曹操”郑成功之手。郑成功只保证鲁监国的生命安全和在生活上给予优遇，其余的政治权利一概剥夺。不久，朱以海又被移往金门居住。张名振试图重整军旅，来年三到四月份北伐舟山群岛，但郑成功却对鲁监国军队采取逐步改编的办法，使朱以海成为真正的“孤家寡人”。除此之外，郑成功还一方面收编士卒，另一方面又对鲁监国诸臣进行严密监视。朱以海明白，一个比郑彩更为厉害的“活曹操”出现了。
在郑成功的软硬兼施之下，鲁监国八年(1653年)三月，朱以海正式放弃监