最初还是李斯阻止了始皇帝冲动的决定，而是在寒冬命人在温室种出香瓜，然后放到一座封闭的山谷中。李斯故意把山谷冬日生瓜的消息告知冢组织所有成员和始皇帝。
始皇帝命令他们同去山谷赏瓜。冢组织以为完全控制了始皇帝，便不加防范，进入谷中。他们看见满地香瓜在铺满白雪的谷底，全被吸引。就在这时，早就被始皇帝安排在山顶的军队放下大批土方石块，把这群冢组织的逆贼全部活埋在山谷之中。
之后始皇帝认为之所以有这个冢组织，就是因为诸子百家学文驳杂，扰乱百姓视听。于是开始大肆收集民间书籍，集中焚烧销毁，只在咸阳宫中于各家典籍都存下一些，最后把这些典籍同一放置在太学馆，以防他们的文化理念消失。
冢组织事件过后，始皇帝性情大变，只怕再出现一个类似于冢组织的团体。于是始皇帝收天下之铁，铸十二铜人。更是建立严酷的法律制度，严禁人们议论朝政，交头接耳，违者轻则弃市，重则株连三族。就连当初‘秦魂’的几个重要成员，始皇帝也找了借口，诛杀了事。
这些经过，现在说来轻描淡写。但中间曲折凶险，步步为营，不堪细问。只有当年经历之人，才明白其中细节。