进型的xm16e1，并将xm16e1正式命名为m16a1。m16与m16a1在外形上的惟一区别就是有没有一个活塞状的枪机到位助推器。1966年6月16日，柯尔特公司获得一份840000支步枪的合同，价值约91700000美元，m16的销量非常好。但是在1965年至1967年期间，一些主要的问题就暴露出来。对于ar—15能成为m16，m14起到了很大的作用。20世纪50年代，在北约进行“弹药通用化”即要在北约内统一枪弹口径时，美国认为t65式7.62x51mm枪弹射程远、穿透力强，坚决反对任何降低威力的小口径弹药。于是1953年，北约正式决定t65弹为北约制式弹。
1957年，美国进行制式步枪的选型试验，参与竞争的步枪，包括有已经定为北约制式武器的fnfal步枪、斯通纳的ar—10和在m1伽兰德半自动步枪基础上设计的t44全自动步枪。其实选型试验的结果早已内定。美军的制式步枪是不会用外国货的，fal的参与只是做做样子；ar—10在试验时出了问题，立即被取消了资格。于是t44步枪理所当然地取胜，并定型为m14。m14刚刚装备部队就立即在越南战场投入使用，在越南的丛林山区中，m14的缺点暴露无遗。
m14全长1120mm，带实弹匣时全重4.54kg，由于7.62mm枪弹威力大，在全自动射击时后坐力非常大，射手不容易控制，从而导致射击精度很差。还有一点就是在越南战场上配发的m14都安装了快慢机锁，士兵只能是半自动射击，在阿卡47强大火力的压制下，使用m14的美军士兵根本就抬不起头来，简直是苦不堪言。
此外由于步枪和弹药都太重，通常在巡逻任务中的单兵携带的弹药量一般都不超过100发子弹。因此，在越南战场上的美军迫切地需要一种新的步枪取代m14步枪。1963年美国国防部长麦克纳马拉下令m14立即停产，随后m16便赶赴越南战场救火了。m16全面配发到部队后首次在战斗中登场是在1965年11月越南德浪河谷的战斗，而且表现得相当好。
后升为中将的哈罗德·g·摩尔中校，在报告中写道：这次的胜利是由“勇敢的士兵和m16带来的。”但是从1966年秋天开始，越南战场上频频传出m16出现故障的消息。在1967年5月，一名海军陆战队员所写的家信中就有这样的内容：“我今天上船时刚好收到了你的信。从上个月的21号到今天世人都在实施一次行动。目前敌人伤亡很大，而海军陆战队的伤亡比较轻微所以我才能回到基地看报纸。
在营里失去了接近1400人，有半数的人能回来。世人连里失去了250人，有107人回来。世人排里失去了72人，有19人回来。我想我的运气到头了，他们，死神最后也会找上我的。可是，我只是被一块小弹片打中了。我希望我的伙伴们都可以说这样的话。……信不信由你，你知道是什么东西杀了大部份的人吗？是自己的步枪。在离开冲绳岛之前，世人全部都配发了这种新式步枪－－m16。实际上世人发现几乎每个人在临死的时候都在维修他的步枪－－因为他的步枪出故障了。有一位跟世人在一起的女记者拍下了这些照相，五角大楼发现后不让她公开这些照片。他们说不希望影响到美国公众的情绪。这不是很可笑吗？”
柯尔特公司立即派出了几个专家小组奔赴现场，美国参议院武装部队委员会、《美国步枪手》杂志等也派人前往调查，进行采访。当时发现m16存在的主要问题有：弹膛污垢严重、拉断弹壳、卡壳、弹匣损坏、枪膛与弹膛锈蚀、缺少擦拭工具，尤其是在恶劣条件下，这些情况更为严重。此时，由凯萨琳·利莱拍摄的这些照片在巴黎《竞赛》杂志上公开，消息传到国内，引起一片哗然，批评m16的浪潮此起彼伏。这些故障的原因是多方面的，越南气候潮湿，温度很高，若不注意对枪的擦拭维护，就很容易产生生锈的情况，但其中将其改用步枪弹发火药是最主要的原因。m16原本所用的m193枪弹原装杜邦公司的imr4475单基管状药，这种药燃速快、压力曲线升得快、残渣少。
可是杜邦公司通知陆军说他们无法大量生产imr4475。1964年1月，陆军决定采用奥林公司的wc846双基球形药，他们认为这种发火药易于生产，成本低，而且燃速慢，降低了峰压，还有利于提高枪管的使用寿命，而且原本t65枪弹也是使用这种发火药的。可是，m193弹采用wc846药后便出现了很多问题：
球型发火药燃烧后会在m16的枪管和导气管中留下一些粘粘的残渣，由于枪管没有镀铬，而导气系统又没有相应的维护装置和适合的润滑物，因此很难迅速使步枪恢复正常使用状态；由于球型发火药的弹道特性导致导气孔的压力，加上缓冲装置质量很轻，m16的全自动射速从正常状态下的每分钟750—850发大大提高到每分钟850—1000发；另外由于枪机开锁时剩余膛压高，残渣也增加了膛壁与弹壳之间的磨擦力，因此卡壳和