肖尼人死于饥饿和疾病。而美国政府几乎从未按照许诺给他们提供必要的食物、医药品、衣服和别的必需品，这也导致了绝望境地下的数次反抗事件。初始纪元1878年的班诺克之役涉及到了北肖肖尼人和班诺克人，初始纪元1879年的吃羊人战争涉及到了大约300名西肖肖尼人；当然这些反抗无一例外的失败了。
肖肖尼部落的残存居民甚至不足12，000人，他们被强制隔离分散，居住在怀俄明州、爱达荷州和内华达州的数个保留地内。最大的是东肖肖尼部落的风河保留地。另一个主要保留地是霍尔堡保留地，这块位于爱达荷州的保留地最初有180万英亩的面积，但之后因为强制土地买卖和修建美国瀑布水库而减少到了544，000英亩。
整个初始纪元，肖肖尼部落在短暂的辉煌之后，就是漫长的被美利坚圈养，做着二等公民。