用一颗金星、两颗金星、三颗金星和四颗金星标示，校官用两根杠，中间为一颗星、二颗星、三颗星和四颗星，尉官用一根杠，杠上添一颗星、二颗星和三颗星。
军官以下为士官，分别为一级士官、二级士官和三级士官，接下来为士兵，分别为列兵、二等兵和三等兵，所有将士军衔低者无条件服从军衔高者指挥，这也杜绝了下面有人拥兵自重，因为士兵必须服从军衔最高者的指挥，如遇叛乱，只要有更高级军衔的高官及时到场，叛乱就能及时平息。
再就是在战时，如遇建制被打乱的情况下，不同单位的士兵临时聚结在一起，不会为了谁来当指挥官而犯愁，只要跟着军衔高的人就行，这也会在一定程度上避免部队因建制被打乱而发生全线崩溃的情况，当年我国对越自卫还击战中，就是因为我军取消了军衔，导致了在战场上将不识兵，兵不识将，吃了不小的亏。
余天佑自领少将军衔，张一鸣为大校，李卫国、杰克、吴英雄、肯尼迪、邓大志、王五、陈晓蓉、王大才、海伦授予上校军衔，新来的傅青主、陈明德、毕懋康、汤若望及一众副团长授予中校军衔，傅青主的儿子傅眉及一众营级军官授予少校军衔，其余将士及新来的科学家按级别和能力依次授予相应的军衔。
接下来就是如何安排新请来的这些科学家及医生的工作岗位了，经过再三考虑，余天佑最后决定，任命傅青主为军医院院长，陈明德为副院长，任命毕懋康为兵工厂厂长，汤惹望为副厂长，其余人等按能力和专长按排相应岗位。
正式任命擅长特种作战的吴英雄为特种大队大队长，在全军选拔优秀士兵组建第一支特种部队，任命会多种语言并擅长交际的杰克为外交部长，负责和各方势力斡旋，实行远交近攻。
部队三个月的基本训练已完成，按下来是让他们发挥各自的优势，组建不同的兵种，从三个团上报的部队编制显示，分别成立了骑兵、炮兵、火枪兵、弩兵、车兵、弓箭兵、长矛兵等，余天佑看了之后很是不满意，这些都是老式的常规兵种，他是想成立一些新的兵种，但目前受新器所限，也是无可奈何，只有等新的武器研制出来了再组建新的兵种吧。
部队的训练正在热火朝天的进行着，李卫国把情报部的人全都撒了出去，每天各种情报源源不断的汇集到余天佑的手上；杰克带着人游走于荷兰东印度公司和各海盗之间，煽风点火，挑拨离间，唯恐天下不乱；吴英雄的特种部队正在进行着魔鬼训练。
亨利和荷兰东印度公司纷纷派人来找余天佑，希望把他拉到自己一边，余天佑两边周旋，又相互挑拨，以出兵相助为由，怂恿两边出兵攻打，还趁乱抢了荷兰人一船补给。
军医院在傅青主的领导下，很快上了正轨，余天佑的教材被院长傅青主视为神书，组织大家大力学习，并结合中医，又琢磨出很多新的疗法。
王大才的海关，已经基本成型，各种制度已制定完成，护航队在副官的带领下，在海上紧张的训练着，而王大才带着一众文官盯着地图，进行最后的查漏补缺。
新及岛上尽是忙碌的身影，全都在为即将发生的大战紧张的准备着，火药味十足，而此时，余天佑最关心的还是武器是生产。
这段时间以来，余天佑几乎天天都泡在兵工厂里，由于他对后世的各种武器熟悉得不能太熟悉了，他就现在的主流武器火绳枪和红夷大炮提出了许多建设性的意见，并组织一众当前最顶尖的武器专家上课，讲解最新的武器知识和设定原理，听得这些本来自认为了不得的专家们一愣一愣的，听完之后，个个是激动万分，把余天佑奉若神明。
在当前的条件下，快速生产武器的最好办法是仿制现成的火绳枪和红夷大炮，不过余天佑把这一群人请来可不是让他们造这些现在世面的武器的，既然现在世面已经有了，那就去买得了，或者干脆去从敌人手里抢。
余天佑的兵工厂，最主要的职能还是按照余天佑提供的资料研制新式武器，余在佑甚至把自己心爱的手枪，冲锋锋和狙击步枪拆散后交给大家研究。
而对于这些新武器的研究制造，最简单的应该算是子弹了，余天佑和李卫国等四人各自带了几杆后世的枪，但子弹却是很有限，不到万不得已，他们都不舍得开一枪，现在余天佑给兵工厂下达的第一个任务就是，尽快找到生产这些子弹的方法。
为了让兵工厂尽快运作起来，余天佑派人到荷兰和法国等地，把几个现成的兵工厂连同技术人员全都弄了过来，兵工厂很快就投入了生产之中。