帝国历3000年，人族在第三次星际战争中节节败退，大量的星球被种族和星灵占领，同时荆棘花帝国的高压统治是数以百亿的中下层人族怨声载道，高税收，高劳役，很多农业星球上的劳动者面临着劳动之后却没有食物的结果，同时，无能的帝国贵族军官在战场上不断下达错误命令，无数的帝国士兵死于错误的指挥。帝国的统治即将到达最危险的时候。
帝国历3003年，伟大的总统卡西欧?克斯玛在对异虫的反击战中从一名帝国少尉到帝国少将只用了两年，然后从少将到帝国五星上将只用了短短一年，之后总统在回首都行克哈述职时发动兵变，推翻了罪恶的荆棘花帝国统治，成立了联邦政府。又用伟大的军事才能打败了依然叛乱的比联邦舰队多出数倍保皇派舰队，收复了叛乱星域，宣布人类进入大一统的联邦时代，自己担任联邦政府的第一任总统。对内减免赋税，发展商业，致力于减少流民，贫民的数量，改善了农业劳动者的社会地位，取消贵族特权，重新建设军队。人类联邦从此进入飞速发展年代。对外继续实行两种政策，凡是人类全部号召加入联邦政府，提出帝国的罪孽已经过去，联邦的时代即将来临，号召漂泊与宇宙各个星域，星系，星球的人类加入人类联邦。同时，大量改编后的军队重新开赴战场，总统提出，保卫自己的家园，保卫自己的星球是每个联邦公民的责任与义务，用减免赋税激励大量的流民，贫民进入军队。终于在联邦历5年，联邦政府与星灵签订和平协议，并在对异虫的问题上达成统一。两个种族史无前例的抛开种族偏见，团结在一起对抗异虫大军。联邦历12年，联邦政府和星灵在经历了漫长的战争后，宣布收复了第三次星际战争以来沦陷的所有领域。随机星灵与人类在艾格玛星域展开谈判，双方同意以艾格玛星域为缓冲区，同意对异虫问题的同盟，同意一方在收到异虫攻击时，拥有使用对方星港进行避难的协议，在原则上双方平等，双方开放靠近艾格玛星域的星球作为通商口岸。
至此，第三次星系战争全部结束。人类从第一次星际战争发现异虫开始，到第二次星际战争发现星灵，前后历经了100多年，第一次实现了战争胜利，尽管还有大量星域在第一，第二次星际战争中失去，但人类相信，距离收复那些星域已经不远了。
联邦历103年，120岁的联邦总统卡西欧?克斯玛在首都克哈的总统府与世长辞，100年来，卡西欧?克斯玛总统励精图治，联邦已从战争中恢复了元气，总统的溘然长辞无疑是联邦史上的一件大事。新任总统尼基塔?赫鲁晓夫宣布全联邦默哀三天，为了表达对总统的伟大敬意，总统的雕像将永远矗立在总统府前的联邦广场上。
联邦历113年，在军队请愿，议会表决通过后，总统尼基塔?赫鲁晓夫签署里《战争动员1号令》，《战争动员1号令》的目的是人类选择异虫星域外围的一颗卫星对异虫发起试探攻击，以衡量人类是否有能力单独与异虫作战的能力。《战争动员1号令》签署后，人类对异虫发起试探性攻击，总计10万联邦军队对异虫占领的星域外围一颗代号“监视者”的卫星发起试探攻击，两个月后，战役宣告失败，8万联邦军队长眠与“监视者”卫星上。为此尼基塔?赫鲁晓夫批评议会与军队盲目自大，经过全民公投表决，签订了以50年为基准的《50年条例》，根据《50年条例》规定，自联邦历113年起，每50年，人类对异虫外围任意一颗卫星发动试探性攻击，以衡量人类与异虫战斗力。
联邦历253年，人类成功夺取“监视者”卫星的表层区域，在异虫星域成功设立的落脚点与监视点，由此，联邦对异虫的了解进入飞速发展时代。在此之前，人类对异虫的了解仅限于表面，并不能更加深入的了解异虫。“监视者”被占领后，人类通过“监视者”对异虫进行大量研究，并通过研究异虫提升自身科技。
联邦历255年，“监视者”上的虫族被基本肃清，大量联邦军队开始进入“监视者”卫星所在的星域，异虫与人类在“监视者”所在的“前进基地”星系展开争夺。
联邦历353年，人类在攻击“前进基地”星系最大最适合居住的“支点”星球时，遭到了大规模异虫抵抗，随后，人类与异虫在“前进基地”星系内爆发大规模太空战，人类舰队与虫族空军大规模厮杀，双方均损失惨重，人类短时间内无法阻止起对支点”星球的进攻，
异虫同样无法在短时间内对“前进基地”星系的人类造成威胁，看起来人类与异虫进入了相持阶段。
与此同时，人类科技飞速发展，引起了星灵的恐慌。尤其是大量人类海盗盘踞的艾格玛星域，不断发生打劫事件，星灵多次向联邦政府抗议无果后，在联邦历300年，星灵开始对艾格玛星域进行渗透，触犯了星灵法律的星灵被流放到艾格玛星域，再加上不断从“前进基地”星系逃出的异虫溃军，曾经罕无人迹艾格玛星域开始变得混乱起来，整个星域充斥着走私，犯罪，谋杀，盗窃，抢劫。通往星灵与人类的商业航道再也不安全，随着海盗们越来越多，缺乏武器的人类海盗开始打起