府军经熊本、延冈、城山之战，剿灭全部叛军，西乡逃到城山下的岩崎谷剖腹自杀。
夏本武扬，幕府海军副总裁，幕府末代将军德川庆喜在江户（今东京）开城向政府军投降时，夏本率领幕府海军精锐逃走，后在仙台收容了幕府陆军总裁大鸟圭介及所谓“奥羽越列藩同盟”的残兵，北上占领了北海道。1869年1月成立了“虾夷共和国”，夏本任总裁。政府军大举讨伐，最终将夏本的舰队包围在五棱郭，夏本不得不投降。
注二：根据1894年7月20日颁布的《海军舰员救生法令》，海军舰员在军舰无可挽回时，不得随舰殉葬。此举是为了杜绝当时海军中流行的“与舰共存亡”之风气，以保留珍贵的海军人才。