终于有一天，陆澄源的奏折，吹响了号角。
陆澄源，既不是东林党，也不是阉党。他的态度一向很客观公正，如果他动手了，那就说明时机成熟了。其实，陆澄源弹劾的内容，明眼人早看出来了。魏忠贤即使有功，但那也是伺候先帝的功劳，论功行赏，也有祖宗的法制在，他现在居然位极人臣，权倾朝野，这到底是什么道理。
接下来，兵部主事钱元悫上书，把魏忠贤和阉党的罪行又统统数了一遍。他比陆澄源还厉害，把魏忠贤和历史上叛国谋逆的王莽、董卓相提并论。这些人的奏折，一封比一封厉害，给魏忠贤扣上了不小的帽子，而这顶帽子，叫做谋逆。说起玩心眼，魏忠贤真比不过这些读书人。
崇祯一看，时机到了，可以动手了。
听说这些奏折皇帝都看到了，魏忠贤害怕了。他觉得要采取行动。而他的行动，就是哭。他本来想用眼泪博得皇帝的同情，可皇帝并没有如他所想的被感动，而是冷冷的看着他，并且叫来一个人，让他把一个名叫钱嘉征的人写的奏折读给魏忠贤听。这封奏折里没写别的，就写了魏忠贤的十大罪，魏忠贤听了，吓的魂都没了。
魏忠贤与客氏两人，一方面处心积虑地除去宫中一切可能对他们不利的因素，一方面向熹宗进献自己的养女，冀图能生得一男半女。然而，熹宗一生三男二女，都早早夭折，魏忠贤与客氏的如意算盘始终没有拨转。所以，熹宗的去世，对于客氏的打击是非常沉重的。
信王朱由检入宫即位后，客氏就再没有居留宫廷的理由了。九月初三日离宫的那一天，客氏早早地起床。五更时分，身着哀服，入熹宗灵堂，取熹宗幼时的胎发、痘痂及指甲等物焚化，痛哭而去。两个多月以后，即天启七年的十一月十七日，客氏被从私宅中带出，押解到宫中专门处罚宫女的地方浣衣局，严刑审讯。审讯得出的结果令人诧异：当时宫中有8位宫女怀孕，客氏承认这8名宫女都是自己从外面带进去的婢女，是想学吕不韦的榜样，觊觎皇位。结合魏忠贤曾在熹宗死前说已有两名宫女怀孕，宫女怀孕这件事也许真是客氏和魏忠贤精心安排的。如果客氏所说是真的话，那么客氏自然是罪不容诛，于是在浣衣局被活活笞死。
魏忠贤终于明白，皇帝并不想跟自己共享权力，他要的是全部，是为君者应该得到的尊严和荣耀。很明显，魏忠贤存在一天，皇帝就憋屈一天。魏忠贤静静地等待着皇帝的宣判。果然，皇帝开口了，魏忠贤一下子被赶到南京守陵去了。魏忠贤看到大势已去，就连忙找人帮忙，他找到了当时皇上身边的太监徐应元，表示只想为自己留条后路，徐应元答应了，并且在皇帝面前也替魏忠贤说了话。可没想到，这一下，魏忠贤死的更惨。
崇祯没想到，自己身边的人竟会替魏忠贤说话，那好，让你去守陵还不够，一定要永绝后患，至于徐应元，你也一起去守陵吧。要说魏忠贤没脑子，都已经倒霉了，还不消停，居然浩浩荡荡地带着大队人马前往南京。崇祯看了，心里很别扭，于是马上下旨兵部，声称魏忠贤谋反，罪当死。崇祯的意思是，你犯了大罪我已经从轻发落了，但你不知反省，还纠结一群人在自己周围，是要造反不成。就在锦衣卫追赶魏忠贤的时候，魏忠贤得到了皇帝要除掉自己的消息。
魏忠贤行至途中，接到密报。当夜，他听到外边有人唱道：“随行的是寒月影，呛喝的是马声嘶。似这般荒凉也，真个不如死。”想到昔日的荣华富贵，魏忠贤也感到真个不如死，魏忠贤知道自己怎么也躲不过去了，干脆就来个痛快的，于是自缢而死。随后，阉党集团也被肃清。
崇祯皇帝在魏忠贤自缢而死后，下令磔尸于河间。此后，将阉党二百六十余人，或处死，或遣戍，或禁锢终身，使气焰嚣张的阉党受到致命打击。崇祯皇帝谈笑间铲除了魏忠贤集团，曾一度使明室有了中兴的可能。
朱由检求治心切，很想有所作为。但因大明朝矛盾丛集、积弊深重，无法在短期内使政局根本好转。崇祯皇帝本以为自己清除了让自己和朝野痛恨的魏忠贤一系的阉党。政治局势便会好转。可万万令他没想到的是。东林党因为没有了阉党的压制。在朝中日日猖獗了起来。朝中的党争不但没有减少。反而更加激烈了起来。
东林党、楚党、浙党等一系列党派。勾心斗角。争权夺利。朱由检想做个好皇帝。可下面的臣子们不给力。每天朝堂之上争吵不断。一件小事都能让他们争上半天。更何况是国家大事了。在明末党争中，东林党的主要对立面是齐楚浙党。万历后期，双方以争国本为首，以三案为余波，相攻不已。
天启帝时期，宦官魏忠贤专政，形成明代势力最大的阉党集团，齐楚浙诸党争相依附之，对东林党人实行血腥镇压。天启四年，东林党人杨涟因劾魏忠贤二十四大罪被捕，与左光斗、黄尊素、周顺昌等人同被杀害。魏忠贤又使人编《三朝要典》，借红丸案、梃击案、移宫案三案为题，毁东林书院，打击东林党。东林著名人士魏大中、顾大章、高攀龙、周起元、缪昌斯等先后被迫害致死。齐楚浙党又造天鉴诸录，加东林以恶