6日在京召开新闻发布会，正式以200万英镑的转会费加盟英格兰甲级俱乐部曼彻斯特城队，创亚洲球员转会纪录，同日飞赴英国。
2003年8月14日在欧洲足协杯大胜TNS5-0中，孙继海替补后不久即射入球队的第三球，是个人欧洲赛的首个入球。
2004年10月16日因为对切尔西球员埃聚尔·古德约翰森铲球导致自己严重受伤，缺席了赛季接下来几乎所有的比赛。
2005年4月1日仍在复原中的孙继海续约一年。
2005年7月30日季前热身赛对斯托克城孙继海领红，幸而只需罚在预备队停赛一场。
2005年11月20日，孙继海在对布莱克本流浪者比赛是其为曼城所打得第100场比赛。
2006年3月20日在对西汉姆联的英格兰足总杯半决赛中，下半场56分钟因肘撞马修·埃瑟林顿而被罚红牌离场，最终曼城以1-2仅负，赛后孙继海向队友致歉。
2006年11月23日曼城将孙继海送到德国慕尼黑，希望彻底治愈其长期腿后肌伤患。
2007年3月24日，阔别国家队18个月后，他终于对澳大利亚队的国际足球热身赛中，再次为国家队上场。
2015年2月4日下午，中超升班马重庆力帆队通过官方微博宣布，前贵州人和队队长孙继海正式加盟球队，这位38岁的老将将在新赛季身披力帆战袍征战中超联赛。