雷恩由于感染时间过长，血清没有效果，也成为了丧尸，被马特杀死。
在他俩刚出门口的时候，安布雷拉科学小组突然出现，抓住了已经感染病毒并且正在变异的马特和取得病毒样本的爱丽丝。
安布雷拉公司重新打开蜂巢迎接他们的却是涌出成群的丧尸。
苏醒的艾丽斯来到空无一人的大街上，显然此时的浣熊市已经成为了丧尸之城。
恐慌的市民在躲避着丧尸的攻击。
安布雷拉公司在浣熊市建立了生化隔离区，并且派遣了雇佣兵协助当地警察组织进行镇压丧尸的行动，可惜丧尸数量的发展超出了安布雷拉公司的预想。
安布雷拉公司提前转移了自己财产，公司的顶级雇员和研究资料。
可惜天不如人愿，T病毒的重要研究者查理斯的女儿安吉拉在被接走的路上遇到了车祸，后来困在了学校。
艾丽斯从医院出来之后遇到了瓦伦婷和她的警察朋友，还有记者泰瑞。
查理斯想找到自己的女儿，于是就通过电脑监控市区的监控希望有生还者可以救出他的女儿作为报答他将告诉他们离开浣熊市的方法。
碰巧在监控中发现了艾丽斯一行人，并通过路边公共电话取得了联系。
艾丽斯4人一行在寻找安吉拉的过程中遇到了复仇女神，也就是变异的马特，受电脑控制的复仇女神开始了追杀艾丽斯的行动，这是一次力量与速度的对决，电影片段相当精彩。
可惜没有分出胜负，艾丽斯逃脱了。瓦伦婷和泰瑞，途中遇到了L。j，在学校找到了安吉拉艾丽斯摆脱了复仇女神也回到了学校并且与另一组前来救援安吉拉的雇佣兵卡洛斯会合。查理斯告诉了他们离开浣熊市的方法，就是夺到最后一架离开浣熊市的飞机。
艾丽斯和她的同伴轻松的制服了看守飞机的雇佣兵。
正当她们想要离开的时候，复仇女神和安布雷拉公司的人来了。
安布雷拉公司的浣熊市指挥官很欣赏艾丽斯的进化，希望艾丽斯和他一起离开并进行进一步的研究，于是给了一次艾丽斯与复仇女神对决的机会。
速度与力量的对决再次开始，艾丽斯击败了复仇女神，当被要求杀掉复仇女神的时候，艾丽斯不忍心而拒绝了。
指挥官很惋惜，于是命令复仇女神杀死艾丽斯。
复仇女神此时已恢复了马特的记忆，并没有按照指挥官的要求干掉艾丽斯，而是帮助艾丽斯杀掉雇佣兵。
在与一架直升机的对抗中，复仇女神选择了死亡。
艾丽斯一行人成功的登上飞机。指挥官希望不要杀了自己。艾丽斯却说了一句“我是不会杀了你的但那将是一个开始。”
说完她将指挥官推下了飞机，成群的僵尸涌上楼顶，指挥官从地上捡到一把满弹夹沙漠之鹰对成群而来的丧失群开枪，开完从埃塞克后面来了，埃塞克被切成了碎片。当激光网靠近艾丽斯的时候却突然停止了。
原来艾丽斯的克隆体并没有死掉，关闭了休眠防御机制。
安布雷拉公司躲在了地下基地，继续着T病毒的研究。艾丽斯率领着她的克隆大军来到了日本地下总部，迅速占领了基地。
可惜，总部指挥官威斯克坐着他的飞机，跑掉了，并且启动了基地自爆装置。
整个总部被毁掉了电影的这个片段非常壮观。威斯克开着飞机离开了日本。
这时艾丽斯从飞机的后面出现了手拿一把冲锋枪静悄悄地走到了威斯克的后面。接近威斯克的时候快步上去用枪指着威斯克的脑袋说道“还有什么遗言”威斯克镇定地停了2秒钟突然迅速地回身用针管插进了艾丽斯的脖子。
被注射了免疫血清的艾丽斯浑身无力的倒下了。原来安布雷拉公司已经研究出更好的变异体威斯克，艾丽斯对他们来说已经失去了价值。
威斯克掏出沙鹰手枪，指着艾丽斯说道“还有什么遗言。”艾丽斯抬头时看到了前方有座山立刻回答道“等等。”
艾丽斯继续说“谢谢。”威斯克反问道“因为我杀了你吗？”
艾丽斯缓缓地说道，“因为你又让我做回了人类。”这时，飞机发出警报“拉升，注意地形。”
此时的威斯克想赶回去控制方向盘已经来不及了，飞机撞上了山体。
艾丽斯没有死掉，走出了飞机残骸。艾丽斯恢复后找到一架飞机，并在空中寻找其他幸存者。
找了很多天，发现一个海岸边有很多飞机。艾丽斯在此着陆，发现了失去记忆的卡莱尔。
之后艾丽斯继续带着克莱尔寻找其他幸存者。一天终于在一个废旧的监狱楼顶发现了幸存者。
通过幸存者的帮助艾丽斯惊险的在楼顶迫降。幸存者告诉艾丽斯找寻已久的阿克迪亚就在你远处的海洋上。
在监狱里发现了卡莱尔的哥哥克里斯，新的变异体在地底打洞进入了监狱，与此同时监狱外的丧尸也在疯狂的撞击大门。