给福建巡抚的文书中，说郑芝龙虽事劫掠，但对泉州百姓却是异常仁慈，不但不杀人，甚至救济贫苦，威望比官家还高。“所到地方但令报水（即通报官府踪迹），而未尝杀人。有彻贫者，且以钱米与之。”这些言辞，不知真假，若是有五成可信，郑芝龙就犹有可用之处。
或许也因为这个原因，再加上最近十几、二十年间，大明朝廷专注于北方的后金，无力剿灭郑芝龙，于是便转而采取招安的政策。
目前，大明朝廷所委派的福建巡抚熊文灿，正与郑芝龙展开艰苦卓绝的谈判。郑芝龙的胃口不小，除了要求保持原有力量，还索取都督同知的职衔。
不管怎么说，在大明王朝一直时断时举的海禁政策，与世界海权勃兴的双重背景下，郑芝龙能够以民间之力建立水师，周旋于东洋及西洋势力之间，成为各方不能轻视的力量，在郑和船队退出南中国海两百年后，重新夺夺了海上部分的主导权，成为大航海时代东亚海域举足轻重的人物。