连续三年负于活塞，让很多人怀疑一个像乔丹这样的得分机器是无法拿到总冠军头衔的。有很多批评者认为他不如80年代的两位巨星大鸟伯德和魔术师约翰逊，他们认为乔丹只是一个单纯的得分手，不能像大鸟和魔术师那样让队友做的更好；大鸟和魔术师一入队就帮助球队成为顶级强队，但是乔丹的公牛直到在80年代后期还是一支中游球队。但是1991年后公牛王朝的崛起以及乔丹的逐渐成熟让他们闭上了嘴。
1990-1991赛季，乔丹带领公牛一路高歌猛进，整个季后赛仅仅输了两场，以绝对的统治力第一次登顶。这其中包括在东部决赛中横扫活塞报了一箭之仇，在总决赛主场先负一局的情况下直落四局击败湖人夺冠。
由于魔术师约翰逊不久因为艾滋病退役，这轮比赛成为湖人队表演时刻（“Showtime“）的绝唱。乔丹场均得到31。4分、6。4个篮板、8。4次助攻，并捧起了他六个NBA总决赛最有价值球员奖杯中的第一个。
这时的乔丹已经把头发完全剃光，一方面引领了发型的新潮流，另一方面也让自己看起来更加出众。他也终于圆了自己的冠军梦。虽然他对队友苛刻要求和尖酸批评，但是胜利是最好的润滑剂。
92年总决赛上，乔丹第一场上半场就拿下创记录的35分，最终让公牛以122-89大胜对手。他是无法阻止的，他在开拓者防守队员的头顶上半场射入了6个三分球，其中一个射入后，他更是耸耸肩仿佛在说：“我自己都不知道怎么回事“。第六场第三节结束时，开拓者还以79-64领先，大家都以为要打第7场了，岂料这场比赛竟以公牛97-93反败为胜拿下总冠军而告终。
这个夏天，乔丹作为美国篮球梦之队的主力参加了92年巴塞罗那奥运会。队中的12名球员都是那个时代最优秀的选手，在夺冠之路上他们用球技征服了所有对手，也成为了全世界球迷的偶像。
乔丹本人在奥林匹克赛场上作为美国队的一员共拿过两枚金牌，一枚是84年夏作为大学生选手时，另一枚是作为“梦之队“的成员与大鸟伯德、魔术师约翰逊和滑翔机德雷克斯勒等一起拿下的。有传言说乔丹由于私人恩怨让伊赛亚·托马斯没入选梦之队（后魔术师约翰逊澄清是他排挤伊赛亚·托马斯，与乔丹无关），但不管怎么说，那届梦之队星光熠熠，一路轻松自在地拿下了冠军，重新让美国队站在了世界篮球之巅。
在93年，乔丹的公牛用6场比赛第4次踏过尤因的尼克斯队——这次的东部决赛公牛可没有主场优势。乔丹第四场拿下54分，最终公牛105-95取胜。这轮比赛的转折点在第5场，乔丹拿下大三双（29分，10板，14助），但是最重要的一幕还是皮蓬最后几秒的连续帽下尼克斯的CharlesSmith，破灭了尼克斯扳平的希望才得以让公牛以97-94离开花园广场，第6场公牛以96-88结束了尼克斯的征程。
在对抗太阳的总决赛中，乔丹创造了新的总决赛纪录，他6场比赛平均拿下41。0的高分。在第6场中，公牛又来了个第4节逆转，这一次，乔丹连得9分，最后约翰·帕克森在距离比赛结束前3。9秒时的绝杀三分让公牛队以98-97战胜对手。
在这个三连冠的后期，乔丹已经不再仅仅是一个明星，他已经到达一个英雄的境界。在他职业生涯的早期，他羡慕小飞侠彼得·潘脱离地球引力的跳跃，羡慕他能够永保青春。然而在这三年中，球员和球队们似乎都承认了“脱离地球引力的跳跃，能够永保青春”的正是乔丹。他拥有了无数老老少少的球迷，尤其是对于孩子们他仿佛具有一种魔力，就像他代言的运动饮料广告词那样写的“像乔丹那样（BeLikeMike）”，让那些孩子们疯狂地追随着他的脚步。
98年最后一投(4张)在95-96年的征途中，乔丹拿下常规赛、全明星赛和总决赛三项最有价值球员奖（第二年乔丹又来了一次包圆），而之前只有纽约尼克斯队的威利斯·里德在1970年做到过，此后也只有沙奎尔·奥尼尔在2000年得到过。
虽然卡尔·马龙得到了96-97赛季的常规赛MVP（乔丹在97-98赛季又重新夺回了这个荣誉）并且再一次率领公牛6场战胜马龙的犹他爵士队登上顶峰。哪怕在关键的第5战时身患严重的胃痉挛并有着发烧和脱水的状况，他也不允许自己的队伍轻易输掉。那场比赛他拿下38分帮助公牛取胜，最后在主场拿下了第6场的胜利，从而第5次拿下总决赛MVP头衔。
公牛又来了个三连冠，97-98赛季再次6场战胜了爵士队。乔丹和他的队伍在第6战最后时刻还落后3分，在突破上篮得到2分之后，他从马龙手上断下篮球，冲向篮圈，晃过防守他的拜伦·拉塞尔，在还剩6。6秒时投出致胜球。这个进球的精彩镜头印刻在无数球迷的记忆中，而那张记录了球出手瞬间的著名照片也永载史册。
99年，NBA由于劳资纠纷只剩下一个缩水的赛季，乔丹也再次离开了球场。他说道，“现在我已