赤脚爬山涉水，但仍与国民党军作战；有的小部队在单独作战中，吃不上油盐和蔬菜，只好采食野菜野果充饥。
4月初，罗（田）麻（城）两县的县大队辗转到达商城县的长竹园，找到鄂豫区党委和军区领导机关。为集中力量，形成拳头，王树声和段君毅研究决定，将罗麻县大队改编为罗麻独立第十团，将麻西县大队改编为麻城独立第十一团。
1948年6月以后，由于解放军在全国各战场的胜利，特别是华东、中原野战军发起豫东、襄樊诸战役后，国民党军被迫将“清剿”大别山的兵力外调，开始放弃次要据点。同时，根据中原局1948年6月6日《关于执行〈中央一九四八年土地改革和整党工作指示〉的指示》（简称六六指示），将平分土地的政策改为减租减息的政策，急性土改的错误被彻底纠正，部分逃亡的地主、富农也回到了大别山，社会秩序日渐稳定。
根据形势的发展，为集中主力作战，王树声将第五十三团（原第五军分区的武装）、第五十五团（原第三军分区的武装）组成教导旅（第五十三、第五十五团分别改称第一、第二团），以昌炳桂为旅长、李士才为政治委员；并对各军分区的部队进行了必要的整顿，每个军分区组织3个团，全区先后组织了15个丙等团。关于教导旅的称谓，当时有人提议应称独立旅。但王树声认为，在红军时期独立旅不如教导旅的战斗力强，称教导旅在群众中的影响更好。教导旅的称谓就这样确定下来。8月下旬，鄂豫区党委召开扩大会议，对军区前一时期的工作进行了详细的总结，指出全区今后的主要任务是：集中力量打胜仗，争取大别山形势的根本好转。为完成这一任务，会后王树声又将教导旅改称教导第一旅，并抽调第一军分区的第十三、第十五团组成教导第三旅（第十三、第十五团分别改称第七、第九团），以雷绍康为旅长、寇庆延为政治委员。至此，鄂豫军区掌握了两个旅的机动兵力鄂豫军区部队经过整编，不仅在兵力上更加集中，而且战斗意志也较前大大增强，开始由山区转向平原作战，在国民党军兵力薄弱的地区展开反攻。由于济南、澄合战役的胜利及华东、中原野战军准备发起淮海战役，国民党军将“扫荡”大别山的主力大部北调，在鄂豫军区第一、第二军分区境内，仅留第五十八军新十师守备潢川、固始、光山、商城等地，以地方武装守备次要据点。
1948年11月淮海战役开始后，鄂豫军区的斗争形势发生了根本变化。国民党留在大别山的正规军不到10个团的兵力，只能固守据点或依托据点进行局部骚扰。为配合淮海战役，王树声率领鄂豫军区部队开始了全面的反攻。1949年5月20日，湖北军区成立。鄂豫军区机关全部编入湖北军区机关，独立师改编为湖北军区独立第三师，第一、第二军分区划归河南军区，第三军分区改编为孝感军分区，第四、第五军分区合编为黄冈军分区。