营1千几百人反倒被包围起来，处境十分危险，这时突入的部队公推59团团长晋士林为临时指挥，再次发起进攻，扩大战果，企图在天亮前占领村内制高点，核心阵地大庙，但是连攻数次，伤亡累累，一点效果没有，天放亮前守军除了用火力封锁突破口，展开部队从两翼进攻突破口，重新夺回突破口，团团包围了突入部队。
晋士林、吴忠不得不带领59、58、62团突入部队依托已占领的5个院落转入防守，突入的1千几百人守在5个大院里，虽然在两个主力团长指挥下，构筑大量工事，将5个院落墙壁全部打通，使5个院落连为一体。还是施展不开，6日上午9点章缝集守军32团有组织地展开反攻，迫击炮弹、手榴弹雨点般落在5个大院里，战防炮在炮连连长林文模亲自指挥下，将战防炮抵近院墙几十米处射击，炮声响处，只见浓烟弥漫，房倒屋塌，院墙被轰开几个缺口，守军死伤累累，62团一营营长孟宗华腿被炮弹炸断坐在地上，32团士兵一涌而上从突破口进入，守军全部退入屋内防守，两个战士上前架着营长孟宗华往屋内跑，这时一个****士兵从突破口进入，举起汤姆式冲锋枪打了一梭子，孟营长和两个战士全身中弹，倒在院内，当场死亡。屋内守军见状不顾一切发起反攻，重新封锁缺口。32团战防炮连长林文模在抵近射击时，也被守军打死。战斗进入拉锯状态。
32团从6日上午一直到下午，发动了3次进攻，都被击退，但这种凶猛进攻势头使得突入部队顶不住了，进攻部队每发炮弹都给守军造成重大死伤，59团突入两个营，伤亡大半，59团2营教导员、3营营长都在混战中被打死，工事全部被摧毁，院内躺满了尸体，满屋都是伤员在呻吟、哭喊。第3次进攻时，庄内临时总指挥59团团长晋士林和政委首先动摇了，6日黄昏时分，在团长晋士林带领下，撇下友军58、62团部队不管，自顾自突围逃命去了，整个突围过程损失非常大，在32团枪林弹雨中，死伤累累往外冲，团长晋士林、政委刘权都被打伤，团长晋士林被两个战士架着逃出了章缝集，这成了军政双优、解放军中极少有的大学毕业将领晋士林一生耻辱，并为此背上黑锅，战后被调动了职务，作为处罚，直到淮海战役前还是个团长。
59团残余部队突围逃跑后，32团迅速从两翼封锁突破口，并将留在突破口掩护的59团3营9连全部消灭，重新封闭突破口。
留在庄内残存的58、62团部队只剩不到300人，力量更加薄弱，守在几个大院里，危在旦夕。
晋士林突围后，司令员杨勇找他谈话，知道了村内的严重情况，并向中野做了汇报。鉴于7纵进攻章缝集失败，刘、邓决定将进攻更加不顺利的3纵全部（欠24团）调到章缝集，会合7纵，两个纵队合力进攻章缝集，将战略目标从歼敌一个旅明确修改为消灭章缝集守军32团一个团，救出吴忠等人。
就在9旅扫清外围同时，主攻东西蒋庄部队7旅、8旅也进到集结地域，不幸的是被守军提前发现，猛烈山炮、迫击炮炮火从天而降，一顿杀伤，还未进攻就死伤200余人，士气大受影响。安置完死伤人员后，7、8旅重新集结，于10月4日晚22点，再次发起总攻，7旅（欠21团）攻东蒋庄，根据11军战史记载：“4日22时，第7旅（欠21团）攻东蒋庄，19团担任主攻，其1营攻村北、3营攻村东，2营为预备队。20团在东、西蒋庄西北方向牵制敌人。战斗发起后，19团9连从敌鹿砦、暗堡间突入，由于敌暗火力点封锁突破口，被敌包围。该连临危不惧，依托占领的几间房间，与敌展开顽强拼杀，连长负伤，排长代替指挥，战至翌日拂晓，在2营1个班的接应下，该连司号员从村内出来带路，突出重围。21团1连也突入敌前沿阵地，攻占2个地堡，拂晓，亦撤出战斗。”
第8旅23团主攻西蒋庄，该庄守军环村设置鹿砦，房下构筑暗堡，火力组织严密。经彻夜激战未攻入村内，拂晓后撤出，战果更差，用了九牛二虎之力，连村边都没攻到，反倒死伤一大堆，进攻严重失利。
趁3纵进攻东、西蒋庄部队受挫之机，11旅旅长于5日早晨，亲率特务连从西蒋庄出击，进行反击，俘虏了100多名解放军，并将另100多人包围在蒋庄野地里，那100多人用了个缓兵之计，派1人到蒋庄守军接洽投降，这100人后来在援兵支援下，全部突围跑了。杨伯涛率部在东、西蒋庄的奋战，大获全胜，大大震撼了中野。
杨伯涛的英勇防守对战局影响很大，胡琏在战后11师军官总结会上说道；“这次东西蒋庄与章缝集地形都较疏散，东西蒋庄更散，兵力大致相同，都是攻击重点，但结果不同，主要原因是因为第十一旅杨旅长果断勇敢适时掌握战机，亲率特务连反击，而竟能固守，假如两地都被突破，那时结局将不是这样的。”
7纵围攻章缝集一个团失利，反被包围部分，3纵围攻一个旅部加一个团严重失利，面对这种严峻严峻形势，刘、邓不得不作出更现实可行的调整，即决定停止进攻东西蒋庄，集中3、7纵两个军以