上岸。这是因为当初，温峤认为南军熟悉水战，苏峻军善于步战，想用己之长制彼之短，就宣令三军：“有上岸者处死。”
于是毛宝就对部下说：“兵法上说：军令有所不从。现在情况变了，哪能不上岸呢！如果温将军要拿军令处罚大家的话，就由毛宝我自己承担罪责好了！”
这样就打消了兵士们的顾虑，采用变通之办法率领兵士打了个漂亮的伏击战，成功袭击了祖约的司马桓抚，夺取全部米粮一万斛米，并俘虏斩杀一万多名贼军，令祖约更加缺粮，祖约军队因此大饥。
温峤得知这一喜讯，十分高兴。他嘉奖了毛宝的功勋，上表任命他为庐江太守。
之后温峤就与陶侃以水军直指石头城。
苏峻当时见到在查浦的陶侃军和沙门浦的温峤军兵士众多，显得有些畏惧。
但另一方面，在广德的桓彝显得孤立无援，周边郡县都向苏峻投降，但桓彝坚决不降，后被韩晃击败并围困，最终因城陷桓彝被杀。
东军方面，苏峻开始打算以赦免庾亮诸弟以取悦众心，但仍派张健、管商、弘徽等人进攻。起初东军虽有小胜，管商等进攻吴郡，焚烧了吴县、海盐、嘉兴，打败了诸路义军。
管商等又焚烧余杭，也焚毁了刚建成的灵隐塔寺。但在武康被官军打得大败，退守义兴。
但后来庾冰与顾飏皆被张健击败，令吴郡郡城被张健所掠。顾众与虞潭后也被管商击败，分守吴兴及柴辟。后虞潭再于吴兴战败，吴兴郡的东迁、余杭和武康都因其军败退而被苏峻军抢掠。虞潭派往吴县的督护沈伊亦败于管商。抵抗形势很不乐观。
西路讨伐军逼近石头城时就打算作一次决定性战役，但陶侃认为苏峻兵强难以争锋，打算进行持久战并以智谋击败他。后因多次交战都无大成果，便筑白石垒固守，由庾亮领二千守军据守。不久苏峻以万人来攻，庾亮带领将士死打硬拼，顽强抵抗，苏峻仗着人多也不能攻破。陶侃于是命郗鉴和郭默还驻京口，建大业、曲阿和庱亭三垒分散苏峻军力。
祖约发现桓宣带领部下悄悄脱离了自己，便派遣祖涣和桓抚追击，追到马头山。同时祖约也让祖焕、桓抚他们袭击湓口的陶侃，而马头山在去往湓口的途中。
陶侃要亲自迎战，毛宝说：“义军都依赖陶公，杀鸡焉用宰牛刀？陶公不可轻动，就让我带兵去征讨如何呢？”
陶侃禁不住对毛宝另眼相看。他对座中宾客夸赞说：“这个年轻人不简单啊，他的话可以采用。”于是就派毛宝去了。
此时，桓宣被祖涣、桓抚等人攻击，便派人下山向毛宝求救。毛宝手下人认为桓宣本来就是祖约的人，怀疑他。于是桓宣派他的儿子桓戎再来求救，毛宝就跟着桓戎去救援。毛宝率兵赶到，贼军与桓宣激战正酣。桓宣已经明显招架不住了。
毛宝军远离后方兵力薄弱，军械质量低劣，但毛宝勇猛上阵，率领将士拼死一战，终于赶跑了贼军，解救了桓宣。毛宝所带军士伤亡大半，毛宝自己也中了一箭，箭穿过大腿钉入马鞍，让人踏着马鞍才把箭拔了出来，血流满靴。
毛宝领兵救援并成功击败对手，使得桓宣解困并投归温峤。此后毛宝又于东关与祖约作战，攻破了合肥城。
令祖约没想到的是，他的下属将领竟暗中勾结后赵，作为内应。
后赵于是派石聪和石堪渡过淮河进攻祖约守卫的寿春。里应外合之下，祖约被后赵军击败，逃奔历阳，而后赵军则俘虏胁迫着寿春二万多户人北归。
苏峻的心腹路永、匡术和贾宁知道祖约兵败后都感到害怕，于是劝苏峻尽诛大臣，改立自己的心腹为朝廷大员。但苏峻敬重王导，不肯接受。路永等因而对苏峻不满。
王导一看叛军里边起了内讧，感觉有机可乘，便派参军袁耽劝说路永归顺。王导及后试图靠着路永救出成帝投奔义军，但因守备森严而失败，王导于是带二子与路永逃到白石。
讨伐军与苏峻军相持不下，而苏峻分遣诸将四出攻掠，擒获很多，军威日渐强盛，战无不克，因此陶侃、温峤的义军士气低落，部众多怀有异心。
朝中大臣很多赶来投奔来义军的，相互转告说：“苏峻狡猾奸诈智谋多，他的将士也很骁勇，所向无敌。应当以天子的名义讨伐罪人，要想诛灭他恐怕要用一个时期；若是凭义军的抵抗，不易剿除。”
温峤听了这话，十分恼怒，说道：“你们都是胆小鬼，这是长贼人的志气，灭义军的威风啊！”
但此后温峤始终无法击溃苏峻军，反倒军粮用尽。别无他法，温峤只好提出向陶侃借粮。
此举却令陶侃十分不满。他说：“我早就说过，对付这些叛军不是短期内能成功的，现在咱们接连吃败仗，你的军粮也用完了。我看就算了吧，打不赢，暂时可以休战。我要退回荆州慢慢跟叛军打消耗战了。”
温峤一看陶侃气馁了，又不想借给他军粮。便说：“汉光武帝在昆阳之战和曹操于官渡之战中不是都以寡敌众，先败后胜的吗？原因很简单，这都是因义而胜。现