神祖混沌真身在这最后一次前往炎黄祖域重开天地的路途中果然如仙祖等的推演的结果一样，不是一帆风顺，当混沌青莲承载了已压制了修为变作了婴儿的神祖的混沌真身以及压制了修为化作了本体玄黄一气的玄黄帝君飘至魔域与炎黄祖域间的混沌中的时候，混沌青莲正在急速地飘移间，忽然在虚空中闪出二人拦住去路，准确地说也不是两个人，分明就是两个怪物，其中一个头生双角，两耳旁分别生有一簇直竖的毛发，人身牛蹄。另一个分明连怪物也算不上，虽然长得也不似人样，但看其目光呆滞，明明是一具傀儡。从这拦路的二者像貌上看来，分明不是炎黄星域之人，那就只有一个可能他们是那个异宇宙之中的人。现在的混沌青莲内具有抵抗能力的只有化身造化玉碟器灵的玄阴娘娘，玄阴娘娘现在的修为早已是主宰后期境界，在二人即将出现时，她已感觉到了空间的波动，随着这两个人一经出现，玄阴娘娘一看这两个人也不由得吃了一惊，那个怪物倒不足为惧，堪堪圣人中期的修为，玄阴娘娘自信能轻易将其打发掉。而玄阴娘娘再一看其身边的那具傀儡，不由倒吸了一口冷气，因为那具傀儡的修为她竟然看不透，这只能说明一个结果，这具傀儡的修为至少比她高了一个大境界，也就是至少是至尊境界的修为，至尊对主宰简直可以秒杀，自己看起来毫无胜算。但事到眼前，怕也无用。她本可以唤醒玄皇帝君与神祖的混沌真身与她一起与这二人相斗，但那样的话这次的计划将全部付诸东流。玄阴娘娘一咬牙，为了这次计划的成功决定自己面对，实在不行她还有一张底牌，那是玄黄帝君在计划确定下来之后，为了确保玄阴娘娘与混沌青莲的安全，以无上神通给玄阴娘娘炼制了一张神遁符，叮嘱她如遇到生命危险即可把神遁符挂于混沌青莲之内，又把使用的咒语法门教给了她。签于以上情况，玄阴娘娘出了混沌青莲，与那二人分说，却谁知那二人并不与她多说，那怪物指示身后的傀儡与玄阴娘娘斗在一起，玄阴娘娘哪里是那傀儡的对手，没有几下就被那傀儡一掌击出多远。其实这也是玄阴娘娘故意露出的破绽，她虽然受伤但也成功地借着那傀儡的掌劲逃回混沌青莲之内，一进入混沌青莲，玄阴娘娘强忍伤痛，立刻取出神遁符挂于混沌青莲之内，当即念动咒语，混沌青莲当即被一股巨力包裹，瞬间撕开空间，一闪而逝。那傀儡遥遥向混沌青莲拍出一掌，就这一掌为混沌青莲在盘谷开天辟地时承受不了开天斧气之力而四分五裂埋下了隐疾。而玄阴娘娘所不知道的是，就在他与傀儡交手之时，那蚩尤却趁玄阴娘娘没注意把一绥黑气射入了混沌青莲之内，这绥黑气乃是天照的一丝神魂所化，并附有天照的一滴精血。原来那异宇宙掌控者果然推演出了玄黄以及神祖等人的计划，其实这些在掌控者眼里都是小打小闹，实力相差太大，眼界自然也变得不同，但本着不得不防的原则，异宇宙掌控者才派出其手下大弟子蚩尤带了一具至尊巅峰境界的战斗傀儡于混沌青莲前行的路上进行拦截，表面上是抢宝劫人，其实真正的目的就是为了把那一缕带有天照一丝神魂与一滴精血的黑气置于混沌青莲之内，从而为以后的灭世大劫埋下一颗棋子。
玄黄帝君炼制神遁符时已是至尊顶峰的境界，因此他炼至的神遁符当然具有至尊顶峰的威力，速度可谓奇快无比。蚩尤一看追之不及，只好带了傀儡离去。不知过了多长时间之后，混沌青莲经过漫长的混沌漂移，终于抵达了炎黄祖域中地球的位置，混沌青莲静静地停在地球之上的混沌中，而神祖的混沌真身则在里面慢慢地修养、恢复。这混沌青莲内部本就是一个小世界般，玄阴娘娘在炼制之时在里面设置了高深的聚灵阵法，以及时速加速。因此在这时浓郁的灵气的环境中以及时间加速的影响下，混沌真身快速的恢复了修为，但也只是恢复了修为，却没有任何的提高，当初玄黄帝君与神祖等人本想让他压制修为，经过青莲内的混沌灵气的滋养再有时间加速的作用下，使得其修为达到至尊的境界。但也是因为在途中那个傀儡遥遥的一掌，使得青莲受到震荡，就连混沌真身身体内有了一丝隐疾。才没有达到预期的效果。甚至是为混沌真身后来开天后力竭而死埋下了隐患。
神祖的混沌真身恢复修为后，立即开始了开天辟地，刚刚开出的天地并不稳固，渐渐相互并拢而来，混沌真身万般无奈以身顶住，到最后还是精疲力尽，身死道消。全身都化作了这世间的万物。只留了一丝神魂藏身于后来的西昆仑青莲底座化成的瑶池之底，静等杨过的到来。这就是玄黄帝君与神族最后推演所加的一些设计，其中包括杨过今生的种种奇遇以及逆天改命。
后人为了永记神祖混沌真身的开天之德，尊称他为盘古大神，或者盘古真君。在盘古开天之后，混沌青莲本有旧伤再受开天斧气冲击最终四分五裂，玄黄帝君所化的玄黄一气随混沌清莲的四条根须遁于混沌之中不知去向。这天地间的世界万物在原计划中应该有玄阴娘娘利用造化玉碟来完成，谁知道在路上玄阴娘娘身受重伤，至今尚未恢复，那里行的了这造化之事，盘古开天之时因受开天斧气的冲击的造化玉碟本于路上已然受损，当即分作两半跌落混沌深处，而玄阴