师文册尔为护国明著天妃，于戏，捍患御灾，功载祀典，辅相之功甚大，迫崇之礼宣优，尔期服兹新命，以庇佑我黎民，阴相我国家，则神之享祀有崇，永无极矣!”
元仁宗延祐元年(1314年)，仁宗下诏书说：“爱人利物克著于重溟，崇德报功，礼宜崇乎……肆颁伦命，护国明著天妃林氏，聪明通达，道心喜利，当临危履险之际有转祸为福之方。详飚迭驭，曾闻瞬息桅樯出火，屡见神光，有感即通，无远弗庙，顾东南之漕运实左右之凭依，不有褒恩，易彰圣迹，于戏!爵以驭贵，宣懿号之加，海不扬波，尚冀太平之助，可加封护国庇民广济明著天妃。
至元文宗天历二年(1329年)封护国辅圣庇民显佑广济灵威助顺广惠徽烈明著天妃。
褒封的原因是：文宗天历元年，夏备海道万户府分司运粮至大海，飓风骤起，巨浪连天，七日夜不息。人因疲乏，运艘几于翻覆。舟人哀号求神庇佑。会暮，有灯从空中而下，掩映舟中辉煌如昼。宛见神灵陟降。少倾，怒涛顿平，船上觉异香缤郁。自此水道无虞，径抵直沽。都省奏闻，奉旨差翰林国史院学士普颜实理，御香驰致祭。二年漕运复籍神庇无失。事闻于朝，即于加封，并遣官黄份等驰传具礼专诣湄洲特祭，并致祭淮浙闽海等处各种庙共十八所。
当时文宗下诏说：“阴阳不恻惟神克燮理之道，河山永定在国尤资转运之功……护国明著天妃，天地钟灵，山川炳慧，风转舵摧，屡救吾民之危，大流水争，常全藩舶之危……”。元文宗天历二年，北至直沽，南至泉州，朝廷为漕运顺利，命翰林院拟就祭文到各地天妃宫致祭。
信奉天妃至明朝更为盛行。郑和七次下西洋，历时三十年，涉沧溟十万余里，往返于太平洋、大西洋和阿拉伯海，途经三十多个国家，乞求保护的神主要是天妃。
在福建长乐县三峰塔寺石刻《天妃灵应记》中记载和流传，明永乐三年，三保太监郑和首次下西洋，途经长乐海域，突然狂风大作，恶浪滔天，眼看舟楫有倾覆之危，郑和焚香三柱，求天妃保佑，顿时风平浪静。．于是，郑和在长乐立庙祭祀天妃。据清乾隆年间林清标辑《湄洲志》中记载，郑和首次下西洋至广州大星洋遭风，舟将覆，舟工祈祷于神说：郑和奉命出使西邦，忽遭风涛危险，身固不足惜．恐无以报天子，且数百人之命悬于呼吸，望神救之。俄闻喧然鼓吹声，一阵香风，从上而来，宛见神立于桅端，风恬浪静，归朝复命奏上，奉旨整理祠庙。
史料还记载；明永乐七年巳丑(1409年)，钦差太监统领指挥陈庆等往西洋，贼觇识，垂涎宝货，率数十艘于中流截劫。正值大风，奔流如飞，我舟被困，众惧股傈，陈等奉君命到此．数百人在茫茫大海中，须决雌雄尚可生还，当夜神梦示佐风擒敌，我舰乘雾急风上朔，翌日顺风，陈庆乘风冲敌舟，贼惊骇，风急舟快，贼蓬被官桅倒插破裂，陈庆挥刃越舟，贼首投水，钩而俘之，余悉就擒，获军器货物无数，复命奏上奉旨再次褒嘉天妃。
据《琉球国志略》记载：明宣德五年十二月，钦差太监扬洪统领指挥，千百户及随从人等，驾船大小三十只，装载彩币，尝赐阿舟、暹罗、爪哇、满加剌、苏门答腊、木骨都、东卜剌哇、竹步八国，恭奉神妃，朝朝拜祈保佑。一月，舟至中流，天日清霁，远望大屿横峙海中，上多怪石，错生海物，众曰舟中郁郁已久，盍登岸少舒，各奇蹬而上，又旁有小矾，一女子携筐采螺，竟赴矾迫视之，洪恐其肆慢，趋前呵止，女子忽不见，回首大屿已没。方知前所登屿，即巨鳌浮现，其灵女乃天妃，现身救此数十人，各叩首谢神，归奏皇上奉御香祭致。
在明代，信奉天妃已达**，尤以郑和下西洋为最，大小船只出使海上，船舱中必供有天妃，在海上朝拜祀祷保祜。据《天妃之神灵应记》碑记载：“而我之云帆高涨，昼夜星驰，涉彼狂澜，若履通衢者，诚荷朝廷威福之致。尤赖天妃之神保祜之德。”《西洋通俗演义》中描述：“当乌天地黑，浪滚涛翻，狂风刮地而来时，郑和和王景弘跪道：“信士郑某、王某奉恭奉南赡部州。大明国朱皇帝钦差。前往西洋。抚夷取宝，不料海洋之上，风狂浪大。宝船将危，望乞天神俯垂护祐回国之日，永奉香灯。”祷告完毕，只见半空中划喇一声响，响声中吊下一个天神，手里持一盏灯笼，大声喝道：“甚么人作风哩!”喝完当即风止，又喝声浪，当即浪静……
郑和下西洋行前沿途要祭祀天妃，平安归来后又要酬谢天妃。
明末，郑成功起兵抗清，以厦门为阵地，继而出师台湾，驱逐荷夷，收复台湾。军队乘船到达彭湖时，狂风大作，连日不停，军中粮草殆尽，眼看士气不振。郑成功跪下朝天叩求神助说，要是郑军不该灭，请即风息浪静。祭毕当即如常．于是，军队顺利突入鹿月门，占领赤嵌城。因此，郑军安定后，郑成功即在各地建庙祀奉天妃，称天妃为妈祖，又荣称为开台妈。
清朝康熙二十一年孟冬，靖海将军施琅率三万水师驻莆田平海，因军中缺乏淡水，饮用困难。施琅访得平海天妃官前有一口枯井，据当地百姓