话说得太鲁莽了。果然，太后隔帘就发问：“宰相你说的这叫什么话，什么叫同母弟啊，这六个皇子难道不都是哀家的儿子吗？”这下宰相就傻了。因为哲宗皇帝本身就是庶出，不是向太后亲生，而是朱太妃所生。现在如果再立朱太妃所生的简王，那朱太妃就有两个儿子先后为帝。太后虽然是正位中宫，有这个位份，但是倘若朱太妃的两个儿子都当皇帝了，那太后和朱太妃的关系就不好处了。因此，太后勃然变色，章惇的这个提议也就作废了。
既然立简王不行，章惇于是又提了一个人。他说：“按照长幼之序，当立九子申王。”因为皇子前十位里就剩老九了，所以应该立老九申王。他一说完，满朝文武，包括太后都乐了。为什么？因为申王有目疾，是个盲人。甭说中国历史，就是世界历史上，好像也没有盲人做皇帝的。太后心想，你说立申王，他连奏章都看不了，你这不是成心的吗？所以章惇一说，大家一乐就完了，根本就不再讨论了。
再往下数，就该十一子端王了。章惇心中暗说，不好不好，实在不好！因为他知道，这个端王整天就是踢球、赏花、写字、画画，跟名妓勾勾搭搭，这种人怎么可以君天下？别看章惇是个奸臣，但是他确实有识君之才。果然，太后在帘子后面说：“那这样一来，下边就该端王了吧。”章惇一听，脑子就乱了，也不顾君臣礼仪，大喊一声：“端王轻佻，不可以君天下。”这一句，可就为他后面的凄惨人生埋下了伏笔。
太后听了章惇的这句话很生气，心想，你说立谁就立谁，我立的你就给否了，而且连君臣礼仪都不顾，这还得了？这个时候，同僚们也开始落井下石了。当时的枢密使曾布，觊觎宰相的位置已久，他想，先帝在位十年，章惇当了六年宰相，如果再让章惇看中的人做了皇帝，那还有我当宰相的时候吗？所以，曾布这个时候就跳出来指责章惇，说他“所发议论，令人惊骇，不知居心何在”。这样的大帽子一扣，给了章惇一个承受不了的罪名，他就没法再说话了。这时，太后发言：“先帝尝言，端王有福寿，且仁孝，不同于诸王。”说这个孩子有福寿，而且非常孝顺，不同于其他的皇子。最后太后拍板，说就立端王。随即召端王入宫，在大行皇帝灵柩前继位，这就是宋徽宗。宋神宗朝，王安石秉政时赏识章惇，提拔重用，协助推行新法。宋哲宗即位，宣仁太后临朝听政，司马光主政，尽罢新法，章惇力争，被黜出外郡。宋哲宗亲政，复行新法，起用章惇为相，于是对元祐年间支持罢法的大臣开展报复，活着的大肆流放，死了的继续贬官，祸及后人。宋徽宗即位，记恨章惇曾反对其嗣立，贬章惇至岭南雷州。
章惇更主张对哲宗前期窃国权柄的高太后进行清算，然而未能成行，功亏一篑，以至于后来高太后派系的神宗皇后向太后能够安然无恙的自立北宋朝的亡国之君徽宗。倘若清算高太后能够成行，则能够更加深深的打击旧党，维持神宗和王安石的新政，进一步增强国家军事力量，从而保持北宋对异族的军事打击优势，从而有可能避免随后而来的靖康耻，宋氏南渡，国土沦丧，进而整个汉民族在旧党盛行的南宋时代第一次整个民族沦丧异族之手。章惇堪为整个哲宗朝的中兴名臣，后世由于南宋朝均为旧党把持，因此对其大家侮辱和诽谤，然而站在历史高度，他不愧为一个正直不阿，才能超重的北宋堂堂名相。
至于章惇苏轼原是两位挚友，后来何以会交恶？主要是政见不同，章惇为王安石所器重，极力支持变法，是新党的中流砥柱；苏轼却极力反对变法，是旧党的代表人物。其次，苏轼直到章惇的绝密**，至少章惇感觉到，苏轼是在有意诋毁和侮辱他。‘打人怕打脸，说人怕揭短’，苏轼有点‘哪壶不开提哪壶，致使章惇极端反感。比如：章惇和苏轼经常有诗词唱和，在苏轼给章惇的一首诗中写道：
方丈仙人出渺茫，高情犹爱水云乡。
功名谁使连三捷，身世缘何得两忘。
早岁归休心共在，他年相见话偏长。
只因未报君恩重，清梦时时到梦堂。
野史传说，章惇的父亲章俞，与岳母私通，而生章惇。岳母怕丢人，把孩子扔进河里。章俞不忍心，捞起孩子，雇保姆把他养大，没成想，后来竟官至宰相。苏轼诗中，‘水云乡’，‘身世’，‘话偏长’等词句，使章惇疑虑重重，总觉得苏轼没安好心。