是不可能会放出去的。”吕子实见巩宣如此决然，知道已经不能劝说巩宣，于是道：“既然不能放他，我去牢中看他总无妨吧！”巩宣道：“不行！”吕子实对此甚为不满，但是自己又能怎么办，没有办法，也只好就此离去了。
巩宣将车鸣关进了大牢，来见车鸣。车鸣见了巩宣，只怕他是来取自己性命。想要设法保住自己性命。可是怎么想也想不到巩宣现在到底是怎样的心态。能够明白巩宣的心态，那要想到对付他的方法，是不难的。可是在这几个月里，巩宣的作为，是令车鸣费劲心思，也想不明白他到底在怎样的心态的。现在被巩宣关进了大牢，车鸣知道巩宣是一定要杀自己的，所以就更尽心去思索巩宣的心态。但到了这个时候，在短时间内，又哪里能够想明白巩宣的心态。现在眼见巩宣到来，知道他是要来杀死自己，却怎么也想不到应对的方法，免不得又急又怕。
巩宣见车鸣道：“我可曾做过害你的事？”车鸣道：“不曾。”巩宣道：“那你为何聚众商议害我之策？”车鸣道：“大人近期作为，实在教小人无法猜透。小人也是担心大人会做出出人意料之事，才会这样。”巩宣道：“你只是因为看不懂我，担心我会做出害你的事情，就要杀我？”车鸣点头承认。巩宣自言道：“一介平民，居然也敢有这样想法，着实不能想象。”于是就要命人杀了车鸣。车鸣早已料到这样，所以现在也不惊慌，眼见钢刀已经架在脖子上，反而不再害怕，问巩宣道：“小人只希望大人说明一事，死也无怨！”巩宣道：“说什么？”车鸣道：“大人现在会有这样的作为，到底是怎么想的！”巩宣深思道：“天理不公，法理何公！法理不公，我又能如何！”车鸣听巩宣这样说，却是一时想不明白其中意思。想要多思，已经不能。
吕子实离开了府衙，想尽办法，要进牢中，去看车鸣。吕子实寻到了牢头范成霖，希望范成霖能够让自己去见车鸣一面。因为吕子实是朝廷中人，范成霖自然不愿开罪他，于是向吕子实实言道：“车鸣早已死了，大人现在去牢中，也见不到他了。”吕子实听了，大惊道：“他怎么会死了的！”范成霖道：“车鸣被知府关入牢中后，第二天，知府就去了大牢，处死了他。”吕子实大怒道：“判处死刑，须经刑部批准，才可行刑，他巩宣凭什么就这样杀了车鸣。何况车鸣还是朝廷派来辅助我的！”范成霖道：“大人也不必动怒，现在车鸣已经死了，大人还须想想以后怎么办才好。”
吕子实来到府衙，找巩宣问罪。巩宣便与吕子实争吵起来。吕子实叫道：“那车鸣是我副手，你凭什么就把他杀了！”巩宣道：“他是通缉犯，我杀通缉犯，有何不可！”吕子实道：“就算是要杀他，也须上奏朝廷，等候朝廷批准，才可执行。你根本没有权力就这么杀了他！”巩宣道：“只是杀一个通缉犯，哪里需要朝廷批准！”
吕子实见不能与巩宣说通，于是叫嚣道：“我现在已有你滥杀无辜的证据，而你又在牢中随意处死人犯，不依法律程序，上报刑部批准。待我上奏朝廷之后，定然罢免了你知府之职！”巩宣却是不以为然，道：“那你就去上报朝廷好了！”吕子实见了巩宣这样，更是生气，于是回去东京了。
吕子实回到东京，就往御史台去了。见了御史台中众多官员，吕子实将此去大名府的事情都说了出来。一众官员听完了吕子实说话，都是有些难以相信。御史中丞石坦听完吕子实说话，以为有了这些证据，要告倒巩宣，就有机会了。于是去找盛室殿说话。
盛室殿与石坦说了吕子实此去大名府所做的事情，知道车鸣已经被巩宣处死，有些伤痛。盛室殿道：“那巩宣竟如此肆意处死朝廷派去的人，着实大胆！”石坦道：“吕子实也已经查明了巩宣判处的两起冤案，那两起冤案，都是巩宣屈打成招的。我们以此为由，告到陛下那里，想必可以告倒巩宣。”盛室殿道：“如此甚好。”于是与石坦商议，上告巩宣的事情。
石坦求见神宗。神宗召见石坦。石坦见神宗，礼见毕。石坦道：“近日有大名府百姓车鸣诉告大名府知府巩宣胡作非为、枉杀无辜，臣特此来见陛下，禀告此事。”神宗道：“查明此事，原是你御史台的职责，何必禀告于朕。”石坦道：“臣已派人前往查明了此事，所以才来禀告陛下。”神宗道：“事情怎样？”石坦道：“事情不假。监察御史吕子实前往大名府，查访不过几日，就已经查出巩宣判处了两起冤案，而且都是屈打成招。那巩宣在大名府，不仅造成无数冤案，而且他处死犯人，不经刑部批准，常常自行处决。上告巩宣的大名府百姓也已经被巩宣杀死了。”神宗听了，愤然道：“果真如此！”石坦道：“臣不敢欺瞒陛下，事实确实如此。”
于是神宗下令，命礼部员外郎王子韶传巩宣进京觐见。
巩宣接到天子传召，不敢耽搁，直奔京城而去。巩宣到了京城，王子韶先入宫觐见，奏明天子，巩宣来到。神宗命巩宣第二天早上早朝时见君。王子韶也就去向巩宣说明了。
第二日早上，巩宣自在崇政殿外等候召见。神宗早朝时与重臣说起了巩宣的事情，便命巩宣进殿见君。