”神宗将宋贤正上书的那折子递到吕嘉问面前，道：“你自己看吧。”吕嘉问接过折子，看了一遍，惊道：“居然贪了这么多！”神宗道：“一个江陵府就有这许多的官吏涉案，整个江南，还不知道有多少人！”吕嘉问道：“人抓了这么多，陛下打算如何处置？”神宗道：“你先从吏部挑选一些人下去，到江陵府任事。至于处罚的事，可以容后再议。”吕嘉问自从吏部选了十人，前往江陵府。
次日早朝，神宗道：“御史中丞周吉、翰林学士吴达通、户部员外郎冯琨、通议大夫韩朗、太常卿陈炆。”五人听了神宗叫到自己名字，纷纷出列道：“臣在。”神宗道：“着御史台将这五人收押。”五人听神宗叫自己出列，竟是要收押自己，忙跪下道：“臣冤枉！”神宗道：“冤枉，你们可知朕为何要关押你们。”五人皆道：“臣等不知。”神宗道：“江陵府可曾有人送过银子给你们？”这五人都是在江陵府修筑河堤时，收过银子的。现在听神宗这样一问，知道神宗手上握有证据，一时都说不出话来。神宗道：“朕可冤枉你们了？”五人只是求道：“陛下开恩，臣等以后不敢了。”神宗却是不理，只是道：“将这五人收押了。”于是殿前禁军奉命，将五人拖出，关于牢中。只等御史台审讯几人。
过了半月，朝廷派来十人都已到了江陵府，宋贤正又在江陵府内招选了些人物，各人都已上任，江陵府中职位，才算都有了人。宋贤正见职位都有了人，便要处理那些贪污的犯官。新任的知府楚烷知道宋贤正要处理那些犯官，便劝道：“天子说过，处理之事，容后再议。钦差还是先往各地彻查河堤之事才是。”宋贤正道：“先将这些犯官都处理好了，也费不了多少时候。况且这也有利于以后查案。”楚烷见宋贤正坚持要先处理犯官，也就不再多说什么，只是道：“钦差若要用得下官处，只管吩咐。”宋贤正道：“确实还会用到大人。”楚烷道：“不知是什么地方，需要楚某？”宋贤正道：“以后再说了。”
宋贤正命人从牢中将有关河堤一案的所有犯人都带到了府衙大堂，四十六名犯官，除纪子燎一人已被宋贤正杀死。一十二名商人，处一人被宋贤正杀死。其余共五十六人全在这里。大堂中没有足够地方，有些人就跪在堂外。
宋贤正道：“你等前翻所招供的，都是实情？”众人皆道：“都是实情，还请大人饶恕小人等一命！”宋贤正道：“洪文礼、汪立远！”洪、汪二人齐道：“犯官在！”宋贤正道：“你二人罪大恶极，原当处斩。不过念在你二人揭发有功，今日姑且饶过你们一命。”两人齐道：“多谢大人！”宋贤正道：“处你二人释放出牢，家产尽没。”于是命人先将这两人押出了衙役，放了出去，又命人去将他们的家都查抄了。
宋贤正又冲堂下那五十四人道：“你等罪大恶极，今日本钦差就判处你等死罪，立即执行！”众人听了，都是又惊又怕，纷纷叩头讨饶。宋贤正哪里听在耳里。只是吩咐士兵道：“将他们全部拖出去斩首。”楚烷见了宋贤正真要斩杀这几十人，忙劝阻道：“大人不可斩杀他们！”宋贤正道：“这些人，罪大恶极，如何不能斩杀？”楚烷道：“依我大宋律法，凡是死罪，必须交由刑部审查。待到刑部批复后，才可执行死刑。今日大人刚刚给他们定罪。至少也要先报于了刑部，等刑部公文下来了，才能执行。”那几十人原也有不少知道这条律法。只是一时被吓坏了，所以一时间，谁也没有想到这一点。现在听到楚烷说起，都以为有了一根救命稻草。便纷纷附和：“须等候刑部审批，才可执行。”“哪能说杀就杀。”“我就不信刑部也会同意我们这五十多个人，一起死了。”
宋贤正听这些人都叫了起来，便将手中宝剑拔出，叫道：“谁敢再说一句，我现在就砍了他！”这些人都是见到宋贤正杀人的，知道他说杀就杀。听他这么一说，谁也不敢再说话了。宋贤正见没人说话，都安静了下来。道：“此天子之剑，见此剑如见天子。”楚烷当先跪下道：“吾皇万岁万万岁！”其余之人也都纷纷跪下。宋贤正冲楚烷道：“以天子之剑斩杀他们，与天子斩杀他们一样。天子斩杀他们，总高过刑部审批了吧？”楚烷见是天子之剑，不敢阻拦，道：“谨遵钦差之意。”宋贤正又冲那些犯人道：“你等贼子，为了贪图那些款项，竟然将如此重要的河堤事项也不放在心上。致使长江洪水冲毁堤坝，导致数十万人受灾、数百万亩良田被淹、数百人被洪水冲走，死活不知。你等罪过，虽死难以洗清。现在不但不知悔过，居然还敢妄想活命！”于是宋贤正手持宝剑，将那五十四人，一一斩杀。
宋贤正杀了他们，又对楚烷道：“将他们财产，全部查抄。”楚烷道：“下官遵命。”于是领府中衙役去了。
又过了几日，楚烷才将那些人的财产都查抄了。将查抄的账目报于宋贤正。宋贤正接过账目，见了上面数字，却是着实吓了一跳。问道：“可写错了？”楚烷道：“没有写错！”宋贤正道：“可查错了？”楚烷道：“没有查错！”宋贤正道：“想不到他们竟然贪了这么多，两千六百二十万两！陛下这十年来用于江南各地修筑河堤的银子才四千多