受伤，而日军仅损失数艘运兵船。
28日夜间，日军运兵船队到达克拉甘锚地，第四十八师团开始紧张地登陆。同时，第二师团也在巴达维亚（今雅加达，爪哇西北部）附近展开了登陆行动。在爪哇海激战中幸存的美国巡洋舰“休斯顿号”、澳大利亚巡洋舰“佩斯号”和荷兰驱逐舰“埃巴斯坦号”赶来对第二师团的运输船队发动突然袭击，日军运输船队顿时乱作一团，指挥船被己方炮弹击沉。不久，日海军第7战队和第5水雷战队的3艘巡洋舰和9艘驱逐舰赶来，经过一番激战，将盟军的3艘军舰全部击沉。
盟军的海军力量遭到重创，已经完全无力阻止日本陆军如潮水一般登陆爪哇。事已至此，盟军决定把残余的军舰撤往澳大利亚，但是日本海军不肯罢休，对盟军残余的军舰展开了围追堵截，企图把他们一网打尽。3月1日晨，英军巡洋舰“埃克塞特号”和驱逐舰“英康特号”、“教皇号”从苏腊巴亚起航，准备逃往澳大利亚。但是他们的运气很差，几个小时后即被日本海军第三、第五舰队发现并击沉。
3月2日晚，英驱逐舰“斯德伦戈华特号”和美巡洋舰“麦浦尔海特号”在南逃途中被击沉。次日，从日本海军航空母舰上起飞的180架飞机轰炸了爪哇岛南岸芝拉扎军港，约20艘盟军舰船被悉数摧毁。当晚，美军炮舰“阿善维尔号”被击沉；4日晨，澳大利亚炮舰“耶拉号”被击沉。
盟军只有4艘驱逐舰逃出了日本海军的包围。美英荷澳海军联合司令部成了名副其实的“光杆司令”，只好解散了事。由于制海权、制空权完全丧失，爪哇岛上的盟军士兵陷入山穷水尽、被动挨打的困境。
第二师团登陆后一路高歌猛进，于3月5日占领巴达维亚，6日占领茂物，9日占领万隆。第四十八师团的进攻也很顺利，节节败退的荷兰军于9日在苏腊巴亚投降。12日，荷印总督正式投降，1万1千余名英美军放弃抵抗，整个荷属东印度遂被日军完全控制。