写及档案封存等事项。 2、南镇抚司：主管一般卫、所部队人员之犯罪侦查、审讯、判决、情报以及军事武器之研发事项（等同后世之宪兵队、军事法院、军事检查署以及军备局之结合体）。
3、北镇抚司：主管各地藩王及官员秘密监视、肃反肃贪，独立侦讯、逮捕、判决、关押拘禁（诏狱）以及反间谍事项，明成祖时增置，宪宗成化（1465-1487）元年始置北镇抚司印，专理诏狱，可以不经三法司授权，直接听命于皇帝取旨行事，用刑极其残酷。狱成后专达皇帝，不须通过锦衣卫指挥使，锦衣卫官不掌诏狱者亦不得干预其事。
此外，也曾参与收集军情、策反敌将的工作，如在朝鲜万历之战中收集了大量的日军军情。
一般一个卫只有一个镇抚司，只有锦衣卫有两个镇抚司，其中“南镇抚司”负责本卫的法纪、军纪。“北镇抚司”传理皇帝钦定的案件，拥有自己的监狱（诏狱），可以自行逮捕、刑讯、处决，不必经过司法机构。卫指挥使在明朝应该是正三品，但一些锦衣卫指挥使如纪纲却是从二品