死所造成的精神打击是难以估量的。岛国政府也因此被迫承认美军的战争能力正在迅速恢复，甚至开始反击。岛国当局追授山本大勋位、功一级、正三位和元帅称号。6月5日，在东京日比谷公园举行国葬。海军还要求追授其男爵称号，但不知为何未获批准。
山本在其海军生涯的绝大部分时间是在海军军政部门度过的，应该说山本五十六是一个出色的军政官僚而既不是一个海军领导人也不是一个舰队司令。岛国海军内部说，联合舰队司令山本和海相岛田繁太郎完全安错了位置，他们两个换一个身份才是最合理的。作为海军领导人，山本五十六不懂得战争，在非常清楚日美间巨大的国力差异的情况下，居然把一场战争的胜败，仅仅寄希望于一次奇袭的成功；作为舰队司令，山本五十六在1940年首相近卫文麿问起开战前景的时候居然说出：“一年半年没有问题，两年三年就没有把握了，三国条约已经签了，谁也没有办法”这种听不出有多少作为国家主力舰队司令的责任感的话出来。
山本的赌注就仅仅是航空，这是因为虽然山本五十六不能算是一个水手，也不像美国的公牛哈尔西一样就是一个飞机驾驶员，但山本还是能算得上是一个“精神飞行员”的，一直在军政部门干的山本五十六在岛国海军也是一个不多见的几乎没有当过舰长的人，除了在1928年临时担任过四个月轻型巡洋舰“五十铃”的舰长和在1928年底出任航空母舰赤城号舰长之外。山本和航空有很大的关系，1924年出任霞浦航空队副队长，1930年出任海军航空本部技术部少将部长，1935年出任海军航空本部中将本部长。从根本上来说，山本五十六其实不是真正的“航空主兵”论者，山本五十六在骨子里仍然是个大舰巨炮论者。山本五十六选择飞机只是作为一种赌具在进行赌博。在其平生的珍珠港和中途岛两大赌注中，先赢后输，最后血本无归，但这也许是其最好的归宿。
和南云忠一一样，山本也是个悲剧性人物。从来没有当过舰队司令，只有过一年的舰长经验的山本五十六，长期从事军政工作，根本没有从事过军令工作。当初来当联合舰队司令就是一种临时的措施，因为主战的右翼们扬言要暗杀反对三国同盟的山本海军次官。问题是谁都想不到这位根本就不懂作战的山本还就很敬业地弄了一个异想天开的珍珠港作战计划出来，更大的问题是这个异想天开的计划居然还严重成功，这一下本来是作战的外行的山本五十六就成了作战的行家，被军部打造成了一个天文地理头顶脚底无所不知战无不胜半人半神的怪物。光环的下面是阴影，实际上是太平洋战争中的海战除珍珠港外，只要有山本五十六亲自跟着掺和的战斗没有不败的。
海军的怪才松田千秋少将就认为山本五十六没有战略眼光，由于过分迷信航空战而将战线铺得太开，放弃了海军战略上采取守势，战术上采取攻势的传统，因而造成了日后的困境。就战役战术方面，他认为珍珠港袭击不但让美国全国奋起，同时也将岛国一直实施的舰队决战战略陷于无用，又没有摧毁美方航空母舰，美国国内民用航空的潜力远远高于，使用航空力量无外乎以己之短击他人之长。
山本本人是舰队派，但不意味着他对条约派将领就恨之入骨。长期在军政领域混的山本在用人有独到之处，虽然不是政治家，但很有政治手腕。在山本看来，条约派，舰队派，航空主兵派，大舰巨炮派都是岛**人，争论的只是技术问题，没有必要上纲上线，弄得你死我活，所以在山本手下五花八门的人汇集一堂。舰队派的主力南云忠一，大舰巨炮派的福留繁当然不要说了，航空主兵派的大西泷治郎也能混的如鱼得水，最后居然爬上军令部次长。要知道没有海大学历的大西泷治郎如果在陆军的话是连参谋本部的大门都进不去的。这种做法，往好处讲是搞五湖四海，不搞小集团，但往坏处讲就是和稀泥，所以整个联合舰队在山本的领导下也没有个准主意，各搞一套，而山本也看不到，或者装着看不到，因为他不知道看到了应该怎么办，山本的天性似乎不会炒人鱿鱼。
山本五十六作为旧帝国海军军人直到今日仍被称为杰出的名将，作为敌对国的美国方面对山本也是褒扬有加。另一方面，山本也曾无视军令部的作战计划，独断专行。在偷袭珍珠港和中途岛海战等战役中，表现出很强的投机赌博心理。对于麾下的各舰队司令官也不能进行适当的人事调整，流于人情而赏罚不明。也有人批评其缺乏实战经验，不能随机应变。不过总体来看，世间对其的评价仍属较高。
至于山本五十六等人反对同美国开战的原因，绝不是“爱好和平”，而是觉得没有胜算（招惹美国对于岛国来说无疑会树立强大的敌人，使得岛国的侵略扩张政策半途而废）。战前他曾预测说：“如果在开战后的一年之内，还满可以干一阵子，以后如何，很难预料。”言下之意是反对开战。当对英美开战已成定局时，他立即制定了偷袭珍珠港的计划，由此可见，山本反对对美开战完全不是出于和平的考虑，而是从开战极可能战败这一点出发的。
山本五十六一生之中给他的女人们