洲（今江西九江东北长江中）大败晋大将刘毅，军抵淮口（秦淮河入长江之口，今南京西北），直逼建康。此时义军战士十余万，舳舻千计，楼船高达十二丈，舟车百里不绝，朝廷一片慌乱，刘裕星夜赶回，仓促应战。徐道覆主张立即登陆与刘裕决战，户循多疑少决，贻误战机，使刘裕得以集中兵力，周密部署。义军小挫，卢循下令退却。十月，义军西攻江陵，不利。十二月，义军与官兵在大雷（今安徽望江）、左里（今鄱阳湖口）相继展开死战，损失惨重，南退番禺。但此时番禺已被官兵抢先占领。次年三月，卢循攻番禺不下，转至交州，四月，兵败自杀。同年二月，徐道覆亦牺牲于始兴。
孙恩、卢循领导的反晋斗争主流是农民起义性质。这一斗争虽带有宗教色彩，但斗争双方并非按宗教划分，笃信五斗米道的王凝之等人被杀，就是证明。孙、卢是北来失势士族，起义初期也确有不少地主分子参加，但义军的基本成员无疑为会稽三吴地区的贫苦农民和奴客。起义席卷东晋大部分地区，东晋王朝业已名存实亡。起义还沉重打击了南北士族，特别是谢琰被杀后，北府兵为寒人掌握，士族从此失去军权。所以这次起义又是门阀衰落，寒人兴起的一个重要标志。这次起义迫使刘裕采取一些减轻人民负担和抑制豪强大族的措施，从而为刘宋初期江南经济的繁荣创造了有利条件。