由于奉军迅速入关，使冯玉祥进攻安徽的“奇兵计划”无法实现。北京政府前此撤换冯玉祥旅长的命令，当时冯玉祥曾以全体官兵同旅长共进退为威胁，这时情势也迫得他低头了。倪嗣冲请北京政府迅电曹锟派兵夹击冯旅，以弭长江巨患，并且控诉冯抗不交代，又于武穴上下游加兵扼堵，暗中与苏督往返密商军略诸事，足见其野心不悛，受人指使。但是曹锟不肯派兵，所以倪嗣冲也不敢单独进攻。
冯玉祥这时已出人头地。张怀芝建议调冯旅到黑龙江驻防，冯玉祥当然不肯充军，去“发往边疆效力”。当然张作霖也不欢迎这支军队。直到3月18日，北京政府采纳曹锟的意见，给冯玉祥“革职留任”的处分，掳去陆军中将，暂准留任旅长，交曹锟节制调遣，这是后话。
奉军入关后，张作霖提出罢免李纯和讨伐冯玉祥两个要求，他说这是为了“拥护元首”。可是被他拥护的元首却吓得心慌意乱。2月26日在冯国璋在总统府召集紧急会议讨论奉军入关的对策。他用悻悻的眼光问段祺瑞：“这次奉军出兵入关事前既未奉令，也未呈报，居心何在？”段祺瑞回答不知。冯又大声问：“前任陆军次长徐树铮到奉天作何勾结？”段更忸怩无以置辞。
这次会议当然没有结果。冯想要段叫张作霖退兵，段就是召奉军入关的原始人，他怎会再要奉军退出呢？何况召虎容易退虎难，他即使愿意叫张退兵，事实上也办不到了。退可自立为王，进则好处尽占，深谙这段历史的张汉卿怎能轻易放弃这到手的肥肉，而段祺瑞又何尝不知道关外王张作霖不是好惹的，请了来就不容易请出去，可是既然饮鸩止渴，也只有“硬行”了！
冯国璋知道叫段退奉军是办不到了，他只得央请前清末年做过东三省总督，亲手招抚过张作霖的赵尔巽到奉天说服张作霖退兵，然而时移势易，张作霖早就不买他老上司的账了，赵尔巽自然是白跑一场。
奉军自入关后，其声势咄咄迫人，3月5日奉军一部由天津开到廊坊，在车站检查往来旅客，使中外人士大吃一惊，北京国务院去电劝止，说明廊坊不是戒严区，不可以检查旅客，奉军依然继续执行勤务，置之不理。而张作霖所发通电则顾左右而言他，他说：“出兵扣械，系坚元首主战之心，兵已入关，无可撤退，长江有事，即可南下应援。”他请北京政府在天坛一带指定营房以便奉军进驻，并没有等待答复，他的部属已在天坛、南城一带找兵房了。
为统一关内奉军的指挥，张作霖以自己为司令，遥控指挥；张作相转为后路总指挥，驻守山海关，可进可退；以杨宇霆为参谋长，节制全部关内奉军。张汉卿则返回奉天，类太子监国，并酝酿他自穿越以来第一件最重要的计划之一的土地改革事宜。
似乎是解释奉军进入北京的理由，3月7日奉天方面发表张作霖和曹锟、张怀芝的往来电。张作霖3月5日歌电表明他的宗旨“拥护中央，维持大局，始终团结，戡平内乱，联络同志，共救危亡。”又说天津会议将奉军编入第一路，后来又改编入第二路，他都极表同情，现已编成六个混成旅，若不开拔，则“对同志为不信，对我兄为不义，各旅不日即可到徐，会合大军，敬听指挥”。
张作霖在这通电报中极力解释“自己毫无个人野心，自己对财产身家功名权位皆已逾量，尚复何所希冀，只以目前时局为重，弟处扩张实力，专以辅导我兄起见，此外毫无私意，若有虚言，鬼神鉴察。”其殷切之情，就差指天为誓了。
曹锟3月7日的阳电是欢迎奉军入关，称赞张作霖“耿耿大义，磊落光明，骨肉之交，谊共生死。请奉军集中徐州，加入第二路；还请加派一个或两个混成旅开到汉口，加入第一路”。张怀芝的阳电称道奉军入关为“壮我士气，固我后援”，并称已指定韩庄为奉军南下的第一站。
北洋政府于3月19日接到了督军们的联名电报，这通电报以曹锟为首，包括长江三督在内，共有15省三特区的北洋军阀们，他们要求段祺瑞再起组阁，内云：“锟等互相约定，我公复任揆席，则同人誓当一致，共扶危局，否则亦惟从公高蹈，不问世事，全国安危，同人离合，均系我公一身。”
冯国璋接到这个电报，简直像接到哀的美敦书一样，没奈何只好再请段勉应众命，以北洋团体为重，接受组阁大命。段仍表示“无意于此”；冯则指天誓日地表示愿与段同生死，共患难。并且自动承认五个条件：（一）参陆办公处仍然迁回国务院，以靳云鹏为主任以代师景云。（二）国务院决议，总统保证不擅改一字。（三）阁员由总理选择，不必征求总统同意。（四）公府秘书长由总理推荐。（五）中央（指总统）致各省的电报，须由院方核发。
3月23日大总统令准署国务总理王士珍辞职，特任段祺瑞为国务总理。24日派张志潭为国务院秘书长。25日参陆办公处迁回国务院。27日令张敬尧为湖南督军兼署省长。28日令改海军总司令为特任，以蓝建枢为总司令。29日令陆征祥复任外交总长，钱能训为内务总长，段芝贵为陆军总长，刘冠雄为海军总长，傅增湘为教育总长