美国政府将调查并控告北方证券公司。此言一出，华尔街一片哗然，股市应声而下，其冲击力不亚于一年前麦金莱总统被刺身亡。华尔街的大亨们立即开始活动，利用游说、交易、利诱等种种手段，与政府展开较量，向老罗斯福施加压力。摩根甚至亲自出马，到白宫拜访老罗斯福，软硬兼施。据老罗斯福回忆，摩根称：“如果我们有错，你可派人来和我的人谈，他们能够把事情摆平。”老罗斯福回答说“没法这么办”，诺克斯加了一句：“我们不想把它摆平，我们想制止它。”（①LewisL.Gould，ThePresidencyofteTheodoreRoosevel，Lawrence，Kansas：UniversityPressofKansas，p51。）
既然老罗斯福决心已定，不买华尔街的账，摩根等财阀便高薪聘请最善辩的律师，准备在法庭上负隅顽抗。老罗斯福也采取了针对性的措施，顶住垄断大公司的压力。他一方面向全国发表讲话，直接争取民众的支持，另一方面，开始了司法程序。
这时，美国19世纪末20世纪初进步运动的大本营明尼苏达州，先于美国联邦政府把北方证券公司告上了该州圣保罗的联邦地方法院。在立案之前，该州检察长道格拉斯曾经特地去华盛顿拜访联邦司法部长诺克斯。诺克斯对此坚决支持，并表示如果根据明尼苏达州法律，这次起诉失败，就请道格拉斯把那些任何能够说明北方证券公司违反联邦法律的证据交给他，他将亲自起诉北方证券公司。由诺克斯担当此任可以说再合适不过了，因为他本人就是公司律师出身，知道大公司的弱点所在。此后，他们开始交换各自掌握的控告北方证券公司的资料。
1902年3月，道格拉斯代表明尼苏达州正式起诉，起诉理由是，明尼苏达州禁止任何一条铁路购买与之平行和竞争的铁路，而现在摩根和希尔所作的正是把平行的北太平洋铁路和大北方铁路合并，由北方证券公司统一控制，这既违反了明州法律，也违反了反托拉斯法。但法官洛奇恩却接受了辩方的意见，声称北方证券公司不是一条铁路购买另一条正在与之竞争的铁路，而只是一家持有两条铁路股票的公司，因此，它并不是限制贸易的垄断联盟。他裁定明州政府败诉。
当时诺克斯已指示联邦在圣保罗的检察官，准备起诉北方证券公司违反反托拉斯法。现在的这一结局无疑只是敲山震虎，因为美国联邦政府很难在同一法院打赢同一类型的官司。但天无绝人之路，国会这时恰好通过一项新的法律，规定为审理涉及重大公众利益的垄断案，联邦政府可以设立专门的由三位法官组成的临时性地区法院。据此，1903年春，联邦政府在密苏里州的大都市圣路易斯，专门成立了三法官地区法院来控告和审理北方证券一案。
在圣路易斯法庭，代表联邦政府出庭的是助理司法部长贝克。针对圣保罗法院的判决，他强调，一条铁路购买另一条铁路所形成的垄断与北方证券购买控制两条铁路的控股权之间，并无本质上的差别，完全是半斤八两。他再次表达了老罗斯福总统的担心：如果北方证券所作所为合法，那么摩根、希尔之流就可以购买并控制全国所有铁路。而通过控制铁路运费，他们甚至能够控制全国的经济，从而会比美国政府还强大。
1903年4月9日，几位法官一致判决北方证券败诉，下令其停业。判决称：“这家证券公司拥有被国会指控为非法的特征。……它摧毁了自然竞争者……之间相互竞争的所有动机。”他们解释说，北方证券的大股东们绝不会允许这两条铁路相互竞争。因为，任何一条铁路都不会通过降低运费或者增加服务来吸引另一条同样也属于自己的铁路的客源，这显然就构成了一种垄断。
北方证券不服，于1903年5月11日向最高法院提出上诉，由此，北方证券与联邦政府的较量进入了最后决定阶段。鹿死谁手，难以预测。当时的首席大法官仍然是审理奈特案的富勒（1888～1910年任职），唯一反对奈特案判决的大法官哈伦（1877～1911年任职）也没有退休。但此时有了三个新面孔：来自加利福尼亚的共和党保守派麦肯纳（1897～1925年任职）、来自纽约的铁路公司律师出身的佩卡姆（1895～1909年任职）以及来自马萨诸塞州最高法院的开明派法官霍姆斯（1902～1932年任职）。没有人能知道他们最终会做出怎样的决定。
这三位新人中，只有霍姆斯是老罗斯福任命的。当时，来自马萨诸塞州的大法官格雷（1882～1902年任职）因病辞职，老罗斯福决定选霍姆斯接替。这里自然有地域上的考虑，但更主要的是，霍姆斯在一系列劳工权益案子上同情弱者的立场给老罗斯福留下了深刻的印象。他希望随着霍姆斯的加入，最高法院不仅能有新人，而且能够有新思想、新观念。
为了确保政府的胜利，老罗斯福顶着炎炎烈日，在新英格兰和中西部奔走呼号，四处演讲，揭露非法垄断的危害，以此来动员民众，给最高法院施加无形的压力。他一遍又一遍地重复他对国会所说的话：