，袁世凯曾经控制招商局长达五年之久。在这期间，从接送官兵到运输军需，都是招商局免费承担，甚至连外国官员到华访问，也要招商局出船免费护送。1897年，总理衙门谕令招商局派轮船专送俄国使节由沪返津，为时13天，费银8 232两，这笔钱“禀报作为报效”。据民国初年编纂的《轮船招商局节略》记载，“北洋提去用款每年数十万，商情敢怒而不敢言”。郑观应在1909年算了一笔账，招商局历年的各类摊派费用高达130万两，相当于公司总股本的1\/3。
从1895年到1905年的10年中，外国公司在中国江海航线上的船只总吨位增加了2.32倍。作为国内最大轮船公司的招商局则毫无作为，其吨位比例下降到17%左右。从1903年到1906年，是全国经济成长较快的时期，招商局竟然仍然面不改色地连年亏损，“四年之内，产业既有减无增，公积亦有少无多。仰且亏空百万，局势日颓，人人得而知之”。就这样，在长达17年的时间里，招商局不仅尽失市场优势，而且毫无积累，反而净亏45.7万两，成了一家名副其实的亏损大户。
任何一家国有企业，只有烂到骨子里的时候，管制的手才会不情愿地稍稍松开，这几乎是一条“公理”。到清末，招商局已是百病缠身，官督商办体制完全成为约束企业发展的桎梏，民间的力量开始浮现。1910年6月，在形势飘摇之际，招商局召开第一次股东年会，与会股东500余人。会议通过提案，决定“注重商办，所有用人之权即由商主之”。1911年8月，在股东们的争取下，邮传部终于颁布《商办轮船招商局股份有限公司章程》，承认招商局“完全商股”，“悉按商律股份有限公司办理”。两个月后，辛亥革命爆发。又过了四个月，皇帝逊位，也就是说，在清政府即将覆灭前的半年，招商局才终于获得了资本上的自由。
然而，商办的招牌油漆未干，招商局很快又成为新政权的争夺之物。
1911年12月，新成立的上海沪军都督府都督陈其美致函招商局，要求“派员驻局为会长”。董事会讨论后决定予以回绝，回函称“毋庸派员”，可以指派一人随时来局交涉，同时还提出了两个条件：一是“以战事停止为度”，二是交涉人员不得干预局务。陈其美后来又几次去函，要求派员入驻，董事会均以“此事关系重大，非本会少数董事所能议决”为借口，婉言回绝。
1912年1月，孙中山在南京组建中华民国临时政府。当时，政权不稳，令不出南京，而且国库根本没钱，急得陆军总长黄兴“寝食皆废，至于吐血”。于是，在临时政府的第一次内阁会议上，革命家们作出了三条决议，其中第二条就是专门针对招商局的：“筹措军饷，拟将招商局抵押一千万两。”抵押的接受国是日本。
第二天，广东北伐军总司令姚雨林以“陆军全体军官将校”的名义致电招商局，发出“抵押招商局，暂借于中央政府以充军用”的命令，电文限招商局在48小时内作出答复。姚总司令的命令遭到招商局抵制，在董事会上，除了两位广东籍董事表示赞成外，其余人都拒绝表态。22日，招商局复电政府，要求放宽期限为10天。23日，黄兴电令陈其美，如果招商局不立即作出答复，就派军队对该局“下拘获候令”。招商局仍然抵抗，董事会分别致电黄兴和孙中山，提出“中央政府必须有相当担保并相当利益，才可有词宣告各股东，不致临期反对”。为了引起舆论关注，这份电报还被刊登在上海的报纸上。
随后几天，双方仍然拉锯。2月6日，临时大总统孙中山亲笔写函给招商局，说明“政府因于军需国用孔亟，非得巨款无以解决民国之困难”，并对董事会的抵制表示理解，提出委派专员与企业进行更进一步的沟通。四天后，政府特派陈其美、汪精卫参加了招商局的特别董事会，在再三的讨价还价后，董事会最终同意借款，同时提出几项优待条件。其一是“本利俱由中华民国政府担任偿还，不使招商局受丝毫之损害”，还有一条则是要求“扩张其外洋航线，予以相当之补助津贴”。
这场借款风波，政商对立，剑拔弩张，惊险非常，堪称企业史上很奇特的一幕。招商局董事们的行为，表明在当时的氛围中，企业家阶层正呈现出前所未见的博弈力量。这项借款事宜达成后，英美两国担心日本从此控制招商局，便积极阻止，最终以招商局借给沪军都督府50万两了事。
虚惊一场的招商局从此进入完全商办时期，一直到1932年，它又被蒋介石政权以无比强势而血腥的方式收回为国有。
清王朝的灭亡，在商业世界引起的另外一个连锁效应，是“天下第一商帮”晋商的“殉葬”。