联合为幌子，暗中已开始限制共产党员的活动。
此外又在军事上为其经济独立和不受制于政府而筹谋。遂于12月15日，提出军政改革意见：军长职衔应予撤销。平时以师为单位，只有在战时设军长之职。其理由是为避免尾大不掉和军事割据局面的形成。赶快确定本省军额。广东省应当以十分之七财经为军费，可养兵十万人，约为十五个师或十八个师。并与常备军外，另编自卫军。常备军为以上之数。自卫军约为十四个师。仿世界各国军制，军需独立，以便军队运用自如。统一军事教育。主要指各军不得自行设立军校，所有现在的军校由中央统一名称和主持。并准备成立高等军事学校。扩建兵工厂。改编军队时，对于反革命军队应彻底解决；革命军人自身应一改旧军队的恶习。并要求于翌年（1926年）1月1日实行。
建议书最后，又再次重申其1912年至1913年间的军事意见，即“军人不得干涉财政、民政。凡财政民政及司法机关人员，概需听候中央政府或省政府委派，各军队不得过问，尤属军人应守之天经地义。苟有违背此旨者，均会应立予以最严厉之制裁，固无需中正渎陈也。”但他自己，却将一切财政都统统抓在手中，牢牢不放，言行相反。这也是中国政治的一大悲剧。
同时指出，广东省过去军旗均“大书统兵人员姓氏，尤为私人军队之表征，亦即予革新”。这是去掉此种封建王朝时的统军军旗，是一大进步。但他是废他人之私有军队制，而将军队尽归于己，以暴易暴而已。
同时也重视军队的教训和训练以及演习，以提高其部队战斗力。为此，于本月（12月）在湖羊山讲评第一师演习课时，又指出作战应立自动地位；战前确立作战方针，以便相机作战，不至跟着敌人转。下午宴请第一师各官长和见习生，并讲话，要求当军官者应爱护和了解士兵，灌输给士兵们知识；以身作则，早起晚睡。指挥作战时，要注意侦探、搜索和联络，以及报告的完备性，否则就如失去耳目一样，陷入盲目的被动之中i军队前进时，也不能采取密集纵队，直线前进，应利用地形，分散隐蔽前进，尽力减少伤亡。打枪时，更要瞄准，以免浪费子弹。
18日自潮州回汕头。晚读《项羽本纪》，久久掩卷不语，似深有感悟。25日，批判西山会议派，又言过其实地说孙中山的民生主义即是共产主义。又说：“必能容纳共产党始为真正之国民党也……精卫同志在痛悼廖先生之时，谓革命的，反帝国主义的，向左去；不革命的，不反帝国主义的，向右去。此为极沉痛，极明澈之词，所以誓勉同志，共努力于革命。”仍继续伪装联俄容共。
蒋这时对汪精卫也表示绝对拥护。蒋一面极表亲苏容共，一面也在为其限制中共准备有利条件。一旦发动政变，也使人认为他是被动的应战而非主谋，为什么呢？君不见蒋氏是极力拥护联俄容共的啊！他怎么会反共呢？
27日，为回广州向汕头各将士告诫：
（一）疑忌为亡身之道。
（二）骄奢为败德之本。
（三）官长以身作则，爱护士兵，严格要求士兵。
（四）学问为事业之本。
（五）越级为军队之大戒。军队必重阶级，不可越过本级上官言事。
28日到澄海，宴请第三师官长，并训诫二事：凡内部大小文告，如无命令，一概不准公开。本军印刷品也不准寄与外人。不论何时，军人均应保持肃静态度，严禁士兵嘈杂。如不行以上两事，就是乌合之众。同日下令：士兵晋升官长，应有三个月代理时间。晚8时回汕头，接汪精卫电告：孙文主义学会将于29日游行支持西山会议派。蒋严电禁止。29日，接见孙传芳代表王季文，联络和孙传芳的谈判事宜开始考虑北伐之事。于29日下午11时启程回广州。30日，轮次续看《史记》。31日上午11时抵黄埔军校，全体官生列队校门外迎接。下午休息，见季山嘉、罗茄夫等苏联顾问。晚7时学校开欢迎会，蒋讲东征经过和对西山会议派的反对态度。这时全校党员赠给蒋一枚金质勋章。蒋自然非常高兴。
自9月中旬起，蒋针对自身问题，又以沉、润、淡、浑四字自勉。早晨或清夜中，也常常反躬自问，是否有愧怍、欺妄之处？蒋常常因遇事激愤而迁怒于部属，又于是事后反省自责，甚至自记大过，表示悔改决心。但老实说，蒋的这种作法，作用并不大。
1926年1月1日，广州召开中国国民党第二次全国代表大会。蒋以浙江省代表身份参加大会。大会召开之前，有“代表资格审查委员会”，审查委员为邓泽如、林祖涵、毛泽东、谭平山、林森五人。此五人中林森在北京，邓泽如则不出席，因此审查事宜全由中共党人主持，全体代表256名，中共党人占三分之一以上，约90席位。这次大会，自然由国民党左派和中共代表占统治地位。
这次大会主要处分“西山会议派”。大会秘书长为吴玉章。1月16日，正式通过《弹劾西山会议决议案》。决定：
（一）永远开除邹鲁、谢持二人国民