在这次讲话中，他又特别谴责了懒惰与不死不活的精神状态，要学生们振作精神，奋勇向前。
9日，又对第二期毕业生讲做事作战时革命军人和党人要坚持最后五分钟，如不坚持，就容易失败。例如打仗，可能在最后五分钟里决定胜负。至此，第二次东征工作准备基本结束或完成。
第一次东征后，已扫清东江一带陈逆军，只有惠州尚未攻下。这时，除惠州仍为陈炯明的基地外，潮、梅一带又为洪兆麟于政府军回师讨伐杨、刘之时，以假投降手段重新占领。9月1日，陈又举兵西犯，欲攻省城。此时国民革命军建军刚刚四、五天。9月27日，陈逆军洪兆麟、谢文炳、翁腾辉部攻陷平山，距广州尚有150公里。国民政府军委会立即决定举行第二次东征。9月28日蒋任东征军总指挥，主要指挥第一军和第四军为主力。29日编成三个纵队，以何应钦为第一纵队长，辖第一军第一、三师（谭曙卿）和第二师（王懋功）第四团，警卫军吴铁城旅（由欧阳驹代理），建国鄂军各部。李济深为第二纵队长，辖第四军陈济棠十一师、张发奎独一旅、冯轶裴团、余鹰扬团、第三十四团等各部。程潜为第三纵队长，辖任应岐部建国豫军、李明扬建国赣军、程潜攻鄂军、潮、梅军各部。王懋功代理广州卫戍司令留穗（广州）。周恩来任东征军总政治部主任，与蒋共同指挥作战。9月30日颁布行军令，详细规定行军中的联络、通讯、供给、医务、担架等诸多事宜。10月1日上午，蒋与各军事长官研究作战计划。下午4时参加第一师誓师大会。（2日，汪精卫就任军校党代表。）是日晚，蒋回要塞部后，心情很是兴奋，便不顾与如夫人陈洁如的亲热，而独自一人走上房顶，仰观碧空明月，不禁思绪万千，大动今昔之感，喟然兴叹曰：“如此良夜而佳兴索然。党国危难，惟吾一身当之，小子可不自勉！”这时，蒋氏真是踌躇满志，已是天下安危“在予一人”了。
蒋为使东征军在出征前有严明的军纪和振奋的精神以及高昂的士气，便于10月4日对东征军痛揭军官弊端如下：第一次东征时，有严重拉夫现象，而且及于老妇少女，使其连续服役。特务长和军需士，每每短给役夫钱币，有的连长也吞吃役夫费用，致使役夫怨恨。有的老役有病在身，跟不上队伍，官兵竟拳足痛打，惨不忍睹。甚至在第一次东征回师淡水时，竟把五、六百女役夫关起来，不准回去，而又不对其加钱和解释劝慰。在宿营地有的士兵擅入民房任意吃喝，官长也不禁止，人民不堪其扰；或擅住民家不住庙堂等公房，人民敢怒而不敢言。下级军官怠惰成性，公务委之副职，并且嫖赌成性。官长虐待士兵，视同牛马，竟将士兵打得皮开肉烂，且下情不能上达。中级以下军官袒护下属军官，上下勾结，置士兵痛苦于不顾。伪造报销，侵蚀公款，甚至冒刻图章，假造发票。
6日蒋率军出发，驻石尤。7日6时起床后，蒋见朝云五色，顿觉神志振奋。旋又感到近来多所愤慨，“几以国人萎靡不振，皆为可杀”，是太过于忧虑了，应当自己戒甚方好。同日，电令陈炯明逆军杨坤如退出惠州。8日上午制订作战计划。令何应钦纵队长督攻惠州。10日蒋由石龙乘船赴博罗行营。途中看孙、吴兵书。看到孙子虚实篇，则叹为观止，认为高于吴起兵法。这虚虚实实，实实虚虚，正是蒋介石一生的写照，正合蒋意。晚8时，设行营于县公署。翌日下令何应钦编组攻城先锋队。
令曰：“为令遵事：照得杨逆坤如，负嵎惠州，祸国殃民，久稽天讨。本军前进，俯顺舆情，……若不亟予歼灭，何以登惠民于衽席之上。……先登城者得头等奖，……转饰照知，此令。”
这种命令格式、语言与古代无疑，也足令人深思一番。中国几千年的封建意识犹如一块铁陨石，是什么样的新思潮也不能溶解的，而新思潮却被吸收进陨石之内，无影无踪。故中国历史之前进，总是“孔雀东南飞，五里一徘徊”。
12日上午偕何应钦乘船至第三师阵地飞鹅岭视察。午后至香祖园，露宿于佛祖古庙门外，很有几分悲壮意味。
此次作战，三路纵队一齐出动，作战极为踊跃。蒋此次系第一次独立制定作战计划。他的计划是采取中央突破之法，或先攻主力，后及旁枝的战法，决定首先攻取陈炯明老巢惠州。守城者为杨坤如，率三千人死守。此城南、西、北三面环水，东侧枕山，形势险要，易守难攻，号称东江锁钥，自宋代以来，无人攻破此城。对此坚城，蒋决定用大炮配合敢死队——当时命先锋队攻城。先挑选先锋队650人，于第一师三个团中，每团挑选150人，第二师第四团挑选200人。敢死队总队长为第二团一营营长杜从戎。营长冷欣亦参加敢死队。先锋队员每人犒赏30元。最先登城者，得头等奖。蒋的军队以后一直以悬赏银洋鼓励战士冒死冲锋。周恩来也命第三师第七团党代表蒋先云以共产党员和共青团员为骨干组成敢死队，参加攻城。攻城战于10月13日晨9时开始，蒋于飞鹅岭指挥。首先炮击城墙。然后自各门攻城。二师四团团长刘尧宸，攻北门，连冲五次，未能进城。刘并新自率小队挟梯爬城