但随后却又密电蒋介石“望即舍去黄埔一孤岛，将所有枪弹并学生，一齐速来韶关，为北伐之孤注掷。此事电到即行，切勿留恋，盖我必不回救广州也”’。蒋介石认为广州是革命根据地，不应放弃，建议孙中山回师平乱。复函称：“埔校危在旦夕，中（正）决死守孤岛，以待先生早日回师来援，必不愿放弃根据重地，致吾党永无立足之地”，建议孙中山“早日回省，是为今日成败最大之关键也”。
次日，商团枪杀庆祝双十节游行的革命群众的惨案发生后，鲍罗廷立即让蒋介石电问孙中山处置意见，蒋介石在密电中提出“严办商团”的主张，孙中山即批示“严行查办”。此时，孙中山对商团的态度虽然有了改变，但仍处于矛盾之中，因广州革命军力量单薄，孙中山能指挥得动的兵力大部都在韶关，所以蒋介石再次电请孙中山回师平乱：“……中正料不久逆敌必来反攻韶关。各军非先准备南下，击灭逆敌，断难北伐。中正当死守长洲，尽我职务。尚请先生临机立断，勿再以北伐为可能，而致犹豫延误。”孙中山没有采纳蒋介石的意见，表示“北伐必可成功，无款亦出，决不回顾广州，望兄速舍长洲来韶，因有某军欲劫械，并欲杀兄，故暂宜避之，以待卫队练成再讲话……乱无可平，只有速避耳。或更激汝为同带其可用之部队齐来尤好。”
12日，广州形势更加险恶，孙中山想以广州的现有军力解决商团，令蒋介石和许崇智细查广州各部队，如有不为奸商所动摇“肯为我杀奸杀贼者”，就将黄埔的枪械发给他们“立即起义杀贼”。但这显然很难办到。至13日，广州已危在旦夕，孙中山终于下决心以部分军队回师广州。次日，下达手令，委蒋介石以平定商团之全权：“兹为应付广州临时事变，未平定期内，所有黄埔陆军军官学校、飞机队、甲车队、工团军、农民自卫军、陆军讲武学校、滇军干部学校、兵工厂卫队、警卫军统归蒋中正指挥。以廖仲恺为监察，谭平山副之。”
15日政府军与商团军展开决战，在中国共产党和广大群众的支持下，很快就平定了叛乱。这一胜利挫败了帝国主义及买办资产阶级企图颠覆广东命政府的阴谋，使广州革命根据地得到巩固，为北伐奠定了基础。在平乱过程中，蒋介石坚持正确意见，坚守黄埔待援，最后又承担了平乱的领导责任，依靠共产党和工农革命群众的力量，取得了这场斗争的胜利，发挥了一个军事助手应有的作用。
就在南方悉心平定商团暴乱的时候，北方的燕山深处，平地一声雷，掀起了一场自东北刮向西南的“龙卷风”。这就是1924年的“甲子北京政变”。原直系将领冯玉祥，弃暗投明，在第二次直奉战争前线倒戈入京，囚禁贿选总统曹锟，驱逐前清废帝溥仪，逼得“讨逆军”总司令吴佩孚南逃湖北。
冯将军莽莽身躯，燕赵气概，在“不惑”之年做了一件不惑的事：畿辅重地，强敌如林、孤军举事，快刀斩乱麻、做得如此干净利落，此举是需要极大魄力的。
但孤军难支大厦，皖奉势力乘虚而入。稍后，北京便成为冯玉祥、段祺瑞、张作霖三股势力又联合、又斗争的天下。段毕竟是“出将入相”的老手，被举为执政，时人称为“段执政”这是一个不违背官场惯例，又略带有讥讽意味的称呼；国人对这位几上几下的政府首脑，很有几分厌恶了。但是他脸皮厚，“笑骂由他笑骂，好官我自为之”；官场中没有这一套本事是不行的。
冯玉祥电邀孙中山北上共商国是；段、张也表示欢迎；这一则因为孙中山乃开国元勋，且不断革命，威望压众；再则，也是因为他们彼此虽有“司马昭之心”，却无司马氏的实力，乐得做个顺水人情。
行前，孙中山在广州召集汪精卫、胡汉民、廖仲恺、张人杰、戴季陶和孙科等人商议，决定：胡汉民留守广州，代行大元帅职权；谭延闿驻守韶关，负责大本营事务；汪精卫、宋庆龄、戴季陶、李烈钧、邵元冲和孙科等20人随行。孙太爱黄埔了，太有望于黄埔了。
11月13日，孙等人在广州登永丰舰北上时，还特地安排在黄埔停留，作了一次视察。
是日，学员们一大早起床集合，军容整洁，列队迎接于码头一一校门之间，蒋校长更是全副武装在码头恭候。永丰舰刚一靠岸，他便跳上军舰，一路左右不离，将孙引到营内。孙拣一些主要场所巡视了一遍。他是满意的，对蒋说：今观黄埔军校学生，能忍苦耐劳，努力奋斗如此，必能继吾之革命事业，必能继续我之生命，实行我之主义。凡人总有一死，只要死得其所……若二三年前余即不能死；今有学生诸君，可完成吾未竟之志，则可以死矣！
孙是位医生，在中国讲究“出行大吉”的日子里，说出这些话来，固然是由衷地流露出对黄埔的信任，或者也夹杂着对自己的病势已有些预感吧！
傍晚，孙一行再登舰前往上海，蒋一直送到码头。没料到孙蒋之间的黄埔握别，竟成永诀！孙一行是由上海取道日本长崎、神户经天津前往北京的。因为当时津浦铁路不通，且上海至天津船票客满，两星期内不能成行；孙也有意在日本做番宣传工作，乃