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洛阳气氛，紧张繁忙而严肃，政务处下设秘书十人，都是一时之选，他们每天办稿，自签拟以至封发，每人日可二三十件，工作效率之高，由此可以想见。又如吴大帅秘书吕哉先生所言：
“洛阳民风朴厚，将军（指吴佩孚）亦生活简单，天气炎热，绝少电扇等设备。远离城市，汽水冷饮，贵若琼浆，同仁皆以‘人丹’为解热之品。退公之后，绝无不正当之消遣，勤俭治公，洛阳足以当之。”
如果以吕哉先生所记述的“勤俭治公”洛阳精神，慨然以当天下之大任，刻苦经营，实事求是，只怕直系还可有作所为，却是，直系先天不足，后天失调，一群只求升官发财，亟于名利的贪欲汉，只靠一个出类拔萃，震古烁今的吴佩孚凭其愚忠，竭尽绵薄，要想以单拳只手扭转乾坤，匡定天下，根本就是不可能的事。故所以，直系其胜也速，其败也迅。吴佩孚殚智竭虑，尽心尽力，无非是在沙滩上筑造七级浮屠而已。
直系当政为时两年，这两年之间的诸多“谐剧”，历历都是吴佩孚的血泪沧桑史。直系独霸北京政权，进入全盛时期。吴佩孚提出“法统重光”的口号，将安福国会所选出的大总统徐世昌赶下台，迎黎元洪复职，恢复旧国会，以谋求南北的统一。吴还提出“废督裁兵”的主张，即废除各省的督军和裁减军队，但这只是军阀时代的一种空谈而已，事实上吴佩孚仍坚持“武力统一”政策。
吴佩孚成为中国最有权势的人物，英、美等国皆看好吴氏，争相结纳。他又素有爱国进步的令誉，共产国际和中共领导人李大钊等也都对他进行争取，不但影响吴提出了“保护劳工”、“劳工神圣”的政治主张，并试图促成他与孙中山的联合。但吴坚持要求苏俄从外蒙撤军和归还中东铁路主权，并在1923年2月镇压了京汉铁路工人大罢工。
吴氏开府洛阳，权倾成了中国最有权势之人物。朝野，麾下猛将如云，谋士如雨，中外政客名流络绎来访。他50岁生日时，各方贺寿者麇集中州，极一时之盛。康有为赠寿联曰：“牧野鹰扬，百岁功名才半纪；洛阳虎视，八方风雨会中州。”但与此同时，直系内部的裂痕日益加深，分化为拥吴的洛派及拥曹的保派和津派。
曹锟为了当上大总统，唆使冯玉祥、王怀庆、王承斌等直系军人演出了一场“驱黎夺印”的丑剧，将黎元洪赶下台；并以5000元至1万元一票的价格贿赂国会议员，于1923年10月就任大总统。吴佩孚不满曹氏所为，在洛阳埋头练兵，醉心于武力统一。他为了加强对直系军队的控制，剥夺了冯玉祥的河南地盘，并促使曹锟于1924年4月下令免去各巡阅使、督理（即督军）省长所兼的师长职务。这些举措搞得将帅离心，直系内部形成了以冯玉祥、王承斌等为首的反吴同盟。奉系自败退关外之后，在日本扶植下整军经武，蓄志再度问鼎中原。1924年9月，直系军阀、江苏督理齐燮元与皖系残余军阀、浙江督理卢永祥为争夺上海地盘，爆发了江浙战争。张作霖以反对攻浙为由，于9月15日起兵讨直，攻进朝阳、凌源，第二次直奉战争就此爆发。曹锟急召吴氏入京，就任“讨逆军”总司令，迎战奉军。
这场战争在山海关和热河两个战场展开，奉方兵力约25万人，直方兵力约20万人，双方均有海、空军参加作战，是近代史上一次规模空前的战争。奉方有备而来，装备精良，饷糈充足；直方军队系临时调集，加上财政支细，装备给养均感困难。奉军于10月7日攻陷长城要隘九门口，直军山海关阵地动摇，吴佩孚亲赴前线督战，拼死反攻，战况空前激烈，双方均付出重大伤亡，战事呈胶着状态。
正当吴佩孚与奉军酣战之际，直军后方发生巨变。奉令取道古北口进兵热河的陆军检阅使兼第十一师师长冯玉祥及直军将领胡景翼、孙岳等，暗中通款于奉、皖两系及国民党，于10月22日晚突然回师北京，发动政变，囚禁曹锟，截断京奉、京汉铁路，联名通电主和，宣布成立国民军，并胁迫曹锟下达停战令及罢免吴氏本兼各职。
冯的倒戈使直军阵脚大乱，吴率兵一部回救北京，被国民军在杨村击败。奉军从冷口突入长城以内，占领滦州，截断直军后路，山海关失守，直军主力全军覆没。在奉军和国民军的夹击下，吴佩孚退往天津，日本为了控制吴氏，曾由领事古田茂出面，劝其避入日租界，但吴素持“不要钱、不出洋、不入租界”的“三不主义’，予以拒绝。11月3日，吴率残部2000余人在塘沽登舰从海路南逃，到长江流域徐图再起。
吴佩孚乘船南逃，飘浮海上，处境狼狈。船至青岛，山东督理郑士琦不仅拒绝假道，而且拒绝供应淡水和粮食。吴佩孚只好再往南边，预备从上海入长江，过武汉再返洛阳。在途中，他竭力向各省军阀兜售他拟定的组织“军政府”的计划，但四处碰壁。他一气之下，径自回到洛阳，调动老部下，以图重整旗鼓。