吴佩孚、萧耀南、靳云鹗的“迟迟不前，欲行又止”，在当时颇引起一般人的物议，以为吴萧是为了湖北的地盘，必欲乘人之危，取而代之，所以非等王占元黯然离开湖北，下野息影，他们方始向南用兵。事实上，当时吴佩孚确有他不得而已的苦衷，势实逼处此的隐情。头一桩，王占元是一名贪鄙之徒，专横武夫，他在武汉闹得天怒人怨，民不聊生，莫说老百姓，即连他的部属，也都在处心积虑的图谋去之而后快。王占元恶声播天下，因此川湘桂起兵，天下俱以义师视之，吴佩孚声誉中天，他万不能助虐为恶，使他多年来好不容易建立的声望为王占元而毁之于一旦。然而，同为北洋一系，王占元又素与直系相亲，他想讽之不如归去，却又苦于够不上这份交情。
其次，民六驻戍衡阳，他和赵恒惕倾心交结，早成莫逆，他永远忘不了岳州绅士对他的一席忠告：三湘男儿重义气而轻生死，不可以势相逼。自民二到民十，赵恒惕身当北洋与南方的缓冲，他虽然兵止八万，却是身系天下安危，举足轻重。王占元不走，他犯不上为保全王占元的地盘，而跟赵恒惕兄弟阋墙，兵戎相见。必须王占元让出湖北，北政府另简湖北督军，他方始可以勉强挟“北政府”之名，为确保北洋直系地盘与利益，硬起头皮来奋力一战。对国内外舆论和对赵恒惕，毅然用兵的理由，那就坚强多矣。第三层纯粹是他自己的隐衷，北洋军人勇于私斗，肯于冒险犯难，出生入死，其目的厥在于升官发财，得地盘，抓权利，然后威福日恣的作南面王。北洋系中以吴佩孚的部下仗打得最多，苦吃得最足，然而吃尽苦中苦，能为人上人，分茅列士的机会却一点也无。吴佩孚志在澄清天下，共御外侮，他可以放弃到口的热馒头，口口声声不要地盘不做督军。他的部下又如何呢？连年苦战都归他们打，各省地盘则尽着别人拿。天长日久，怨怼之心一起，就怕离心离德，再也掌握不住他们了。
凑巧在湘鄂之战前后，江苏、陕西，接连出了两大疑案，江苏督军李纯，好端端的一个人，突以遗书厌世，举枪自杀身亡，李纯之死震动中外，风传是他的左右手苏浙赣巡阅副使齐燮元阴谋弑上，北政府为此还派大员组团南来调查，可是后来齐燮元仍然坐上江苏督军的宝座，吴佩孚为了趁此良机，将他的势力扩展到长江下游，当齐燮元心中惶惶，向他卑谄足恭，通款输诚，宣称今后唯玉帅之命是从，吴佩孚顺水推舟，干脆收录了这一员大将和东南地盘。经他挺身而出，加以保举，齐燮元不但安然无事，甚且从此青云直上，作东南之盟主。使吴佩孚的势力南及苏浙，徇上海而出海。
阎相文是直隶保定人，北洋正统出身，清末在北洋第三镇级职远比吴佩孚高，一人民国即任直隶混成旅旅长，是时吴佩孚不过一名管带而已，阎相文确系直系嫡裔，只是他近保府而疏洛阳，尤其他能力薄弱，胆子又小，混成旅旅长一直干到民国九年直皖大战，吴佩孚已经是叱咤风云的直军总司令，他方在战胜以后升任第二十师师长，并且因为当时的陕西督军是皖系人物陈树藩，树倒猢狲散，陈树藩的去职固是“理所当然”，北政府派阎相文督陕，陈树藩抗不移交，阎相文带去的第二十师打不过，结果也是吴佩孚帮忙，费了很大的事，方始驱陈而立阎。
由于直皖之战冯玉祥有退守荆沙遏阻吴光新自四川赴援之功，他那个第十六混成旅扩编而为第十一师，冯玉祥当了师长也驻守陕西。吴佩孚的此一部署是使冯玉祥为阎相文撑腰，免得阎相文再度有失。影响洛阳安全，但是冯玉祥对阎相文貌似恭顺而心怀叵测，大好督军何不我自为之，他不愿替阎相文助长声势，高卧陇中，于是有一天陕西督军衙门举行高级会议，众将官都在坐候阎相文出来主席，等了许久不见督军驾到，有焦躁些的军官派督署副官去催督军升帐，喊了几声不闻声响，推门进去一看，阎相文胁下一个枪眼，鲜血汩汩在流，他早已躺在床上死了，众人大惊之下再一搜查，又从他的衣角找到一张字纸，上面赫然写着如下之遗书：
余本武人，以救国为职志，不以权利萦怀抱，此次奉命入陕，因陈督（树藩）顽强抗命，战祸顿起，杀伤甚多，疚心曷极？且见时局多艰，生灵涂炭，身绾一省军符，自愧无能补救，不如一死以绝天下。
相文绝笔
阎相文自戕毕命，连同遗嘱发表了消息，北洋系中人难免又是一大骚动，没有人相信阎相文在踌躇满志的时候，会为战胜陈树藩而“疚心曷极”，竟至自杀！明眼人一望可知这是李纯自杀事件的翻版，幕后凶手冯玉祥呼之欲出。吴佩孚近在密迩，他为直系前程和个人事功着想，他再一次容忍弑上的罪行而迁就事实，冯玉祥能征惯战，颇堪重用，失一阎相文而得一冯玉祥，拈在手上分量重得太多，何况他心目之中的未来直奉之战，冯玉祥必有重用，于是他又保举冯玉祥继任陕西督军，陕西一路得了个“感激涕零”的方面重镇——如齐燮元和冯玉祥这种有小辫子捏在他手上的人，指挥差遣起来当然要便利得多。
但是也由于这两次事件，使吴佩孚提高警觉，民国九至十年间，他手下谋士如雨，名将如云，张福来、王承斌