中国海军在民国初年，几乎是一支独立兵种。萨镇冰以清水师宿将的资望，建立了多半由福建人包办的海军，他们在内战频仍时期，辄常扮演举足轻重的角色，朝秦暮楚，不以为怪，仅只北政府所建立的渤海舰队，用的是清廷遗留的旧舰，司令则为山东老乡温树德。吴佩孚利用乡谊和他自己当时的地位，在这位温司令身上下了些工夫，于是在民国十二年五月三十一日，温树德投入吴佩孚的阵营，他从汕头领舰北上。抵达青岛。温树德的叛变，使时任大元帅的国父孙中山先生大为震怒，曾经下令免去他的“海军总司令”职，并且电饬各炮台一体戒严。
海圻等六艘军舰很勉强地驶抵青岛，使吴佩孚喜之不胜，极其感奋，但是当他亲往视察，不禁又大失所望，因为这六艘军舰实在太破烂旧陋了，旧得只能摆摆样子。而无法负起作战任务。吴佩孚为此特请日本长崎造船所派了专家来，详予查勘，并且请他们克期修好。双方议定修理费用为上银240万元。吴佩孚要交通部和青岛督办署分摊这一笔巨款，不过当时这两个机关也在闹穷，案子搁置很久，依然不得解决。
表面上说是在洛阳埋头练兵，实际上吴佩孚则利用洛阳居天下之中的地位，和震慑北方的曹氏兄弟密切联络，遥为呼应，将直系势力广向四面八方推展。当年袁世凯的两大武器：贿买与暗杀，他算是两者仅择其一，西边的陕西他先支持陈树藩撵走了陆建章，又阴助冯玉祥赶跑了陈树藩。冯玉祥登上陕西督军的宝座，奠立了他“西北王”的基础。同时也成为吴佩孚的方面大将。对于“天下未乱蜀先乱，天下已治蜀未治”的天府之国四川，吴佩孚则用的是羁縻之计，跟段祺瑞的派吴光新西上，以刘存厚为开路先锋的方略，恰好是背道而驰。吴佩孚在四川许多将领之中，他选中了能征惯战，擅打硬仗的杨森，他给杨森道义上和实质上的支援，他鼓励并且支助杨森统一全川。与此同时他自己也在做入川的准备，吴佩孚研究过四川的地理和分崩离析的川军各部实力，早年四川没有口径7.5生（厘米）的以上的大炮，他派人买下日本大华洋行向上海江南造船所定购的两艘铁壳轮船，秘密地加以武装，装上7.5生（厘米）的主炮一门。有这两艘改装军舰，一旦他要进四川了，两艘军舰便成为他的另一支“怯薛”军，因为沿长江、嘉陵江两岸，四川的膏沃繁华地区，都将在7.5生的炮口的威力之下屈服。
当国父孙中山开府广州，志切北伐，吴佩孚也曾有些“金袋收买”的杰作，广州大元帅府海军总司令温树德的率舰叛离，是为其一。几使孙中山陷于绝境的陈炯明叛变，又是他的拿手好戏；而在顾品珍遣往广东的滇军将领，在白马庙时会起兵申讨陈炯明后不久，吴佩孚又贿买了滇军将领沈鸿英，粤军将领谢文炳，公然称叛猛攻韶关，于是国父亲往平乱，吴佩孚便派赣南镇守使方本仁率部入粤，联合沈、谢二逆扰乱粤北。
民国十二年国父孙中山西征，湘黔粤滇四路大军克桂林、下柳州，底定全桂。国民革命军声势为之大震，国父委派了四省北伐总司令，召集他们在桂林举行军事会议。其中黔军总司令谷正伦的两个旅，驻扎在他们所攻克的柳州城里，趁谷正伦赴桂林开会，吴佩孚命人用大笔金钱，收买了王天培、彭汉章两名旅长，使谷正伦变生肘腋，一无所知。开完了会他回柳州去率部参加北伐，王、彭二将竟伏兵中途意图加以杀害，幸亏谷正伦机警，得免于难，可是北伐黔军就此全部易帜，谷正伦为此迭经险阻逃往上海，度过了两年闭门读书生涯。
洛阳练兵时期的吴佩孚，声誉达于巅峰，也开始盘旋下降，与此同时，犹在半山坡上，向巅峰攀援的“平生志业”——统一全国，抵御外侮，行进的速度却由于阻力尚多，颇嫌迟缓。尤其是曹锟和他的介弟如曹锐、曹镆、曹镇、曹钧，以及保定巡阅使署的官员，谁没有“问鼎华夏”的野心？他们必需利用吴佩孚崇高的声望和庞大的兵力，导致他不知不觉地陷于权力欲支配之下，这是英雄的悲剧，也是个人主义者不可避免的命运。
湖北督军王占元是北洋直系的中坚，当李纯暴毙于南京，他便仿佛自己已经成为跟直曹、奉张鼎足而三的人物，寝假乎在吴佩孚之上。王占元的一生事业，始于武汉也终于武汉，说起来这真是一个巧合。辛亥年武昌起义，王占元在冯国璋的第一军中还是一名团长，当时革命军和北洋军逐屋巷战，使北洋军死伤颇多，难以进展，便由王占元和李纯两人献计，放一把火将汉口夷为平地。此一焦土之计果使革命军作战失去了掩护和凭借，于是北洋军克服汉口，奸淫掳掠，无所不为，一百十数万市民遭受空前未有的浩劫，这便是王占元、李纯所造的孽，而他们这一对难兄难弟居然也因此战功升官发财，扶摇直上，由师长而旅长，而一在南京一在武汉总绾一省军民二政，都当了督军。
直皖之战结束，王占元并无战功，但却因为湖南创制省宪，宣告独立，他便成为北政府面对南方强敌的先锋。形势所致，他的地位日渐增高，再由于当时全国只有奉张、直曹、鄂王三名巡阅使，王占元居然以为自己也是“太上总统”之一。