“北京兵变”是民国开元以后的一大丑剧，也是往后北洋军阀，跋扈嚣张，盘踞中原，动摇国本，鱼肉人民达十有五年的一大转折点。它由一代奸雄袁世凯一手导演，却系北洋第三镇成军以来的“得意杰作”。袁世凯靠北洋第三镇阴谋窃国，曹锟则靠“北京兵变”“卓著功勋”，扶摇直上，这两个人都因此丑剧大有收获。吴佩孚呢，他最倒霉，“北京兵变”使他苦熬二十多年，方始熬到手的一个炮兵团长，“煮熟的鸭子飞了”，他重又给打人冷宫，而且，使北洋系的大好佬，一个个的对他印象不佳，相当头痛。
兵变发生的那夜，吴佩孚在南苑镇司令处，当他得到消息，说是九标炮辎两队哗变，抢劫，打进北京城去了。把他气得直跳起来——吴佩孚一手训练的队伍会干上这玩意儿，在他简直就不可想象。他拉了张福来，临时组成一个执法队，十万火急地追进城去亲自弹压，然而又来电话，北京九门紧闭，袁大总统存心闹一次“窝里乱”，他把京畿的大军，关在城外。
三月一号早上，袁世凯的头一道命令下来，第三镇第九标官兵溃乱，他调第十标（还是第三镇的）进城，负责保卫总统府。
接着来的第二道命令，袁世凯召集京畿部队团长以上人员和顺天府尹（北京市长），地方治安首长，下午四时到迎宾馆（总统府）开会。会议由袁世凯亲自主持。吴佩孚是第三镇炮标标统（团长），他当然也得出席。当天的会议席上，袁世凯滔滔不绝地指示善后事宜：
一、他听说兵变原因是为了索讨欠饷肇事，所以他下令各军应领欠饷，一律补发，未附变的部队，一次发给犒赏白银二十两。（以此收买军心，抢着了的发笔财，没放抢的也给点儿甜头）。
二、带兵官要剀切开导士兵，并且述明袁大总统的“政见”，然后，全力维持秩序。
三、第三镇统制官曹锟，得“认真”约束该部。第三镇的溃兵，出告示叫他们回来。
四、宣布戒严。
如果吴佩孚稍微有点政治头脑，将“大总统南下问题”和兵变的微妙关联，略想一想，或者，他能够察颜观色，玩味袁世凯“予心大乐，宽厚无比”的善后指示，他便不该在那个时候慷慨陈词，痛切自责，并且一再强调乱兵不但不能重新收容，而且必须依军法从事，重重地治罪。他在这明系善后措施，实为“论功行赏”的会议席上，就没有发现袁世凯非但不责备曹锟，还在那儿忙着帮他把抢了人、放了火的乱兵找回来，由此可知，他当时语惊四座，简直是大扫其兴，未免太不合时宜。
兵变渐渐地戢止，曹锟最着急的一件事，便是召回旧部，收集枪械。关于前者，袁世凯叫他的陆军总执法处长隆建章出告示：第三镇已溃之兵，应妥为招抚回营，不论有无军械，概不追究。他在内城外城指派了专人帮着招抚，同时更设立四处换营地点，欢迎游子归来。
枪械呢，由巡警厅出告示：不管是谁缴来第三镇的枪械，决不追究株连，而且步枪一枝给八块大洋，皮件刺刀完全者，给十二元。
就为镇压暴乱，过于严峻，曹锟一再讽示他从宽处理，吴佩孚却偏要变本加厉，曹锟忙着招抚老兵，吴佩孚则一力坚决反对。他这么凡事都要唱反调，拗着来，使曹锟非常头痛，万分棘手，他对吴佩孚刚刚建立的良好印象，于是又在迅速的褪色，变化。
一脸孔的大义凛然，满肚皮的道德纪律，吴佩孚在袁世凯的眼里，也同样的被认为无法推心置腹，沆瀣一气——这小子不像是咱们北洋系里的。有了这样的观点，吴佩孚的霉运又来了。会议席上见面的时候，袁世凯对吴佩孚的认真负责，敉平变乱，严厉处置不法之徒，当然得备致嘉勉，温语相慰，然而，在内心中，他反倒成了个惹人嫌，沾不得的角色。
因此，闹出惊天动地的北京兵变，身为第三镇统制官的曹锟，非特不受任何处罚，而且，有人给他找枪，有人帮他收抚溃兵。等到后来确定第三镇有了两千多名士兵的缺额，更由袁大总统和陆军总长段祺瑞亲自磋商，让他在北京、河南两地，设立招兵处，补足空缺。凡此种种“善后”工作都办妥当了，霹雳一声，罪将升官，曹锟终告出任方面大员，袁世凯给了他一个大肥缺，长江上游总司令，兼第三师师长。
相反的，真正处理兵变有功，曾获袁世凯假意激赏的吴佩孚，他也升了官，却是明升暗降，把好不容易捏在手中的一个炮兵团都丢了——曹锟发表他为师部副官长，当了第三师的马弁头儿。
民国二年，袁世凯对付国民党的狰狞面目，逐渐显露，他一手执匕首，一手握金钱，三月二十日，他透过国务总理，他的老搭档赵秉钧和内务部秘书洪述祖，贿买凶手，暗杀国民党伟人宋教仁于上海北站。然后，趁国民党发动二次革命，高举义旗讨袁，他乃调遣北洋军大举南侵，曹锟的第三镇是他的急先锋，一路攻抵湖南的岳州、长沙。湖南一省，奄有大半，袁世凯遂派汤芗铭为湖南督军，以曹锟为长江上游总司令，俨然节制四川、湖北、湖南三省。
吴佩孚随第三师节节南下，一路顺利无阻，抵达湖南北部