了护勇以后不久，满洲正白旗人荣禄，时任军机大臣，他将武卫军分为中、前、左、右、后五军，自任统帅，兼领中军，而以聂士成为左军统领，袁世凯为右军统领，马玉岜为前军统领，董福祥为后军统领。并将各军编制，扩充为步队五营、炮队一营、马队一营、工程一营、学兵一营，兵力在一万人以上。从此武卫军成了清军的主力。
荣禄当过直隶总督、北洋大臣，所以他扩编武卫军，实已将北洋各军，统统纳入掌握。前后左右中五个军，其间前后两军是以河北、陕西的部队改编，中军都是新召募的旗丁，袁世凯的右军则以他小站练兵的“新建陆军”为主体，惟独左军是聂士成淮军的班底，陆续增加了些河北、山东一带的健儿。
吴佩孚初度投效的这一支部队，虽然声威显赫，闻名天下，可是，它竟然是清军中最倒霉的一彪大军，吴佩孚想投笔从戎、抵御外侮，却没想到他所隶属的队伍，会在义和团跟洋人不断的夹击之下，损失殆尽，溃散无遗。
就在吴佩孚当戈什哈的第二年，光绪二十五年（1899年），由于德国军队在山东南部大肆烧杀，任意屠戮，引起八卦教、白莲教的余党复炽，他们组织义和团，高喊“扶清灭洋”的口号，扬言枪炮不入，四处焚烧教堂，杀洋人，以资报复。清廷先派袁世凯的武卫右军前往剿抚，不利，义和团反倒由山东蔓延到河北，他们的口号和狂言，使当国秉政的慈禧太后为之心动，再加上端王载漪和军机大臣刚毅等人的一力掇促，慈禧太后居然把义和团引入北京，准备和普天下的洋人开战。
这一年，吴佩孚跟部队调驻芦台，地点在天津东北。有一天，“拳匪”啸聚在北京正南的大兴，纵火焚烧铁路，聂士成派一队人驰往制止，“拳匪”不听，仗着人多势大，刀枪齐施，跟武卫左军打了起来。武卫左军寡不敌众，当场死伤了好几十个人，消息传到芦台军中，这位淮军宿将，不禁勃然大怒，他立刻下令步队、骑队全数开拔，赶赴京畿剿匪。
这是吴佩孚生平打的第一仗，当年他26岁，虽说在队上当文案的戈什哈，平时工作，是帮着郭绪栋处理公牍，然而大军征战，他也得成为从事战斗的一员。武卫左军行动迅速，由芦台乘火车回天津，再转京津线铁路。火车开到落垡站，从车窗往外望，但见遍地都是捻枪舞棒，呐喊示威的“拳匪”，原来这一股“拳匪”共有三千多人，正要去拆毁廊坊附近的铁道，聂士成下令停车，将队伍在车站附近展开，郭绪栋和吴佩孚当时还没有编人战斗序列，他们随同其他的文职和杂兵，都留在火车上守卫。
从车窗向外眺望，一匹骏马自本军的行列中一冲而出，直奔匪阵，这是聂提督派出去晓谕“拳匪”的一名军官，他高声地宣示，聂都督已经奉旨“相机剿抚”，他告诫“拳匪”们赶快解散，不许在这里聚众滋事。
但是“拳匪”非常的慓悍，他们不但不听晓谕，反而一涌而上，那一名马上的军官猝不及防，一下子便被他们砍死在地。“拳匪”无理可喻的残暴行为，使武卫左军人人义愤填膺，布阵在最前方的指挥官，高声一喝：“卧倒，放！”只见前线的兵丁犹如风吹草偃，齐齐地仆向地面，紧接着便是枪林弹雨，硝烟四散，一排排的子弹射过去，“拳匪”一拨拨的被击倒，转眼之间，麦田里便躺卧着成千上百的尸首，余下的“拳匪”，哇哇怪叫，掉头就跑。武卫左军正待追击，吴佩孚看见聂士成骑在马上下令：“姑念他们是无知愚民。不追也罢！”
这电光石火，生死决于俄顷的一幕现代战争，看得郭、吴二人，面面相觑，舌挢不下。什么义和团念咒画符，刀枪不入，完全是一派无知愚民的胡言乱语。当晚，聂士成亲率的武卫左军在落垡和枣林庄廊坊一带宿营，保护近畿铁道，搜捕驱散“拳匪”，吴佩孚之类的杂兵、夫子，都被派去清理战场，掩埋死尸——武卫左军这一仗击毙了近千名“拳匪”。全军毫无伤亡，只有那位奉令晓谕乱民的军官，惨被杀死。吴佩孚随着大众把一具具中弹死了的“拳匪”抛入挖好的巨坑，那一具具流血而死的尸体，一张张朴实平板的面孔，死人的脸上并无痛苦的表情，可是吴佩孚的心里却在深切地惋惜和哀悼，甚至于有些儿怨怼，躺在地上断了气的都是中国人，都是直鲁豫大同乡，吴佩孚一面忙于掩埋，一面恨恨地说：
“你们怎会这么傻？居然拿血肉之躯跟枪炮子弹拼？”
队伍在廊坊附近驻扎两天，朝廷颁旨下来，对于聂士成拱卫京畿，保全铁道的功劳，不但只字不提，反而严词申斥，骂他不该杀害“拳民”，罔恤人命。聂士成正莫名其妙，军机大臣武威军统帅荣禄派了差官，知会聂士成，火速将武威左军开回天津。聂士成这才知道，原来“拳匪”已和朝廷中的王公大臣勾结，慈禧太后也有重用“拳匪”的意思，他杀了上千名“拳匪”，立刻便有人诉诸朝廷，将他斥责了一顿。这一下，连聂士成见了“拳匪”都怕啦，他急急地将队伍拉回天津去。
吴佩孚所属的这一营，保住聂士成领头走，到天津下了火车，聂士成骑马在前，马步队紧蹑其后，便在大街上，劈面来了无数的“拳匪”，