先是少将秘书丁默邨兼，后来换的是金斌”。
对于蒋介石的这一安排，二陈自然是喜不自禁。本来，CC派与复兴社这两大特务系统从成立以来就是互相水火，明争暗斗，摩擦事件时常发生。二陈一直想插手复兴社事务，达到吞并复兴社的目的，但总不能遂意。现在成立“国民政府军事委员会调查统计局”，将两大特务系统集中起来，统一由陈立夫指挥，对陈立夫来说，实在是“天助我也”，他可以凭其职权，染指复兴社，逐步将其吃掉。
但蒋介石也有他自己的打算，他成立统一的特务机关，只是为了让他便于指挥，压根没想将整个特务组织全交给二陈，因此，局长虽然让陈立夫当了，而下面三个处却是各成系统。一处统原来的CC派，二处统原来的复兴社，三处开始两方面人都有，后来也拨归复兴社，CC派再也不能问津。三个处不但各自成一体，而且办公也不在一个地方，第一处设在南京道署街，第二处设在鸡鹅巷，第三处设在山西路，基本上是老死不相往来。
戴笠由于有蒋介石的宠信，对陈立夫的领导并不十分恭顺，他自成一体，二处俨然是一个独立王国，其编制、人事、活动形式与范围都由他一人主掌，CC派休想过问，对此，陈立夫虽然忌恨，却又奈何不得。
陈立夫也十分看不起戴笠，每当戴笠例行公事去见他时，他眼也不抬一下，鼻子也不哼一下，只是用手挥去挥来，极为藐视，这使戴笠怀恨在心，久久不忘，常在军统特务中讲陈立夫的坏话。
陈立夫在任局长期间，为了排挤戴笠特务系统，总是极力提高一处的地位，压低二处，许多政治上的便宜尽量让一处多占，当时局本部的工作人员也以CC派居多，在委派外任时，一处也总是压着二处。晚年后，在儿女簇拥下的陈立夫几多欢喜，几多感慨，风雨一生，终老异乡。如南京邮件检查所和南京电报检查所，是由特务机关直接控制的两个单位，其作用十分重要，邮检所的中校所长张志鹏是由第一处派任的，少校副所长童襄则由第二处委派；电检所所长叶定也是由第一处任命，副所长由第二处任命。这样一来，凡是由两所检获的材料，第一处总是首先看到，而第二处只能从经办人员那里偷看一点，不得全貌。为此，第二处一直耿耿于怀。两个特务组织虽然统一在一个局内，表面上也似乎风平浪静，暗地里却已是剑拔弩张了。
抗日战争爆发后，国民党军队连连败退，蒋介石放弃南京，国民党中央中机关大部分撤退到武汉，二陈所指挥的两大特务系统一片混乱，特务们如鸟兽散，原有的组织几乎全部停止活动。陈立夫尽管作了很大努力，也不能将其恢复起来。
1937年9月，蒋介石为适应战争需要，成立了“大本营第六部”，任命陈立夫为部长，主管“民众动员”事宜。陈立夫仍旧不忘他的特务组织，他担任部长后，利用其职务的方便，将原来特工总部的一大批星散的特务招集起来，全部安排在“大本营第六部”工作，编为第四组，以徐恩曾担任该组中将组长，CC派重要骨干王思减、王杰夫、刘桂等都挂少将、上校、中校等军衔，在该组任职。实际上，这个所谓的第四组，就是原特工总部的翻版，这批特务打着“动员民众”的幌子，继续进行迫害共产党、迫害进步人士、破坏民众运动的特务活动，而这些特务活动正是蒋介石、国民党所需要的。
国民党蒋介石在外敌侵略的情况下，在全国人民一致抗日的压力下，虽然实行了第二次国共合作，但蒋介石的内心深处并没有真正放弃反共政策。1938年3月9日至4月1日，由蒋介石主持的国民党临时全国代表大会在武汉召开，大会继续对共产党进行攻击，说：“共产党挟其不适合国情之主张，使国家人民在精神上与物质上遭受不可胜计之损害。”于是，在所谓“国家至上、民族至上”的名义下，强调“消灭政治斗争之意识”，为此，大会决定国民党实行领袖制，选举蒋介石为总裁，为全党最高领袖。