首先，在课程设置和教材方面。陈立夫亲自主持制定了“颁部”大学课程表及课程标准，要求各校统一执行。课程分必修与选修两种，在必修课中，增加了中国历史方面的课程，这是陈立夫特别强调的。他说，一些大学生对中华五千年文明史缺乏了解，这种状况有利于敌人而不利于自己，因为侵略者要毁灭其国家，必先毁灭其国之历史与文化。如中国法制史、中国政治史等；语言科中，将中国文列为与外国文同等的基本工具科目，中国文要求能阅读古文书籍和写作通顺文章，外国文要求能阅读所学习的学科外文参考书，不达标者不能毕业。同时，陈立夫还根据当时战争的需要，提议在一些学校增设了抗战国防课程，如“堡垒工程”、“军用结构”、“兵器学”等。在部颁课程中，凡是没有教材的，鼓励教师编写教材。
在确定课程时，由教育部先定了一个整理课程的三原则：第一，规定统一标准，这个标准，不仅在提高程度，而且与国家文化及建设的政策相吻合；第二，注重基本训练，先从事学术广博基础的培养，由博反约，不因专门的研究而至偏颇之弊；第三，注重精要科目，所设科目，力求统整与集中，使学生对于一种学科的精要科目，有充分的修养而有融会贯通的精神。根据这一原则，一些无用的课程删掉，一些重要而没有的补上。如根据我国是一个农业国的情况，设立水利、肥料、茶叶、丝绸等科系，并设置相关课程等。
陈立夫被清除出局，陈家的势力一去不复返。无论谁登上“皇位”，蒋家都可以安心了。图为：（左起）蒋经国、蒋介石、蒋纬国。除了改革课程设置外，陈立夫还领导教育部进一步拟定各科目教材内容，以备各校试用。1940年，在征集各校课程科目的基础上，开始编制教材纲要，当时集中了数百名教授，历两年努力，编写了各科教材纲要草案42种，颁发各校参考试行。与此同时，教育部开始编辑大学用书，在陈立夫的直接领导下，成立了大学用书编辑委员会，该委员会成立后，采取特约撰稿、公开征稿、采用成书三种办法，确定了163部书作为大学教材。几年后，各学校终于能按部颁课程标准，教材标准统一起来，一举改变了中国大学课程无中国特色，课程无中国教材的局面，为收回“文化租界”起了决定性作用。
其二，统一大学教师评聘标准。陈立夫认为要办好学校，教师是十分重要的。他通过对一些学校的调查，发现大学教师的资格评聘，过去毫无标准，而且教授和副教授的评聘只有一条原则，即必须是留学返国者，他认为这种评聘既不利于调动教师的积极性，也不科学，是崇洋的表现。因此，他主持制定了《大学及独立学院教员资格待遇暂行规程》，1940年由教育部公布。该章程规定：教员资格分为教授、副教授、讲师、助教4个等级；对资格审及定升等年资均有适当规定，担任助教、讲师有一定年资、有特殊成绩并有著作者，均应按照规定升格为教授或副教授，不受“留学返国”的限制。同时，对教师实行奖励的办法，凡“合格教员，可准休假进修，并发给研究费讲助金，其资深望重者，经过同科目教授之选举，可以担任部聘教授”。
以上措施的实行，一定程度上调动了教师的积极性，使学校的教学质量与科研水平都有一定提高，出现了一些高质量的学术成果。文科方面，如闻一多的多种文学史著作、王力的语法理论、钱穆的《国史大纲》、贺麟、汤用彤的哲学、逻辑课；理科方面，如华罗庚的《堆垒素数论》，王竹溪的《热学问题之研究》等，都在中国教育史上有重要地位。
其三，改进考试办法。陈立夫认为考试是促进学生学习的重要手段，也是检查学生学习成绩的主要方法，而以前考试有不少弊病，应该加以改进。
大学入学考试以前是各校单独命题，陈立夫认为这种考试办法增加了应考学生的困难，因为战争时期，交通困难，学生为参加各大学的考试，到处奔波，十分不易。而且，这种考试使各校录取新生的成绩相差悬殊。为了整齐学生的入学水准，解除学生应考奔波的困难，陈立夫决定，从1938年度起实行在后方19省市分区实行大学入学统一考试办法，教育部成立统一的招生委员会具体执行。在各考区分设招生委员会，办理报名、考试及阅卷、录取等工作。
大学毕业考试以前只考最后一年所学课程，陈立夫担任教育部长后，决定在毕业考试时，实行4年内学生所学3种主要课目的总考，他认为：“此种办法可使学生对以往4年所有主要学科有一总复习，而不致支离破碎，比欧美各国的办法均胜一筹。”
对平时考试，陈立夫提出在学生中举行“学业竞赛”考试，由学生自由参加，成绩最优者及次优者均得奖励，并在学校公布。
通过改进考试办法，较好地激发了学生学习的积极性，学校不仅为抗战和战后建设输送了大量人才，而且还培养出了后来获得诺贝尔奖的杨振宁、李政道这样的优秀人才。
第四，实行贷金制度。当时处于战争，一些青年流离失所，要读书十分困难，陈立夫认为这些学生不但要教，还要养