，即关于非常时期教育质量的问题。当时，国民党政府的一些官员认为，在战争的非常时期，正常的教育程式应该废弃，应该实行与抗战有关的短期训练班和训练所，其课程也应该是研究抗战学术。他们提出：“在战时，大学是抗战人才供应所，是救亡干部训练所，同时是民族革命青年先锋战士的产生地。”
陈立夫不同意这种主张，他认为要为建国储备人才，正常教育仍应维持。1938年3月，陈立夫以教育部长的身分发表《告全国学生书》，向全国学生阐述了他的教育政策，他明确指出：“教育之任务，为在智德体各方面培养健全之公民，使其分负建国之艰巨责任，故青年之入校修业，自国家立场观之，读书实为其应尽之义务，使青年而有废学之现象，实为国家衰亡之危机”，因此，“各极学校之课程不为必须培养之基本知识，即为所由造就之专门技能，均有充实国力之意义。纵在战时，其可伸缩者亦至有限，断不能任意废弃。”
公告书的发表，至少在当时众说纷纭的主张中，有了一个主导性的政策，对稳定大局起了重要作用。
为了在战争非常时期坚持正常教育，陈立夫拟定了《战时各级教育实施方案》，确定了他的战时教育方针，这一方案在1938年4月召开的国民党临时全国代表大会上获得通过，实施方案包括九大方针和十七要点，强调“三育并进”，“文武合一”，“对现行学制大体仍维现状”，“对于管理应采严格主义”等。这一方案深获蒋介石的赞许，在1939年3月召开的全国第三次教育会议上，蒋介石发表“训词”，就肯定了陈立夫的主张，他说：“我们为适应抗战需要，符合战时环境，应该以非常时期的方法，来达成教育本来的目的，运用非常精神，来扩大教育效果”。蒋介石明确指出：“目前教育上一般辩论最热烈的问题，就是战时教育和正常教育的问题，亦就是说我们应该一概打破所有正轨教育的制度呢？还是保持着正常的教育系统而参用非常时期的方法呢？关于这个问题，我个人的意思，以为解决之道，很是简单，我这几年常常说，‘平时要当战时看，战时要当平时看’。平时，我们决不能关起门来，不管外边环境，甚至是外敌压境，安常蹈故地紧张不起来。但我们也不能说因为在战时，所有一切的学制课程和教育法令都可搁在一边，因为在战时了，我们就把所有现代的青年无条件地都从课堂、实验室、研究室里赶出来，送到另一种境遇里，无选择无目的地去做应急工作……”
蒋介石一锤定音，对陈立夫给予最有力的支持。大政方针定下之后，整个教育界人心稳定，陈立夫便好专一致志，戮力同心地去做好他的教育行政工作。对此，陈立夫深深感谢蒋介石，几十年后，他在回忆录中，还提及当年蒋的一番讲话，感谢蒋对教育的指示和对他的信任。教育的整体改革
陈立夫担任教育部长后不久，一天，无意中翻看国联调查团为调查中日冲突到中国进行调查后写的《国联调查团报告书》，他特别看了其中关于教育的内容。报告书说，调查团考察了中国的一些高校，发现中国高校“受外国教育的影响巨大”，学科研究大多以外国语为媒介，引用的资料和例证，也多取自外国。大学的历史、政治、经济课程，似乎是为研究西洋的学生所设。自然科学教育方面，偏重外国的情形更为严重。
报告书对陈立夫的触动很大，其深厚的民族情结促使他作出一个重要决策：要收回“文化租界”，办中国的大学。后来，陈立夫写了《从根救起》一书，对他当时的心情作了详细的论述，他说：“文化侵略对于所侵略的国家，首先要毁灭其历史文化，我起先对于这些阴谋，还不大了解，民国二十七年到了教育部以后，才恍然大悟。那时沿江、沿海都被日军占据了，所有大学都往后撤，我一一为之安顿下来。我发现这些大学都像外国租界。这个完全采德国学制，那个完全采法国学制，其他不是采美国制，即是英国制。但是采中国学制的又在哪里？课程五花八门，毫无标准，有关中国历史的部门为最缺乏。学政治或经济的不谈中国政治或经济制度史，学农的不谈中国农业史，国文更是最不注重的一门功课了。”正是基于这一现状，陈立夫下定决心，“把中国人应知的中国各部门的历史材料放入必修课，无教材的则奖励写作，使中国的大学像一座中国的大学。”
为了建设中国的大学，陈立夫作了一些大的改革。