组织机构比较简单，在院长之下分设训育、管理、总务三个科。其中以训育科为主，直接对“反省人”进行欺骗诱叛，该科所配备人员也最多，除科长、科员之外，还设有训育员、高级训育员若干人。
反省院所拘押的人员大约可分为三类：一为背叛革命不彻底的分子，二为坚决不承认自己为共产党的人，三为托派分子和在蒋介石叛变革命后与共产党脱离关系的分子以及其他思想左倾者。也有少数原属中统，后被认为对组织不忠，对二陈不忠，违反特务纪律的人在此关押。
反省院对送进来的“反省人”进行政治训练。根据二陈的指令，训练的内容有三条：一为以全民革命反对无产阶级革命；二为以阶级调合反对阶级斗争；三为以三民主义反对共产主义。训练的形式以学习、上课、训话等为主。学习，即发给“反省人”一些充斥反共内容的文章和小册子，如戴季陶的《孙文主义之哲学基础》、胡汉民的《三民主义的连环性》、陈立夫的《唯生论》等，让“反省人”自己学习，并写出读书笔记、思想汇报。上课，即由担任训育员的CC特务讲课，内容不外是国民党好、共产党坏之类。训话，即聘请国民党要人，社会名流学者等进行精神讲话，陈立夫常亲自到一些反省院进行训话，老生常谈那些只有叛变革命才有出路之类的陈词滥调，企图对“反省人”进行潜移默化的影响。凡参加听课听讲的人，须写听讲笔记、反省笔记等，逐日送交训育员审阅，此外，训育员还经常找一些人进行个别谈话。
反省院规定对“反省人”的反省以6个月为一期，结束时要举行考试，其试题多为“对共产党的认识”、“三民主义与共产主义比较”、“对苏联的认识如何”、“中苏关系怎样”之类，考试不及格者便要留级，继续反省半年，如果再次考试再不及格，就要严厉惩罚，反省院的训育员常常威胁说：“如果三期不及格者，便要枪毙！”以此造成被拘押者精神和心理上的压力，好迫使他们投降自首。即使从反省院被释放出来后，在相当长时间里，还受监督和控制，还须定期向反省院汇报个人思想和言行。
反省院在劝降审讯、怀柔软化的同时，也并不放弃严刑拷打等硬的方式，院内专门设有关押革命志士的特别监狱，里面配备有各种残酷的刑具。尽管这些手段残忍毒辣，但大多数共产党员都英勇不屈，顽强坚持斗争，他们宁肯留级，不出反省院，也不写悔过书，不填写反共申明，并且进行各种形式的特殊战斗。当时各个反省院都有共产党的秘密支部在战斗，绝食斗争时有发生，弄得反省院中动荡不安。也有少数共产党员在反省院软硬兼施的折磨下，经不住考验，自首反省，变节投降。据不完全统计，1931年到1935年，自首变节的共产党员有276人，其中在中央机关工作的干部23人，省一级的干部31人，县一级的52人，区一级的75人。
这些断了脊梁的癞皮狗出卖灵魂，出卖共产党的机密，出反省院后，带领国民党特务、军警搜捕、残害共产党人和革命同志，犯下了不可饶恕的罪行。1928年初，中共中央组织局主任罗亦农的秘书何家兴叛变，即将罗亦农的住址出卖给国民党特务，结果，罗亦农被捕。1929年7月，中共中央军委秘书白鑫叛变投敌，企图在中央军委开会时，将中央军委和江苏省军委负责人一网打尽。8月24日，周恩来因临时有事没有参加会议，当会议正在进行时，大批特务包围会场，在场的彭湃、杨殷、颜昌颐、邢上贞、张际春等人全部被捕，除张际春被营救出狱外，其他共产党人均壮烈牺牲。1932年，中共中央特务科长顾顺章叛变，亲自到监狱认人，出卖了关在苏州监狱里的恽代英，第二天，恽代英即被国民党杀害。顾顺章在武汉被捕叛变时，就出卖了中共驻汉交通机关，鄂西联县苏维埃政府及红军二军团的驻汉办事处，结果，这些机关均被国民党特务破获，有10多人被捕，全被杀害。在南京，顾顺章继续出卖共产党机密，供出了周恩来、李维汉等人的5个住址，并派他的亲戚家人在上海进行侦查，在此危急情况下，中共中央采取断然措施，使其阴谋没有得逞。
陈果夫、陈立夫利用劝降审讯，反省院训练的办法，收买了一些叛徒，再利用这些叛徒对共产党进行破坏，在一个时期确实收到了一些效果，使共产党遭到很大的损失，二陈对此十分得意，认为这是他们在无形战线上的成功之战。但不管国民党特务怎样穷凶极恶，共产党内少数叛徒怎样为虎作伥，都始终不能消灭共产党，共产党在人民中不断地发展壮大，这是二陈所料想不到的。建立地方组织
1931年，日本帝国主义发动了侵略中国的九一八事变，整个东北地区陷于侵略者的蹂躏和践踏之下，中华民族面临亡国灭种的危机。但国民党政府在日寇大举进攻面前却一再退让，命令中国军队“力免除扩大事件起见，绝对抱不抵抗主义”。国民党的妥协投降政策激起了广大人民的无比愤怒，在中国共产党的领导下，全国掀起了声势浩大的抗日救国运动。
由于民族危机和人民抗日运动的影响，国民党军队内部也发生了动摇、分化和分裂，军队