在召见共产党叛徒顾顺章的时候，顾顺章建议，要彻底动摇共产党在上海的根本，就应该建立一个强有力的机构。二陈接受了顾顺章的建议，即在上海筹备建立行动区，并派其亲信史济美到上海行动区主持特务工作。
特务对共产党的活动一是侦查，二是破坏。侦查即采取盯梢、守候、刺探等办法，了解共产党的线索，并将其线索迅速提供给行动组，行动组得到线索后，即根据线索开展破坏，破坏就是捣毁组织，逮捕人员。有时，特务们配合军、警、宪等机关公开捕人，有时则采取绑架、诱捕等办法秘密捕人。1933年3月逮捕共青团中央王云程等人就是采取绑架的方式，1935年逮捕田汉就是采取诱捕的方式。
除此以外，特务组织还采用极其毒辣的“细胞”政策，所谓细胞，即指特务的耳目，他们打人中共组织内进行破坏活动，其任务除收集情报、提供线索和密切注意周围的异常情况可疑人员的活动外，还要有意识地伪装进步、积极，以求长期活动。按徐恩曾的说法，是特务机关“暗地培养一批伪装思想左倾而常有不满现实言论的干练人员，作为诱饵……等候匪党分子吸收，由此打入匪党组织，充作匪党党员，了解匪党内部情况”。陈立夫对这种办法十分欣赏，他鼓励特务们多打进共产党去，从思想上、组织上破坏，瓦解共产党。在陈立夫的指使下，一些特务以各种方式打入中共上海各区委，起了极为严重的破坏作用，“甚至有两个区委的领导权”也被特务所控制。
由于二陈指挥的特工总部的猖狂活动，也由于当时中国共产党内王明左倾冒险主义的错误领导，这一时期中共党组织遭到很大破坏，一些机关被捣毁、封闭，党员很多被捕或被杀，进步分子也遭到迫害，损失极为惨重。陈立夫的亲信徐恩曾在他所写的《暗斗》一书中十分得意地炫耀其“战果”，当时中共组织被国民党特务破坏或部分破坏的次数为：中央在上海的领导机关14次，江苏省委4次，山东省委3次，陕西省委2次，共青团中央3次，河北、河南、贵州省委和南京市委各1次。被国民党特务机关捕去的中共党员和干部计24800人，其中；历届中共中央总书记3人（向忠发、陈独秀、瞿秋白），中共中央委员40人，省市委干部829人，县市级干部计8199人，一般干部和党员计15765人。以上这些数字虽有夸大，但可以说明，二陈指挥的特工总部对中共的破坏是十分严重的，当时，共产党在白区的工作几乎损失百分之百，以致中共中央机关不得不被迫迁往苏区。
特工总部为蒋介石的独裁统治立下了汗马功劳，而陈果夫、陈立夫也因实施特务政治成为国民党内举足轻重的人物，他们的地位如日中天，达到鼎盛。极力扩大自己的范围
二陈指挥的特务组织逐步发展，遍及全国，其主要职责是直接参与侦查，逮捕，杀害共产党人和其他革命人士的活动。陈立夫十分强调不择手段破坏共产党组织，杀害共产党人，从根本上消灭共产党。但后来随着形势的变化，他又不断地改变策略，变换手法来对付共产党，他看到，“四一二”和“七一五”后，国民党采用最残酷的屠杀办法来消灭共产党，但共产党不但没有被消灭，活动反而更加频繁，同情、拥护共产党的人更多了。因此，他认为，单凭镇压和杀戮的办法来根除共产党，并不是最好的办法，还必须用“软”的办法，即采取政治欺骗的手段，引诱一些意志不坚定的共产党员叛变自首，由此可以得到更多的共产党内部的机密，再以武力一举而歼灭之。于是他积极向蒋介石建议，在反共过程中，应采取暴力镇压与政治软化两手相结合，这项建议为蒋介石所接受。
1930年，根据蒋介石的旨意，国民党公布了《共产党人自首法》，其中规定：共产党员如主动向国民党自首者，视不同情况，可予免刑或减刑。这样，为了争取一些共产党人向他们自首，陈立夫指挥特务在以武力迫害共产党的同时，加强了政治软化和劝降审讯工作。正如周恩来所总结的那样：“内战时期，蒋介石对我们是硬打、硬捉、硬杀。但‘九一八’前后，他也采取了一些软的辅助办法，那就是自首政策、内线政策等。”
这一办法果然有一些效果，一段时间内，国民党特务通过劝降审讯，政治软化等手段，确实收买了极少数意志薄弱、贪生怕死的中共党员，这些人在高官厚禄、金钱美女的引诱下自首投敌，成为可耻的叛徒。