考核特工人员对二陈是否“忠实”，对特务工作是否“卖力”，有无“非法活动”，如发觉其成员有“不忠”的言行，可以随时进行各种处罚，轻则被训斥、关禁闭，重则被关押，直至处死。督察人员分布在特工总部内各机构，每一机构中有一二人或三四人不等。总督察直接对二陈和徐恩曾负责，一般人员甚至高级人员对于总督察的活动也无法了解。二陈赋予这一部门掌握有对特务的生杀大权，当时被称为“特务中的特务”。先后担任总督察的有二陈亲信刘不同、王杰夫等人。
3.设计委员会。是徐恩曾直接领导的一个咨询单位，主要职责是对特工总部中重大问题进行咨询，参与设计，向总部或直接向二陈提出意见或建议。设计委员会主任委员由陈果夫安插其浙江同乡张冲担任。张冲，字淮南，20世纪20年代初人北京交通大学攻读俄文，后转人哈尔滨法政大学肄业，并在这一时期参加国民党，担任过国民党哈尔滨市党部委员兼青年部长，此时正处于国共合作期间，张冲与共产党人有所接触，并受其影响。东北易帜后回南京，由于他才华出众，又能说一口流畅的俄语，还是浙江人，因而受到陈果夫的重用，调人组织部调查科，与陈果夫相处甚密。特工总部成立后，陈果夫便让他担任设计委员会主任。但由于张冲不满徐恩曾的工作作风，矛盾逐渐加深，张冲便不予合作，对设计委员会中事务，概不过问，仅只挂名而已。
4.情报科。主要职责为刺探、搜集共产党及其他党派的情报。二陈对情报科十分重视，他们要求该科将所得的情报逐日编成《每日情报》，分送他们过目，如认为特别重要的，必须用规定的格式纸张抄出，由他们审阅后，再报蒋介石核阅。情报科科长由陈果夫指定其心腹刘桂担任，副科长由中央党务学校毕业生张国栋担任。情报科内分设指导、编审、译电三个股，分别由CC派死硬分子王广来、杜品山、薛敦平担任。另外，科下还辖有三个情报站，分别设在北平，天津、上海三地，北平站站长是后大椿、天津站站长是张庆恩、上海站站长是邓达谧，各情报站都配有电台，与南京总台直接联系。
一个以笔为枪的战斗者，用自己的思想与反动政府做着搏斗。图左为鲁迅。5.训练科。其职责为对特工总部及所属特务室人员施行训练，以强化其反动思想，提高特务伎俩。另外，还负责编辑《动力》、《群力》两种小型内部刊物及其他书刊。训练科成立后，遵照二陈的指令，举办过多次训练班。陈立夫特别注重对特务的训练培养，他在谈到培训特务时说：“重质不重量，宁可少，不可滥。我们不许用那种北洋军阀招兵的方式，举起旗子叫人跟着走就算自己的兵。我们要孙猴子，找了一个孙猴子，可以放弃100个猪八戒。”因此，每次训练班期间，不是陈果夫，就是陈立夫，他们再忙，也要亲临向学员训话。训话时，总是反复强调特务们对蒋介石要忠心耿耿，他们提出，信仰主义要信仰到迷信程度，服从领袖要服从到肓从的程度，绝对的程度。他们还散布，一切问题全凭领袖的脑壳去决定，领袖的脑壳要怎样就怎样，我们一切不必问，也不该问。只要随领袖的脑壳去做，你可以万无一失。特别是陈立夫，他十分善于捕捉特务们的心理，平时，他对特务们总是温文尔雅，十分客气，训话时也总是像谈家常，娓娓道来，不是对他们表示关心，就是为他们撑腰打气，他说：“国民党的忠实党员在别的地方遇到困难，吃了苦头，得不到半点支持和温暖，在我们这里就不会，绝对不会，只要你不出卖组织，天大的事情我陈立夫包下来！”这些话对一些没有经验的新特务能够产生一定的向心力。二陈就是这样通过训练、训话等方式，提高特务的思想素质，培养特务对他们的忠顺精神。训练科科长为CC派骨干王云亭，副科长为薛秋泉。下设干事、助理干事若干人。
6.总务科。其职责为主管会计、事务、文书，保管武器弹药等。科长初由周伯良担任，周于1936年病死后，改由徐恩曾的上海交大同学章祖模继任，副科长由仝道云担任，计有工作人员10多人。
7.电讯总台。其职责是与所属机构及临时派出活动的小组联系通报。其联络工具为电讯总台，总台下辖五六个分台，分别与各地联系通报，电台所发出去的电码不同于一般电报局所使用的电码。总台长由徐恩曾在上海交大时的同学范本中担任，分台长由袁更、陈玉堂，吴世昌、王正鸿等担任。
除此外，特工总部还在各省市建立了下属机构，上海、南京等特别市称为“区”，省、市及铁路干线则称为“特务室”。省特务室设室主任1人、秘书1人，下设总务、情报、组织、行动等4个科，较小的室只设3个科，各设科长1人，其编制人员无定额。
特工总部建立后，在二陈指挥下，与国民党宪兵、警察结成一伙，对共产党员、进步人士和广大革命人民进行调查、监视、跟踪，必要时实施逮捕和杀害，而尤以上海地区为最甚。
大革命失败后，中共中央机关转移到上海，因此，特工总部的活动中心也放在上海。平时，在上海只设特务室，1931年，陈果夫和陈立夫