，也发表声明和谈话，表示反对三全大会代表的指派圈定办法。有些地方还指名要求将胡汉民、戴季陶、陈果夫3人驱逐出中央。
就是蒋介石的一些亲信，也对此种办法不满，认为其有利于陈果夫培植党羽亲信，如贺衷寒、邓文仪等人策划发表文章，指责陈果夫。一时，陈果夫处于四面楚歌的境地。
陈果夫并不慌张，对蒋介石亲信的责难，他请出蒋介石，将贺衷寒、邓文仪劈头盖脑地骂了一通，这些人再也不敢随意动弹了。对反蒋派，陈果夫则采取以柔克刚的办法，一方面，通过蒋介石等将三全大会延期三天召开；另一方面，对选举办法稍作修改，即结束登记，建立党部的可以由自己选举。而当时符合这一条件的仅一个省（即广东省）三个市（即南京、广州、上海）有资格选举代表，而指派与圈定的代表仍占80％以上。但如此一来，确实平息了一些地方的反对情绪。
汪派人物仍不服输，1929年3月11日，汪精卫、陈公博、顾孟余等14名汪派的中央执监委联合发表《关于最近党务政治宣言》，反对圈定指派法，反对按此种办法选举代表召开的三全大会。该宣言一发表，各地汪派群起响应。
3月12日，国民党中常会批准南京市党部召开党员代表大会。汪派与丁派人物准备在会上掀起反对包办三全大会的运动。二陈预先得到情报，便调动特务军警，准备镇压。3月14日，大会开始，大会主席谷正纲在开幕词中迫不及待地喊出了“反独裁、反圈定代表”的口号。陈果夫、陈立夫事先布置在会场的亲信方觉慧等人当即群起闹事，陈立夫布置在会场外的打手乘机冲入会场大打出手，将谷正纲等人打伤，随后，二陈调集的军警包围会场，将谷正纲等汪派人物逮捕。这样，汪派反对三会大会的最后一次出击被镇压，为三全大会的召开铺平了道路。
3月15日，由陈果夫精心筹备，蒋胡合作的国民党第三次全国代表大会在南京召开。会议始终控制在蒋陈手中，并按陈果夫所设计的打击一批，拉拢一批，提拔一批的原则建立新的三届中央领导机构。所谓打击一批，即打击汪派与丁派人物；所谓拉拢一批，即拉拢西山会议派；所谓提拔一批，即提拔陈果夫的亲信人物。在三全大会上，陈果夫被选为中央执行委员，他的弟弟陈立夫也被选为中央执行委员，兄弟俩双双问鼎中央。这一年，陈立夫才29岁。
随后，在国民党三届一中全会上，陈果夫进入中央核心层，成为9名常委之一，并在蒋介石任部长的组织部担任副部长，代理部长主持部务工作，而弟弟陈立夫则更是一步登天，出人意料地被任命为中央秘书长。而且，二陈手下的一些骨干人物，如曾养甫、余井塘、张厉生、张道藩、程天放等也都进入中央，当上了中央执行委员。二陈已牢牢控制了国民党，势力也越来越大，以至1935年11月，国民党开第五次全国代表大会时，陈立夫操纵选举，他所得的选票竟比蒋介石多4票，陈立夫一时慌了神，他知道这样不好下台，便亲自抹去5票。蒋介石知道了，气得脸色发青，为此要扣留陈立夫。消息传到南京常府街18号陈氏兄弟居所时，陈立夫吓得彷徨失措，而陈果夫则冷静沉着。陈果夫深知蒋的为人，既猜疑心重，权势欲强，同时也很恋旧，对于亲信故旧，只要你剖明心迹，甘心臣服，蒋是能谅解的。为此，陈果夫设计了三步脱身之计，一是让陈立夫以“养病为由，躲入浙江天目山，使蒋不能有所举动；第二步，由陈果夫调动各方关系为陈立夫说情；第三步，使出杀手锏，星夜派人回老家，把陈其美遗孀，果夫、立夫的二婶姚文英接来南京向蒋求情，这一招果然十分厉害。陈其美的老婆直接找到蒋介石，向他哭诉：“我的儿子死了，立夫就是我的儿子，他有多大的胆敢不听委员长的话，你难道忍心叫英士绝后吗？”蒋介石碍于面子，没有扣留陈立夫。这一场狗打架的风波，说明了陈家的势力。因此，“蒋家天下陈家党”的说法也就不胫而走。在此情况下，蒋介石对二陈的工作一方面也予以赞赏，给予支持；另一方面，则时时予以防范。
政坛风云变幻莫测，为了一已之利，总会今日合作，明日相争。图为：孔祥熙。国民党的文化围剿
陈果夫与陈立夫在组织上整理党务，加紧“清党”的同时，在思想理论方面，也开展了大规模的宣传活动，以对共产党实行反革命的文化“围剿”。