所谓“清党”运动，整理党务，说穿了，就是残害共产党，残害人民的代名词。
正是二陈所主持的这种反革命“清党”运动和整理党务中，又有无数的共产党人和革命群众惨遭杀害，“例如，在广州‘四一五’和以后，杀害了萧楚女、熊雄、孙炳文、安体诚等。过了几年，还把韩麟符在天津捕杀。又长期关押黄埔军校第五、六期的学生多人……在其他各省市，持续一二年之久，还在多方进行迫害，必至置诸监狱而后已，就全国范围而论，被害的人数，竟至数以万计”。许多共产党的基层组织和革命群众团体被野蛮地破坏。同时，通过所谓的整理党务，完全改变了孙中山亲手创建的国民党的性质，国民党日益被推上法西斯化的道路，陈果夫、陈立夫逐步控制了国民党，他们的势力也日益膨胀起来。博得老蒋的高度信任
蒋介石叛变革命后，建立了大地主大资产阶级专政的南京国民政府，在这个国家政权中，实施的是国民党一党专政，蒋介石为了维护自己的独裁统治，他必须控制国民党，因此，他对国民党的理论、组织等方面的建设十分关心，表示：“继今以往，本党必益当努力于党权之集中，组织之精密，纪律之森严，信仰之统一，凡别有结合别有卵翼之反革命派，固当在所必除。”
陈果夫、陈立夫对蒋介石的意图心领神会，他们根据“清党”运动和整理党务中出现的问题，积极为蒋介石出谋划策。陈果夫认为，要实行国民党的专制政治，一方面要以武力剪除国内一切异党，特别是共产党及其进步力量；另一方面要进行反共宣传，以开化全国民心。而这两方面的进行，都需培养大批反共“人才”。陈果夫看到，共产党中有很多人才，因此在国共合作时，成为国民党各级组织中的骨干，“清党”后，共产党人被除掉，各级组织也瘫痪了，另外，国民党中一些人因深受共产党宣传的影响而立场游移，态度暧昧，不能胜任反共的责任，这样，国民党中人才匮乏的问题便十分突出地显露出来。因此，陈果夫认为，要完成“清党”反共的任务，要推行一党专制的政治，必须培养一批新的国民党骨干分子。为此，陈果夫专门请来戴季陶、丁惟汾等人，共同磋商培养党国“人才”大计，戴、丁二人对陈果夫的想法深表同意，但一时拿不出培养人才的具体方案。陈果夫便提出，将以前党政训练所恢复，并扩大其规模，以此为基础，创办一所中央党务学校，以培养高级党务人才为主要宗旨，使之和培养军事人才的黄埔军校一样，成为国民党一文一武两个专门学校。
陈果夫的提议一出，即得到了戴季陶、丁惟汾的一致赞同，于是，他们便对党务学校的办学宗旨、办法及招生，师资、校址等问题进行了商讨，形成意见后，拟成详细的书面建议，向蒋介石汇报。蒋介石看了书面建议后十分高兴，他当面夸奖陈果夫具有远见卓识的头脑，并即指令有关当局尽快付诸实践。1927年5月5日，南京国民党中央决议，正式在南京设立中央党务学校，直属国民党中央党部管理。蒋介石为了表示他对党务学校的重视，亲自担任校长，并任命戴季陶为教务主任，丁惟汾为训育主任，陈果夫为总务主任。由于蒋介石是国民党的总裁，事务诸多，戴季陶和丁惟汾也各有自己的具体工作，都只是挂名而已，实际上，中央党务学校的一切大权由陈果夫一人总揽。
陈果夫比当年办党政训练所时的兴致更高，他拿着蒋介石的上方宝剑，到国民党各部门要钱要人，十分顺利，他亲自选定校址，大兴土木，盖起了十分讲究的房舍。他各方罗致，聘请了一些顽固反共的国民党分子充任学校师资。他亲自参加招生录取工作，从当时2000多名报考者中，经过严格口试笔试，录取了340名学生。经过几个月紧张的筹备后，中央党务学校正式开张了。
蒋介石与中央研究院的成员在元旦前夕合影留念。针对蒋介石叛变革命后，国民党内派系林立，蒋介石在国民党内威信扫地的情况，陈果夫主持的中央党务学校十分注重培养学生的凝聚力和对蒋介石的忠顺精神，他亲自为学校制定了“亲爱精诚”的校训，意思是要求学生亲爱团结，精诚一致，拥护蒋介石，形成国民党内以蒋陈为代表的新右派势力。
为了将学生培养成他们所希望的党国人才，陈果夫为中央党务学校确立了以政治训练和军事训练为主的教学内容。所谓政治训练，即加强对学生的思想和言论的控制，主要是以蒋介石的言论和戴季陶主义教育学生，通过这些反共教育，培养学生仇视共产党、仇视革命的情绪与精神。同时，还训练学生主持会议、控制会场、指定发言、公众演讲等多种智能，以利将来从事各种反共工作。所谓军事训练即将学生的学习、生活均纳入军事管理中，并进行军校学生所必须的训练。陈果夫将全校的学生编为三个区队，每区队再编为三个分队，分别选派中央军校毕业的学生担任区队长和区分队长，负责军事训练和管理。平时，除训练学生集合、队列、出操、瞄准、投弹、械斗等基本功外，特别注重培养“军人魂”，即蒋介石所提倡的仁、智、勇的精神。
经过陈果夫近一年的苦心培育，到1928年6