区各路起义军均告失败，敌方到处布下军警，准备缉拿革命党人，陈其美等人只好退回寓所。而渔阳里5号已被敌人破获，陈果夫远远望见住地周围有生人，知道情况有变，急与陈其美等从旁逃避。
由于指挥中枢遭到破坏，各方联络也中断了，军事进行益感困难。陈其美断然决定，雇小船，登上“肇和”舰，然后凭借军舰优势，杀出血路，占领他埠，作为根据地，以图再起。考虑到船上既无粮草，也缺燃料，便派陈果夫负责采办，并将得来物品运送上舰。陈果夫接受任务后，迅即派人往市内采购物品，自己则到江边雇小船，以便运输物品。他很快雇得一船，到指定地点等候。但采办物品的人却迟迟未到。等了两三个小时，仍是杳无人影。陈果夫无法，只得返回。
此时，“肇和”舰已处于孤军作战的境地。由于袁世凯派淞沪护军使杨善以大量金钱收买了“应瑞”舰上的官兵，“应瑞”舰背叛革命党人，协同“通济”舰，向“肇和”舰施行夹击。在“肇和”舰上指挥的革命党杨虎等人以为“应瑞”舰是自己人，毫无戒备之意，当“应瑞”向“肇和”连发数炮后，杨虎等人才如梦初醒，仓促应战。结果官兵死伤无数，舰上的气炉也被炮弹击中，气炉炸裂，又造成同志死伤多人。杨虎等见大势已去，便易装泅水而逃。敌军很快占领“肇和”舰，不及脱逃的悉行就义。至此，这场轰轰烈烈的讨袁战争，即以失败宣告结束。
肇和起义虽然失败了，但烈士们的英魂却并没泯灭，其不屈不挠的斗争精神始终激励后人，永远奋进。
蒋介石能在几次下野后，又重新执掌大权，依靠的便是他对敌对友的翻脸不认人。当一个功臣可能威胁到自己的利益或不可能再利用他获取任何利益的时候，蒋介石就会将其抛到一边，像丢掉一片叶子一样毫无怜悯之心。肇和举义虽然失败，但它的意义却是十分重大的。正如国民党重要领导人邵元冲后来所总结的那样：这次起义“不仅影响到全国，而且影响到世界。在国内可以打破袁世凯武力万能的迷梦，促进一般人的觉悟。在国际上可以揭破袁世凯种种欺骗的宣传，纠正袁世凯兵力能够镇压全国的错误。同时在本党中间也因此重新鼓励起各同志积极的勇气，在各处做种种发难的准备。所以不久云南起义以后，各省都能很快地响应，到底推倒了袁世凯的帝制，这后来很大的成功，实不能不说因肇和战役传播了最初伟大的发难种子所得效果”。而陈果夫在肇和举义中所作的各种工作也是不可埋没的。他亲眼看到了革命党人屡仆屡起、永不言败的顽强斗志，他不能忘记，二叔陈其美在肇和起义失败的当天，鼓励同志们的话：“革命事业，失败不足怕，我们应该检讨得失，及时再起，必有成功的一天。革命党人不可颓唐，意志消沉，则永远不会有成。所以我们以后仍要积极进行，革命的成功不过是时间问题罢了。”想到这些，陈果夫似乎明白了更多的社会、人生意义。
陈其美几次讨袁，屡败屡起，其不屈不挠的意志令袁世凯既害怕又仇恨，必欲除之而后快。袁贼通过他的党羽在上海以巨金买通了国民党的一名叛徒李海秋。李海秋探知陈其美经济十分拮据，想募款起事，又苦于没有办法。于是，李海秋便派人出面组织了一个鸿丰煤矿公司。他找到陈其美，说是鸿丰公司有块矿地，预备向日本抵押借款，如果他能从中介绍签约，将来借款成功，可以40％帮助他作革命军费。陈其美听了大喜，当即答应与鸿丰公司经理见面。
5月18日，李海秋等5人来到萨坡塞路14号陈其美的寓所，陈十分高兴，在客厅里招待他们。一会儿，李海秋说忘记把合同底稿带来，起身出门去取，陈其美在客厅继续与其他4人交谈。这时，“外面忽然闯进两个凶徒，拔出手枪向他射击，头部连中数枪，顿时气绝”。等到陈果夫等闻讯赶来时，陈其美已死约一小时。缔造民国的一代豪杰与世长辞。
陈果夫失去了亲人、导师，不仅在革命路上徘徊犹豫，无人指点，甚至连生计也发生了困难。他在上海呆不住了，也不想在险恶之地继续呆下去。他觉得前路灰暗，祸福难测。残酷的现实如一盆凉水浇灭了他的理想之火，他不禁发出了“关山难越，谁悲失路之人”的慨叹。他要找个避风港，远离革命和政治的漩涡，于是便打点行装，步履蹒跚地回到了家乡湖州。
1964年，宋美龄接见第十届中央委员会的8位代表时的情形。他们个个白发苍苍，目花耳迟，回想当年的风云岁月，唏嘘不已。陈果夫的军事生涯结束了，他一生中最辉煌的时期也结束了。对于这段不寻常的军旅生活，他还是颇为留恋的。抗日战争时期，他在一次对青年的讲话中以十分惋惜的心情回忆道：“我很惭愧，因为身体不好，落了伍。我很希望我的身体完全恢复，再恢复我的军人生活，和现在一般青年一样，热烈地参加这一次伟大的抗战。”他把自己的落伍归结为身体不好，实际上，他思想的犹豫徘徊、意志的不坚定则是主要的因素。生意上大发其财
陈果夫回到故乡后，似乎也要过一种像陶渊明那“悦亲戚之情话，乐琴书以消忧”的逍遥生活。闲暇时候，便找来