他注意提高警惕，以防有人对他有不利举动等等。
蒋介石闻报后，立即批准了戴笠的行动计划，并给陈诚下令，立即将远东军司令部内所有参加“政变”密谋活动的青年军官交给军统审讯。戴笠同时下令将六战区司令长官部和陆大内参预活动的学生进行逮捕，被秘密分开囚禁在中美所内的警卫大队部。其先后逮捕的人数累计600人左右。
戴笠对被逮捕的首要分子亲自进行审讯，要他们供出“政变”密谋活动是得到陈诚的支持。但审来审去，始终没有结果。但多少弄清了以史迪威为首的美国人在暗中支持了这批青年军官的活动。蒋介石闻报极为震怒。当时，蒋介石和史迪威之间的矛盾本已十分激烈，现加上这一个背景，蒋介石再也不能容忍了。
蒋介石不惜冒得罪美国政府的危险，正式通知罗斯福总统，要求解除史迪威的职务，调史迪威回国。后来，经过东南亚盟军司令蒙巴顿将军和美国空军补给司令萨摩维尔中将出面斡旋，并由与美国关系很深的宋美龄、宋霭龄等人施加压力，同时考虑到罗斯福正在不顾邱吉尔的反对，邀蒋参加开罗首脑会议，蒋终于同意由史迪威于1943年10月17日到蒋官邸当面向蒋道歉，这场风波才算过去。
蒋介石虽然宠爱陈诚，并且相信陈诚不会介入这次“政变”活动，但是他作为第六战区及中国远征军的司令长官，不能推卸责任。加之戴笠、何应钦等反对陈诚的军政大员不断向蒋施加压力，蒋介石不得已于11月份临去开罗参加中、美、英三国首脑会议之前，决定解除陈诚的中国远征军司令长官职务，对外则由陈诚以养病为由，主动请辞职务作为借口，蒋另调卫立煌接任，以示对陈诚的惩戒。
蒋介石从开罗回国后，下令对16名为首的年轻军官进行秘密处决。
蒋介石认定在美国参与的这次密谋活动中，与美国政府关系历来密切的孔祥熙、宋子文、宋美龄等人不能辞其咎，甚至认为孔、宋等人多少知道一些内幕情况，而没有预先报告，因而蒋开始实施抑制打击孔、宋家族的计划。从此，孔氏家族开始在中国政坛上失势。宋子文被蒋冷落闲置了1年多时间，才重新启用。
戴笠的这一击，虽然没有能把陈诚彻底打倒，但确使陈诚锐气大减。从1943年11月至1944年6月止，陈诚经历了他一生中政治上的一个空白时期。1944年6月，国民党豫中会战失败，西北告急，蒋介石对汤恩伯、蒋鼎文等人失望之极，决定重新启用陈诚，前往汉中任第一战区司令长官。10月，陈诚又挤掉何应钦，升任军委会军政部长，再次活跃在中国政坛的中心。戴笠对蒋如此宠信陈诚，甚为不满，但也无可奈何。“特工皇帝”
1944年，军统进入全盛时期，戴笠便成了特工皇帝，说一不二，牛气冲天。
当年，军统共有内外勤709个单位、电台569座、工作人员5万余人，由军统直接领导的忠救军、别动队等庞大的特务武装还不计算在内，至于由军统控制运用的外围组织更是难以计算。
戴对这样一个局面是亦喜亦忧的，喜的是，感到军统一天天发展壮大，人财兴旺。他甚至对部下讲：“看一个人家兴旺不兴旺，只受看看吃饭的筷子就知道。如果一家人天天是那几双筷子，便可以说明不是兴旺气象。真的兴旺人家，筷子的数目是弄不清楚的。”忧的是，戴笠深感由于人员发展过快，团体过于庞大，带来了复杂的人事关系，内部人员贪污、浪费，工作不负责任，敷衍了事，骄横跋扈，胡作非为等违法乱纪的事情层出不穷。
更令戴笠难堪的是，军令部的消息居然会跑到曾家岩50号周恩来公馆里去。至于人事处始终不能拿出一份准确的局本部内勤人员花名册，供戴笠纪念周上点名用。总务处、经理处弄不清军统有多少家产。会计室在计算米贷金时，竟少算了米贷金100多万元。秘书室竟把呈送蒋介石的公文也弄错等等，为此，戴笠在军统后期的整顿和发展方面，大讲“迅速精细”。在这种原则的要求下，特务们成天提心吊胆，战战兢兢，以致戴的心腹都感叹：“长此真有成神经病的可能。长官待部下之严以及部属之畏长官，在全国恐再找不出第二个人来。”
抗战后期，戴笠几乎是以神经质的手段，对军统这座特工王国进行统治。他甚至可以以除奸演习为名，把军统大特务、重庆警察局督察处长东方白作为汉奸抓起来送进望龙门监狱，以致使军统局上下莫不感到莫名其妙，一起感到“这罪名离目标太远了”。
重庆卫戍总司令部稽查处处长廖公劭因为吃了走私贩毒商人的一次宴请，并受了贿，经人告发后，由戴笠下令将其送进望龙门监狱，关到过年的时候才被放出来。
重庆市警察局侦缉大队大队长谈荣章被人告发，由戴下令在过年前送进去。一个出来，一个进去，特务们已到了习以为常的地步，自感在戴笠手下工作“什么时候都保不住的，出来的用不着害怕，进去的用不着难过，在外面的用不着骄傲”。能如此，方可在戴笠手下工作，这就是当时许多军统大特务的心境。
总之，