建文帝即位以后，他对这几位儒家师傅言听计从，发起了一些政治上和制度上的改革，看来其意图是大大背离了太祖高皇帝所做的安排。1380年因裁撤中书省而使中央一些行政机关被取消，它们在现在已部分地有所恢复；制度被修改，以加强文职行政功能和减轻政府的专制作风。 为了贯彻这些改革，皇帝把黄子澄、齐泰和方孝孺都提升为行政负责官员。1380年裁掉中书省以后，明太祖曾经决定，国家一切事务都必须由他一人作为行政首脑来裁决。因此之故，翰林学士们和六部尚书只有建议权和在政府中执行命令之权。当新皇帝召集这三位士大夫来“参国政”时，这种局面就结束了。如果这些重建活动或多或少地不是虚构的话，这些皇帝的顾问们就不是只领干薪了，而是实际地在管理政府。这样做就大大地离开了第一位皇帝所定下的制度，因为皇帝的顾问们现在被置于在六部之上施政的地位。他们现在又制定政策，又执行政策，极像从前某些王朝中的丞相的所作所为；他们仅仅缺少丞相的头衔。没有这个头衔只是形式上尊重明太祖的《祖训录》，因为《祖训录》是严格禁止任命丞相的。 皇帝还做了一些改革，对帝国政府内部的权力进行重新分配，也使他自己能实施他的新政策。这些发展变化的确切性质至今很难说得清楚，因为大多数改革的记载已被销毁。但是，例如《皇明典礼》这种关于建文时代典章制度的书（1400年），以及此后另外编订的几种书至今仍可见到，它们可以帮助我们大致了解到这个时期政府中已实行和计划要实行的革新的梗概，并对它们的意义作出评价。③ 1398年末，新皇帝听了方孝孺的话把六部尚书从二品提到了一品，又在尚书和侍郎之间加了一个侍中之职。这种制度上的改变把六部尚书提到了与都司同级的地位；自从废除丞相之后都司比任何文官的品级都高。因此，在他有意识地把政府牢牢控制在文官手中时，六部尚书的地位和权威提高了。 在政府官署的大小和数目方面以及在一整套官员的设置上，也都有了改变。户部和刑部的所属司从12个减为4个；都察院中的两个都御史合并成了一个；同时，国子监和翰林院的各项职责和人员编制大为提高和扩大。这最后两项改革表明，重点放在儒家教育上和翰林学士在政府中的顾问作用的加强上。在詹事府也设立了某些新职位，使翰林学士在教育和训练太子及诸年幼王子方面能发挥更大的作用。④ 对六部及其下属司的组织所作的各种改动中，对官员和皇帝侍从的头衔所作的变动，以及对南京各官署的名称所作的改革，都是本诸古代的《周礼》行事的。这些变易不单是象征性地恢复古代的模式，也不像朱棣和他的历史学家们所说的那样是任意变更祖制。它们都是有目的的变革，意在搞一套新的建制，使权力归到皇帝信任的顾问的名下，加强文官之治，以削弱将军们和皇子们的权势。
为了贯彻他们设计出来的这些政策，黄子澄、齐泰和方孝孺都被擢升，握有空前大权，这就大大地背离了明太祖所定下的制度的模式。他们在国事中起着特殊的作用，简直就是皇帝的化身。他们即使不对内战负主要的责任，也要负直接的责任，因为他们对朝廷的控制和他们正在推行的变革给了燕王以发起叛乱的口实。燕王说，对建文的顾问们发动的惩罚性战役是忠于王朝的行动。⑤随着建文朝廷的消亡，所有这一切政治改变和制度上的革新都付之流水，它们只是作为复古和反动的背离祖制的失败的尝试留在人们的记忆中——是书呆子皇帝和他的不通世故而迂疏阔大和抱负不凡的，或心怀野心而又有煽动性的顾问们的一个愚不可及的消遣之作。